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24 Nov, 268 tweets, 77 min read
1/ Nouvelle souche virale. Thread.
Le mutant du Botswana, B.1.1.529, a 32 points de mutation à la protéine Spike. C'est beaucoup, et ça ouvre la possibilité qu'il soit mal reconnu par le système immunitaire…

C'est le scenario redouté pour cet hiver.
theguardian.com/world/2021/nov…
2/ Rien que de lire le peu qu'on sait, j'ai des frissons dans le dos.
⬇️
3/ Si le graphique du Financial Times est correct, c'est un monstre. Une transmissibilité accrue d'un facteur gigantesque. Image
4/ Il faut se forcer à attendre qu'on sache des choses, mais de l'autre côté, c'est la seule fenêtre où on peut le bloquer par des mesures d'urgence.

Il faut temporairement considérer ces données comme réelles, et agir. Vite. Très vite. Image
6/ Compte rendu du New-York Times.
nytimes.com/2021/11/25/wor…
7/ Le principe de précaution invite à agir de toute urgence, dans l'incertitude. En Angleterre, les liaisons aériennes avec les pays d'Afrique du sud ont été restreintes.
bbc.com/news/uk-594242…
8/ Thread sur le graphique du Financial Times montrant une croissance hallucinante de la sous-épidémie.
9/ B.1.1.529 combine les mutations qui confèrent la transmissibilité accrue et des mutations qui donnent du contournement immunitaire. Image
10/ Compte rendu dans Nature.
nature.com/articles/d4158…
Vous voulez que je vous dise mon sentiment: faisons tout le boucan qu'on peut pour qu'on coupe les liaisons aériennes avec les pays d'Afrique du sud dès demain. On n'a pas envie de jouer avec la probabilité (faible) d'une alerte inutile.

C'est un monstre.
C'est la merde.
12/ Israël coupe les liaisons aériennes avec l'Afrique du Sud et les pays voisins.
haaretz.com/israel-news/is…
Et quinze jours d'hôtel, à l'isolement, avec un test PCR tous les trois jours pour les vols qui n'ont pas pu être arrêtés.
S'il vous plait…

Moi aussi, je veux que ce soit faux. Je voudrais sincèrement. Image
14/ La même analyse partout: il se répand très très vite, mais avec peu de cas encore. La coupure des liaisons internationale et les tests des voyageurs est la seule chose à faire dans l'urgence…
16/ Le variant B.1.1.529 crée de la volatilité sur les marchés financiers: la prolongation de la crise va permettre de nouveaux transferts massifs de la sphère publique vers les détenteurs du capital financier.
Puis, en prétextant la "dette"… etc.
lesechos.fr/finance-marche…
17/ Une mesure européenne coordonnée dans la journée?
18/ Thread (aller au delà du préambule).
19/ Ce n'est pas un cluster localisé, mais la souche mutante se répand dans toutes les régions d'Afrique du Sud — on le détecte facilement, de manière assez spécifique, grâce à l'une des mutations.

La lettre grecque, associée à l'alerte, ne va pas tarder… Image
20/ Le variant de Manaus (P.1) a été arrêté par les fermetures des liaisons aériennes. La réaction rapide, pour ce mutant baptisé Nu laisse l'espoir qu'on y échappe — contrairement à Delta pour lequel c'était en passoire…
liberation.fr/societe/sante/…
21/ L'évolution de la fraction du nouveau mutant, par rapport à la souche hégémonique précédente, est en général une donnée fiable (plus que l'évolution du nombre de cas). On peut en déduire un avantage de "compétitivité" viral. Pour Nu, voilà l'estimation. Image
22/ Il faut aussi faire le pari que la souche mutante Nu va passer et, le temps d'adapter le vaccin, nous avons besoin… de reconstituer un arsenal sanitaire large, multicomposantes. Je rappelle ici les points principaux à mettre en œuvre d'urgence (connus depuis 18 mois).
23/
1⃣ Enfin reconnaitre que les FFP2 bien portés sont les masques qui permettent le plus gros gain de filtration, interdire les filtres tissu, et faire des campagnes d'éducation au bon port du masque, barrette nasale pincée.
24/
2⃣ Imposer des normes de ventilation/qualité de l'air (ventilation naturelle, ou VMC (double flux de préférence) ou purificateur) avec mesure du taux de CO2, affichage public et normes recalculées pour le mutant Nu.
25/
3⃣ Investir d'urgence dans la ventilation des lieux de restauration collective (scolaire ou professionnelle) de sorte à mettre les plus gros moyens sur les lieux où le port du masque n'est pas possible.
26/
4⃣ Investir d'urgence dans la ventilation et son contrôle dans les transports en commun (trains, métros, etc).
27/
5⃣ Recruter et former 40 à 50 mille personnes en charge du suivi épidémique de quartier, de l'aide à l'isolement, des mesures dans les eaux usées, de l'éducation populaire au bon port de masque et aux situations à risque.
28/
6⃣ (Inter)nationaliser la production de vaccins et planifier des campagnes vaccinale à l'échelle planétaire.
29/ Une contamination de la souche du Botwanna en Belgique.
rtbf.be/info/societe/d…
30/ L'OMS — qui n'a pas brillé pendant la pandémie — recommande de ne rien faire et d'attendre des données fiabilisées.
channelnewsasia.com/world/who-meet…
31/ Quand je dis "n'a pas brillé", il faudrait dire: a produit cette falsification scientifique qui nous vaut un retard, partout, dans la prise en compte du caractère aéroporté de la transmission dans les mesures sanitaires: des centaines de milliers de morts. Image
32/ Il demeure possible que la croissance épidémique apparente de Nu=B.1.1.529 soit surestimée, si on ne le détectait pas bien que présent il y a deux ou trois semaines — sous-estimant alors le nombre de cas.

