Thread by @AndersonBrito_

Qualquer vírus em circulação acumula mutações. A evolução nunca para. É como a construção de uma via: começa pequena, se subdivide, aumenta de tamanho… mas também diminui, e se extingue.

O sistema Pango de nomenclatura do SARS-CoV-2 visa acompanhar essas mudanças. 🧵👇

Quando o SARS-CoV-2 emergiu, gerando grandes surtos no início de 2020, o sistema começou classificando o vírus em duas linhagens ('ruas'): A e B.

Este artigo explica como o sistema dinâmico funciona: nature.com/articles/s4156…

Com mais casos de COVID-19 acontecendo, cientistas vêm sequenciando genomas do SARS-CoV-2,sempre com novas mutações que surgem naturalmente durante infecções.

Logo identificamos a expansão de certas sublinhagens, que a princípio têm o mesmo nome das linhagem da qual derivam.

A medida que mais sublinhagens (novas 'ruas') vão surgindo, em algum ponto se faz necessário atribuir novos nomes.

O time de voluntários da @PangoNetwork, do qual faço parte, fica a cargo de monitorar e nomear o surgimento de novas linhagens.

É comum que linhagens do SARS-CoV-2 surjam, aumentem e diminuam em frequência, até eventualmente serem tão raras, a ponto de não serem mais detectadas (podendo até se extinguir).

Usuários do sistema Pango diariamente reportam novas linhagens usando um sistema no GitHub.

Como explico acima, a evolução do coronavírus é muito dinâmica: estamos sempre detectando novas linhagens por meio do sequenciamento genético de amostras de COVID

Mantendo um sistema de nomenclatura dinâmico, todas as linhagens são registradas neste site: cov-lineages.org

Sublinhagens são nomeadas em formato alfanumérico, até o quarto nível de subdivisão, quando podem receber uma nova nomenclatura em primeiro nível. Foi assim com a linhagem das variantes Delta:

B → B.1 → B.1.617 → B.1.617.2 →→→ AY

Mais informações: pango.network/new-ay-lineage…

Toda essa dinâmica evolutiva explica por que hoje temos tantas linhagens, como: B.1.1.7, B.1.617.2, P.1 (derivada da B.1.1.28.1).

O sistema é alfanumérico pois se adequada bem as subdivisões filogenéticas, e é neutro, para evitar estigmas ("variante indiana", "britânica", etc).

Acompanhar a evolução viral de perto, e atribuir nomenclatura neutra e sistemática às novas linhagens do SARS-CoV-2, é essencial para evitar designações inadequadas, que geram confusão e ansiedade desnecessárias, como "Delta Plus", que não significa nada.
technologyreview.com/2021/08/13/103…

Existem no momento 3 principais sistemas de nomenclatura do SARS-CoV-2.

Pango: pango.network
Nextclade: clades.nextstrain.org
WHO: who.int/en/activities/…

Os sistemas têm similaridades, e o mesmo objetivo: nos orientar ao longo do complexo caminho evolutivo do vírus

O sistema Pango é mantido por voluntários da @PangoNetwork: pango.network/committees/com…

Na matéria abaixo é possível entender como é o trabalho da rede de pesquisadores que atuam diariamente para nomear linhagens do coronavírus.
technologyreview.com/2021/07/26/103…

Quer saber mais sobre evolução viral, mutações e novas linhagens? Explico neste outro fio.

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1341589500435320834

Este fio também está disponível numa versão em Inglês.

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1430888559150391310