Thread by @AndersonBrito_

Vigilância genômica no Brasil: semanas 31 a 38 🧬🇧🇷

Variantes detectadas nas 5 regiões brasileiras, de 1/8/2021 a 25/9/2021, com 7.150 genomas sequenciados por laboratórios independentes:

🔹Delta = 5.210 (72.9%)
🔹Gamma = 1.909 (26.7%)
🔹Outras = 31 (0.4%)

Nos painéis abaixo, vemos as proporções de cada sublinhagem das principais variantes em circulação no Brasil. Tais proporções devem ser avaliadas com cautela, pois não sabemos ao certo quais estratégias de amostragem foram usadas. Logo, existem vieses.

Proporções (%) das variantes detectadas no Brasil em cada semana (datas = último dia das semanas). No mapa, o tamanho dos círculos (pizzas) denotam a quantidade de genomas amostrados nos estados, e as cores indicam as variantes.

Nos mapas abaixo, vemos os municípios de origem de genomas de variantes sequenciadas nas últimas semanas. Apenas genomas submetidos com o nome da cidade de origem são mostrados. Para saber sobre a cobertura estadual, veja o primeiro mapa (acima).

Dados de vigilância genômica da região Norte. 434 genomas sequenciados por 3 laboratórios:

🔹Delta = 101 (23.3%)
🔹Gamma = 332 (76.5%)
🔹Outras = 1 (0.2%)

Com dados de: Fiocruz (RJ/PE) e Dasa

Dados de vigilância genômica da região Nordeste. 640 genomas sequenciados por 6 laboratórios:

🔹Delta = 291 (45.5%)
🔹Gamma = 342 (53.4%)
🔹Outras = 7 (1.1%)

Com dados de: Fiocruz (RJ/PE/CE), Lacen-BA, LNCC e Dasa

Dados de vigilância genômica da região Centro-Oeste. 787 genomas sequenciados por 4 laboratórios:

🔹Delta = 244 (31.0%)
🔹Gamma = 541 (68.7%)
🔹Outras = 2 (0.3%)

Com dados de: HLAGYN, Fiocruz (RJ), UFG e Dasa

Dados de vigilância genômica da região Sudeste. 4.840 genomas sequenciados por 17 laboratórios:

🔹Delta = 4.250 (87.8%)
🔹Gamma = 569 (11.8%)
🔹Outras = 21 (0.4%)

Com dados de: Butantan, Fiocruz (RJ/PE), HLAGYN, Dasa, LNCC, Hospital Albert Einstein, Adolfo Lutz e outros grupos

Dados de vigilância genômica da região Sul. 449 genomas sequenciados por 3 laboratórios:

🔹Delta = 324 (72.3%)
🔹Gamma = 125 (27.9%)
🔹Outras = 0

Com dados de: Fiocruz (RJ), Dasa e Feevale

Neste link (nextstrain.org/community/ande…) você poderá navegar, filtrar e interagir com algumas das informações apresentadas acima. O ITpS agradece aos pesquisadores e laboratórios que coletaram, geraram e submeteram os dados e metadados, aqui apresentados, para o banco de dados GISAID

We gratefully acknowledge all data contributors, i.e. the Authors and Originating labs, responsible for obtaining the specimens, and their Submitting labs for generating the genetic sequence and metadata and sharing via the GISAID Initiative (*), on which this research is based.

* Elbe, S., and Buckland -Merrett, G. (2017 ) Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global Challenges, 1:33-46. DOI: 10.1002/gch2.1018

onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gc…

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