Mais le principe de précaution doit prévaloir.
33/ Des cas de Nu en Israël.
timesofisrael.com/israel-detects…
34/ L'OMS baptise Omicron, la souche du Botswana B.1.1.529 (et non Nu). Toute ressemblance avec le colibet dont on affuble le monarque républicain français…
cnbc.com/2021/11/26/who…
35/ L'idée selon laquelle l'infecté de Belgique a ramené Omicron d'Egypte 11 jours auparavant est très très curieuse. Si la transmissibilité est grande, le temps d'incubation est court et cela parait bizarre.
36/ Moderna présente sa stratégie pour nous vacciner contre Omicron.
businesswire.com/news/home/2021…
37/ Omicron n'est pas un "mutant sud-africain" mais un mutant identifié en Afrique du Sud du fait de son système de santé. Image
38/ Omicron est la souche en rouge sur cet arbre: il a muté et retrouvé un certain nombre de points de mutation d'autres mutants à partir d'une souche hégémonique au début de la pandémie.
nextstrain.org/ncov/gisaid/af… Image
39/ Un nouveau mutant très transmissible et avec un contournement immunitaire possible n'a rien d'une surprise: c'est la conséquence de la captation des vaccins par les pays riches, et de n'avoir pas mis en œuvre Zerocovid.
theguardian.com/commentisfree/…
40/ Un bilan très complet de ce qu'on sait sur Omicron, ce jour. Insistance sur le fait que le porteur en Belgique n'est pas allé en Afrique, ce qui indique que Omicron s'est déjà répandu partout.
assets.uzleuven.be/files/2021-11/… Image
41/ Le savions-tu?
Omicron n'est pas seulement pourvoyeur de jeux de mots sur O' Macron, Epidemiolok 1er et sa faillite dans la crise sanitaire, faute de capacité à entendre les scientifiques.

C'est l'anagramme de "moronic", débile en anglais.
42/ Omicron est probablement en Allemagne: un voyageur en provenance d'Afrique du Sud a été testé positif, avec plusieurs points de mutation typiques d'Omicron. Il est à l'isolement et le séquençage est en cours.
43/ Des dizaines passagers contaminé dans deux vols en provenance d'Afrique du Sud qui ont atterri aux Pays-Bas. Les services de santé néerlandais estiment qu'il y a jusqu'à ~85 cas sur 600; jusqu'à présent 15 cas positifs sur 110 tests effectués.
reuters.com/world/europe/p…
44/ En sautant Nu et Xi, pour baptiser Omicron le mutant potentiellement ravageur, l'OMS a-t-elle donné le coup de grâce à la réélection d'Epidemiolok 1er?

