Thread by @influenzer3

●日本でアルファ株とデルタ株の遺伝子的組み換えによる変異株検出
→1本鎖RNAウイルスであるコロナウイルスでも、異なる株の重複感染例で組み換えが起こる事は知られています。
遺伝子組み換えは変化が大きいため、もしSpike遺伝子部位で組み換えが起これば、spike proteinの立体構造が激変しえます。

今回見つかったのは部位的には感染性、免疫逃避に影響を与える箇所ではないとしています。
アルファ株とデルタ株の組換え体とみられるSARS-CoV-2ウイルスの検出について
niid.go.jp/niid/ja/2019-n…

-----
・国立感染症研究所は、SARS-CoV-2ウイルスのアルファ株とデルタ株の組換え体とみられるSARS-CoV-2ウイルスを国内で６検体検出した。

・遺伝子配列のアライメント解析を行ったところ、21A(デルタ)系統であるものの、ORF6遺伝子からN遺伝子にかけて、20I(アルファ, V1)系統と同一の変異プロファイルを有する配列が存在した。
・ORF6遺伝子とORF7a遺伝子の間に組換えが起きた箇所と考えられる部位が存在した（図）

・6検体の遺伝子配列はほぼ同一で、共通起源を有するウイルスと考えられる。

・デルタ株の部分は国内で流行するデルタ株由来と考えられ、組換えが生じた箇所はORF6遺伝子以降で、感染性・免疫逃避に影響が生じる箇所ではなく、デルタ株と比較して感染・伝播性や免疫等への影響が強くなる可能性はないと考えられる。
----

・具体的な組み換え部位
上からアルファ株、デルタ株、そして赤文字が6件の組み換え株です。
組み換え株はORF1a, ORF1b、Spikeまではデルタ株由来。
ORF6の途中から組み換えが起こり、ORF8およびNはすべてB.1.1.7由来(アルファ株)になっています。

spike部は完全にデルタ株由来ですので、ワクチンの有効性や感染力への影響はなさそうです。
ORF8由来の蛋白は宿主の免疫応答抑制と関連していて、アルファ株ではstop codonになっていたはずなので、その点での病原性はデルタ株より減弱している可能性があるのかもしれません。