Henk-Jan Westeneng Profile picture
Aug 17, 2021 9 tweets 4 min read Read on X
1/ Using GISAID data of 7 most prevalent #COVID19 variants from 42 countries, Delta variant still seems to have the largest growth advantage, but...
2/ Using sequencing data from the UK, AY.3 (which is also classified as Delta) and B.1.621 might have a growth advantage compared to B.1.617.2.

Word of caution: especially numbers of B.1.621 in the UK are currently low and growth advantage might be overestimated.
3/ Using GISAID data, B.1.621 seems to have a significant growth advantage compared to Delta only in the UK. The growth advantage of B.1.621 in the UK is therefore unlikely to indicate increased infectiousness. But might also be GISAID data issue
4/ On the other hand AY.3 seems to grow in other regions as well (USA; outbreak.info).
5/ Raw sequencing data in UK on a logit scale is shown below. Please note the downward deflection of B.1.617.2 which indicates that 'something else' is growing faster than B.1.617.2. This is most likely AY.3.
6/ In summary, more data is needed but I suggest keeping an eye on AY.3. It might be a different Delta variant compared to B1.617.2. *If* it has a real growth advantage over B.1.617.2, numbers in the UK might look like below
8/ Important to keep an eye on this too.
👇
9/ Sidenotes:
1. Two weeks ago I performed the same analysis with similar results (below).
2. If only AY sublineages are difficult to classify (but not B.1.617.2), B.1.617.2 still seems to decrease in the UK during last 3 weeks suggesting that 'something else' is growing faster.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Henk-Jan Westeneng

Henk-Jan Westeneng Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @HJWesteneng

Dec 9, 2021
1). Er gaan geluiden op dat mensen minder ziek worden van Omicron dan van Delta.

Wat zegt de huidige (preliminaire) data hierover?

Draadje.

TL;DR 👇
2). Onze hersenen kunnen exponentiële groei moeilijk bevatten en zijn gevoelig voor gezichtsbedrog. Links is op een lineaire schaal, rechts dezelfde data op een logaritmische schaal. Links lijkt het mee te vallen, rechts niet.

Les 1: plot exponentiële processen op een log schaal
3). Hoe zit het dan in Gauteng met de verhouding tussen ziekenhuisopnames en besmettingen (uiteraard op een logaritmische schaal)?

Die volgen elkaar heel goed (ook nu met Omicron).
Read 7 tweets
Dec 8, 2021
1/ Using data of different #COVID19 variants from 42 countries in a multilevel multinomial model I compared the growth advantage of these variants.

The estimated growth advantage of Omicron compared to Delta (B.1.617.2) is 245%/week (95% credible interval: 205-297%).
2/ Extrapolation of these numbers in 42 different countries is demonstrated in the figure below.

If Omicron is detected in your country it will likely become the dominant variant within 1 month.
3/ Growth advantage of Omicron is heterogeneous between countries (South Africa < 189%/week, USA > 260%/week compared to Delta). This might be due to heterogeneous data quality, heterogeneous vaccine effects, different levels of restrictions, sampling bias etc.
Read 5 tweets
Nov 29, 2021
Nu Omikron een serieuze bedreiging voor ons lijkt te zijn beginnen velen te *hopen* dat het allemaal meevalt, want *hopelijk* worden mensen er minder ziek van. Daarom goed om naar de cijfers te blijven kijken. Hieronder ziekenhuisopnames in Gauteng, Zuid-Afrika (>90% Omikron) Image
Update: Zuid-Afrika heeft data bijgewerkt. In Gauteng in 2 weken van 135 naar 580 opnames (x4.3). Dus elke week verdubbeling. En in Zuid-Afrika zijn mensen gemiddeld ~16 jaar jonger dan in Nederland (27.6 vs. 43.3 jaar). Image
Update 2: Zuid-Afrika heeft data bijgewerkt. In Gauteng in 2 weken van 136 naar 647 opnames (x4.8). Dus elke 6 dagen verdubbeling.

Met dank aan @christiaanleeuw Image
Read 6 tweets
Nov 27, 2021
1). Een klein sommetje over de nieuwe coronavariant (Omicron) in Nederland.

🧵
2). In NL worden wekelijks ~1500 aselecte samples gesequencet (in de 'kiemsurveillance'). In de afgelopen 7 dagen waren er 156000 bevestigde covid gevallen. Dus ~1% van alle bevestigde gevallen wordt gesequencet.
3). De meest recente publicatie van gesequencete data is van samples die 10-16 dagen geleden zijn afgenomen. Tussen moment van besmetting en test zit ook nog ~7 dagen. Dus 17-23 dagen na besmetting wordt sequencing data gepubliceerd.
Read 9 tweets
Nov 27, 2021
1). @NUnl schreef gisteren een artikel met als titel: 'Zuid-Afrika: Nog geen indicatie dat vaccins niet werken tegen nieuwe variant'

nu.nl/coronavirus/61…
2). Hierin staat o.a.: 'Per vijf coronapatiënten zijn vier ongevaccineerd.' In Zuid-Afrika is 24% volledig gevaccineerd. Met deze gegevens kom ik op een *ruwe* vaccin effectiviteit van 20%.

Zie voor achtergrond berekening: cdc.gov/csels/dsepd/ss…
3). Dit is een indicatie dat vaccins minder goed werken tegen Omicron, wat je ook verwacht gezien het hoge aantal relevante mutaties. Dit is overigens wat anders dan *bewijs* dat vaccins minder goed werken want daar moeten we nog even op wachten.
Read 4 tweets
Nov 25, 2021
1). Ons demissionaire kabinet straalt momenteel veel twijfel uit. De #COVID19 cijfers zijn allemaal zo 'snel' en 'overwacht' opgelopen. Daarom een draadje met wat scenario's waar nu uit gekozen kan worden.

Spoiler:
Keuzemogelijkheden: zwart, zwarter of zwartst.
2). Het heden kan niet begrepen worden zonder het verleden, dus 1 tweet over het verleden:
- Besmettingscijfers 📈 sinds ~8 weken
- IC-bezetting 📈 sinds ~7 weken
- IC nu voor >55% vol met COVID patiënten
- Testcapaciteit schiet tekort
- Rt 1.10-1.30 sinds >8 weken
3). En dan heeft minister @hugodejonge ook nog moeilijke vragen gekregen waarop een antwoord verwacht wordt terwijl de modellen van Wallinga stuk zijn. Daarom kan wat extra ondersteuning geen kwaad en heb ik een paar modellen gemaakt >>
Read 9 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Don't want to be a Premium member but still want to support us?

Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us!

:(