On est déjà las des jeux de mots pourris avant même qu'ils commencent. Image
45/ La carte des mutations des 5 variants préoccupants
Omicron (B.1.1.529) montre de nombreuses mutations clés d'Alpha, Beta, Gamma et Delta retrouvée, mais beaucoup ont été ajouté, venues d'un hôte immunodéprimé après une évolution in vivo importante. Image
47/ Dans l'attente de séquençage en France également. Aucune certitude.
fr.news.yahoo.com/info-europe-1-…
48/ La BBC, sur l'énorme brèche dans les vols en provenance d'Afrique Australe vers les Pays-Bas. Comment 10% de passagers peuvent-ils être embarqués contaminés?
49/ Pas de panique.
50/ Un très bon thread, sur les incertitudes concernant l'émergence de Omicron (en plus de celles sur sa transmissibilité, pour lesquelles on va être bientôt fixés, dans une semaine au plus).
51/Le voyageur d'Afrique du Sud vers Hong Kong contaminé à Omicron n'a pas été découvert avant le 4ème jour de quarantaine (2ème PCR). Un autre invité de l'autre côté du couloir a été infecté de manière croisée - seulement positif le 8ème jour (4ème PCR). Deux vaccinés en Pfizer. Image
52/ De ce cas de contamination à Hong-Kong, on peut penser que la bonne solution est sans doute de laisser les vols internationaux, mais avec des quarantaines très très strictes, avec tests, isolement et purificateurs d'air puissants.
washingtonpost.com/politics/2021/…
53/ Comment réagissent les scientistes qui ont accompagné le mythe de la vaccination toute puissante, et ont plombé l'idée qu'un arsenal sanitaire large était nécessaire?
Le déni ou la prudence, comme on voudra.
54/ Il faut entendre les deux: on ne sait pas encore si Omicron dispose d'un contournement immunitaire large, rappeler que Omicron est probablement apparu en Afrique Australe où la vaccination en est à un stade peu avancé (<25% en Afrique du Sud)…
55/… et constater que nous autres, qui avons prévenu
1⃣ qu'il y aurait une reprise épidémique de Delta en hiver
2⃣ que la probabilité qu'un mutant résistant apparaisse était non-nulle,
rendant l'investissement dans la réduction de risque nécessaire avions raison.
56/ C'est marqué là, dans cette tribune du Monde.
lemonde.fr/idees/article/… Image
57/ Si les scientistes avaient réfléchi une demi-seconde à ce que signifie un vaccin qui protège uniquement en voies respiratoires basses, mais pas très efficacement en voies hautes, nous aurions eu plus de poids pour défendre Zerocovid et un arsenal sanitaire large…
58/ Les tests in vitro de l'efficacité des vaccins contre les formes graves de pathologies engendrées par les contaminations en voies respiratoires basses (poumons) commencent.

Pfizer demande deux semaines avant de donner des éléments.
businessinsider.fr/us/vaccine-pfi…
59/ Une possibilité sur l'émergence de Omicron: l'évolution dans le corps d'un patient immunodéprimé.
medrxiv.org/content/10.110… Image
60/ Un autre article sur ce sujet.
nature.com/articles/s4158…
61/ L'idée est qu'une contamination qui dure des mois agit comme un incubateur, ce qui permet au virus de constituer un vaste arsenal de mutations avantageuses...

D'où le saut évolutif. Image
62/ Alors, l'abandon par les pays les plus riches de l'Afrique australe, touchée à 20% par le Sida, aurait joué un rôle primordial dans l'émergence de Omicron.
unaids.org/en/regionscoun…
63/ Les thérapies antirétrovirales contre le Sida doivent être associées impérativement avec la vaccination contre SARS Cov-2 pour éviter les contaminations chroniques et donc, ces patients qui servent d'incubateurs à mutants.
thelancet.com/journals/lanhi…
64/ La réponse internationale à la pandémie doit non seulement être une production publique de vaccins contre SARS-CoV-2 et un appui aux systèmes de santé publique, mais aussi des programmes sur les thérapies antivirales contre le VIH et le SRAS-CoV-2.
65/ Deux cas d'Omicron en Angleterre.
theguardian.com/world/2021/nov…
66/ Les concepteurs de vaccins espèrent raccourcir à 3 mois (!) l'adaptation des vaccins ARNm aux nouveaux variants.
ft.com/content/a7aa4b…
Sinon, c'est cool, j'ai renoué avec les torrents d'insultes et de propos délirants. ça m'a manqué pendant mes 4 mois de pause.
68/ 10% de passagers atteints du Covid dans les deux avions en provenance d'Afrique du Sud vers les Pays-Bas. Ont-ils contracté le virus dans l'avion?
republicworld.com/world-news/afr…
69/Biden appelle à une réunion internationale pour discuter de la levée de la propriété intellectuelle sur les vaccins — ce qui n'est pas le problème: l'essentiel pour produire des vaccins, c'est la techno.
reuters.com/business/healt…
70/ La Belgique ré-examine 47 tests PCR passés. Image
71/ Omicron en Allemagne et en république Tchèque.
Bon… C'est mort.
theguardian.com/world/2021/nov…
72/ Le graphique du Financial Times provient de données qui n'ont rien de louche. Hormis qu'on ne veut pas que ce soit vrai: nombre de cas x4 en une semaine (courbe noire), ça fait du R0 de 10. Image
73/ On parle de milliers de cas par jour, en croissance entre 4 et 9% par jour. Je vois mal où pourrait être l'artefact: c'est tellement rapide que la mesure du taux de croissance épidémique est précise… Image
74/ On saura dans 10 jours si Omicron conduit à des pathologies plus légères ou les mêmes que Delta. On ne peut pas parier la dessus, mais cela reste possible…
75/ Agir vite, selon le principe de précaution, mais être patient avant d'avoir des certitudes...

