benjamindlee.com/posts/2021/why… Why I Use Nim instead of Python for Data Processing 面白いんだけど、 Nim は Python と細かいところが結構ちがうのがわかる。
Crystal と Ruby だと、これくらいの例だとどっちでも実行できるように 書ける。Ruby で書いて150MBくらいのファイル処理させてみたら 2.5秒で Python の10倍速かったけどこれは単に文字列の文字毎のループ回すのではなく String#count を使ったから。
Cystal だとループにしたほうが速くて 0.7秒だった。
2.5秒の
gc=0
total=0
f=File.open("/tmp/test.fasta")
while l= f.gets
l=l.to_s
if l[0] != '>'
gc += l.count("GC")
total += l.size()
end
end
print gc.to_f/total, " ", gc, " ", total, "\n"
gc=0
total=0
f=File.open("/tmp/test.fasta")
while l= f.gets
l=l.to_s
if l[0] != '>'
gc += l.count("GC")
total += l.size()
end
end
print gc.to_f/total, " ", gc, " ", total, "\n"
Crystal ではこっちが速い
gc=0
total=0
f=File.open("/tmp/test.fasta")
while l= f.gets
l=l.to_s
if l[0] != '>'
l.each_char{|x|
gc+= 1 if x == 'C' || x== 'G'
total += 1
}
end
end
print gc.to_f/total, "\n"
gc=0
total=0
f=File.open("/tmp/test.fasta")
while l= f.gets
l=l.to_s
if l[0] != '>'
l.each_char{|x|
gc+= 1 if x == 'C' || x== 'G'
total += 1
}
end
end
print gc.to_f/total, "\n"
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