Rien n'interdit (on peut rêver) que Omicron donne des pathologies légères et soit le vaccin gratuit planétaire que l'on appelle de nos vœux depuis un an.
science.org/content/articl…
76/ Cependant, la probabilité que les pathologies soient semblables est grande...

En Afrique du Sud, les premières hospitalisations.
apnews.com/article/corona…
77/ Le temps de la science est normalement plus long que le temps du politique. Mais pour cette pandémie, c'est remarquablement l'inverse: pour la transmission aéroportée, consensus en juin 2020, et AUCUNE conséquence tirée à ce jour dans les mesures sanitaires.
78/ Point de vue: l'alerte, rapide, des scientifiques sud-africains ne doit pas conduire à un désastre économique et social pour l'Afrique australe.
theguardian.com/commentisfree/…
79/ Neil Ferguson, l'épidémiologiste d'Imperial College qui avait fait un travail remarquable au début de la pandémie, travail qui n'a pas été compris correctement par la classe politique mondiale, fait le point.
imperial.ac.uk/news/232217/qa…
80/ Contre Omicron, l'équipe incompétente en place, qui demeure dans le déni de la transmission aéroportée depuis 17 mois, est reconduite.
81/ Pourquoi Omicron? Nu a été évité parce que cela se prononce "new" en anglais. Xi est le prénom du président chinois. Et l'OMS ne sait pas que O'Micron est le président grolandais.
82/

Ô Micron, ô châteaux,
Virus sans défauts ?

Ô Micron, ô châteaux,

J'ai fait la magique étude
Du mutant, que nul n'élude.

Il faut que son dédain, las !
Me livre au plus prompt trépas ! Image
83/
13 des passagers en provenance d'Afrique du Sud vers les Pays-Bas ont bien contracté Omicron. Est-il possible que la charge virale croisse si vite que ce soit détectable en l'ayant contracté dans l'avion ou à l'aéroport? Curieux.
bbc.com/news/world-eur…
84/ Deux cas au Danemark.
Carte mise à jour d'où Omicron est déjà.
bnonews.com/index.php/2021…
85/ Etat des lieux pour les pays qui ont un système de séquençage correct. Donc pas la France dont l'exécutif a préféré miser sur la détection ciblée de mutations connues. Oui, c'est aberrant… Image
86/ Tiens, je vais mettre de la zique ici, bien adaptée à la situation.

Sleaford Mods - Second
87/ Si la pandémie est une syndémie, c'est aussi que les mutants ne surgissent pas du néant mais sont la conséquences des politiques suivies.
letemps.ch/opinions/varia…
88/ On ne saura pas si la stratégie ignorée, #ZeroCovid avait elle aussi des biais...
89/ En Afrique du Sud, les aéroports sont pris d'assaut par les touristes pour quitter le pays "le plus vite possible". C'est compréhensible, mais le "tourisme" en terre australe doit se plier à l'isolement et aux tests.
francetvinfo.fr/sante/maladie/…
90/ Les symptômes de Omicron sont les mêmes que pour les autres souches virales. Attention: des déclarations rassuristes selon lesquelles il serait inoffensif ont été déformées et tirées de leur contexte.
nicd.ac.za/frequently-ask…
91/ C'est l'AFP qui propage les falsifications, maintenant… Image
93/ Traduction du papier de Haaretz
courrierinternational.com/article/pandem…
94/ Vous aussi cette saloperie de Covid vous sort par les yeux?
scientificamerican.com/article/covid-…
96/ Plus de données. La flambée d'Omicron touche des milieux jeunes, possiblement étudiants, donc faisant des formes bénignes, statistiquement.
97/ Fauci: plus de la même chose.
theguardian.com/world/2021/nov…
98/ Le Maroc ferme ses liaisons aériennes.
lemonde.fr/planete/articl…
99/ Bilan sur une semaine en Afrique du Sud:
• Cas avérés: +233%
• Tests: +7%
• Hospitalisations: +11%
• Décès: +121% ImageImageImageImage
100/ Trois éléments factuels nous diront à quel point Omicron va nous toucher durement ou pas:
- une estimation fiable de sa transmissibilité
- sa capacité à envoyer aux urgences
- le niveau de protection des vaccins
Et il faut attendre ACTIVEMENT.
theguardian.com/commentisfree/…
101/ Je corrige une faute de calcul.
+233% en une semaine, ça fait un doublement tous les 4 jours et donc un R0 autour de 2,6 pour l'Afrique du Sud qui est en été, pour une population vaccinée à 25%.

Avec les FFP2 généralisés en espace clôt, on s'en sort.
Mea culpa.
102/ Que menace exactement la suspension des lignes aériennes commerciales avec l'Afrique australe? Le tourisme? Les voyages d'affaire?
Les marchandises, elles, peuvent voyager.
liberation.fr/international/…
103/ Fascinante mise à jour de l'OMS pour ajouter en face de chaque chose: rien n'est clair.
who.int/news/item/28-1…
104/ J'aime bien ce type de posts totalement déconnants parce que ça me permet de me trouver calme, pondéré, intègre et factuel dans mon suivi. Image
105/ Précision française. Image
106/ Triplement en deux semaines du nombre d'hospitalisations dans la province où se situe l'épicentre épidémique.
nicd.ac.za/diseases-a-z-i… Image
107/ Maintenant, comme pour Delta, on repart avec le tracing et rétrotracing, pour tenter d'endiguer Omicron. Jusqu'à présent, ça a été fait par téléphone, sans moyens, sans méthode et on voit le résultat…
108/Deux cas d'Omicron (voyageurs en provenance du Nigeria) au Canada.
ici.radio-canada.ca/nouvelle/18433…
109/ No shit, Sherlock.

Quand on prend 17 mois de retard sur l'investissement dans la réduction de risque insensible aux mutations, évidemment qu'on part trop tard dans la "course contre la montre". Image
110/ Cyril Ramaphosa: "The proportion of COVID-19 tests that are positive, has risen from 2% to 9% in less than a week, this is extremely sharp of a rise of infections in a short space of time."
lesechos.fr/idees-debats/e…
111/ Ô bsession. Image
112/ Deux voyageurs atteints d'Omicron arrêtés après avoir voulu fuir leur quarantaine en Hollande pour passer en Espagne.
dailymail.co.uk/news/article-1…
113/ Les États-Unis, l'Union européenne, le Royaume-Uni, l'Australie, le Canada, l'Arabie saoudite et la Corée du Sud ont limité les déplacements et imposé des quarantaines après la détection d'Omicron partout.
ft.com/content/2da44f…
114/ Aurait-on pu éviter Omicron?
Oui, avec la stratégie Zero Covid, en utilisant les savoirs scientifiques plutôt que de les nier.
Oui, avec une justice vaccinale fondé sur le système public.
theguardian.com/commentisfree/…
115/ Synthèse sur ce qu'on sait et ce qu'on ignore concernant Omicron.
lemonde.fr/blog/realitesb…
116/Omicron au Portugal…
20minutes.fr/sport/3184607-…
119/ A Pretoria, l'augmentation de la charge virale dans les eaux usées suit la courbe d'explosion de Delta, ce qui suggère qu'il n'y a pas d'artefact. Malheureusement.
nicd.ac.za/diseases-a-z-i… Image
120/ Les courbes d'hospitalisation dans la région d'Afrique du Sud où Omicron a explosé. Image
121/ Le merdouillage ci-dessus dans l'estimation du gain de transmissibilité vient du fait qu'il manque une donnée: Omicron pourrait être intrinsèquement moins transmissible que Delta mais avoir un gros échappement immunitaire.
Représentation des variants.
elifesciences.org/articles/65902 Image
122/ Représentation de la courbe où se situe Omicron et Delta, dans un espace "évasion immunitaire" vs "transmissibilité intrinsèque". Image
123/ Y-aura-t'il de la neige à Noël?
politico.eu/article/nu-cor…
124/ Alors, c'est Odarmalin et Omicron qui rentrent dans un bar... Image
125/ Sur l'incubation de mutants chez les patients immunodéprimés.
lemonde.fr/blog/realitesb…
126/ Et six cas en Ecosse.
bnonews.com/index.php/2021…
127/ Omicron à la Réunion.
lemonde.fr/planete/articl…
128/ Impact du rappel vaccinal: il fonctionne, permet de limiter les maladies graves et ne suffit pas.

Et on le sait depuis des mois. Et c'est criminel, littéralement criminel, de ne pas avoir constitué un arsenal sanitaire large.
modelisation-covid19.pasteur.fr/realtime-analy…
129/ Après 17 mois, les ministères consentent à donner un taux de CO2 typique de la zone à risque modéré tout en envoyant des directives de ne surtout rien faire (hein @ASBarthez, quelle honte…) et en ne consentant à aucun investissement. Rien. Nada.
130/ Les scientifiques sud-africains, inquiets des conséquences économiques d'un blocus aérien, appellent à ne pas paniquer. L'OMS commence au contraire à faire demi-tour et à alerter.
nytimes.com/2021/11/29/wor…
131/ Et j'en suis d'accord. Il ne s'agit pas de paniquer. Il s'agit que les bureaucrates incompétents, nullissimes, incapables, du cabinet Véran écoutent enfin le monde scientifique et demandent à Bercy de lâcher 1 Md € pour agir sur les voies de contamination. Image
132/ Les variants composants la souche Omicron sont maintenant traqués, séquencés, analysés.
outbreak.info/situation-repo… Image
133/ Premier cas en Suède. Premier cas en Espagne. Le Japon se referme…
francetvinfo.fr/sante/maladie/…
134/ Arrêter Omicron en Europe aurait supposé:
- un protocole sérieux de quatorzaine, avec ventilation/purification renforcée et tests tous les trois jours
- du rétro-tracing pour arrêter les fuites possibles

Nous verrons…
bfmtv.com/sante/en-direc…
135/ Je le dis ici, parce que je suis tellement en colère contre la médiocrité de nos dirigeants, des hauts fonctionnaires incultes scientifiquement. La croyance techno-solutionniste est une religion qui vaut bien le complotisme antivax.

Les deux mâchoires d'un même piège…
136/ Transmission d'Omicron de cardiologue à cardiologue, les deux avec trois doses de vaccin. L'hypothèse d'un échappement immunitaire important (mais d'une transmissibilité intrinsèque modérée, gérable par la ventilation et le masque) se confirme.
137/ Les données hospitalières de la région du Gauteng sont maintenant complètes. Doublement des entrées en une semaine, alors même qu'on n'est qu'en tout début de vague. Ce sera doublement tous les trois ou quatre jours prochainement.
nicd.ac.za/diseases-a-z-i… Image
138/ Les scientifiques anglais n'ont plus de doute qu'on aura des centaines de cas d'Omicron détectés sous peu.
theguardian.com/world/2021/nov…
139/ Omicron n'est plus dans une province, dans une université, comme l'espéraient les clowns rassuristes, mais dans toutes les provinces d'Afrique du Sud. Image
140/ Les gens qui prennent l'avion et se retrouvent coincés ne sont pas contents de la tentative d'arrêter Omicron. Ben oui… Je pleure nos morts, nos existences piétinées mais, je dois l'avouer, uniquement de l'empathie pour leur problème.
washingtonpost.com/travel/2021/11…
141/ Amis anglophones, ne dites plus "oh-my-kron", dites plutôt "oh-mee-kron". Omicron n'est pas Ô, micron. D'ailleurs, il en fait 0,2 de microns.
telegraph.co.uk/global-health/…
143/ Omicron se rependait déjà en Europe avant d'être détecté en Afrique du Sud.
cbsnews.com/news/omicron-v…
144/ Big Pharma Is Making a Killing from Vaccine Apartheid.
jacobinmag.com/2021/11/covid-…
145/ Les taux de décroissance/croissance de Delta et Omicron permette de tirer les taux de reproduction épidémiques apparents:
Delta = 0.67
Omicron = 3.0
Avantage = x4.5 Image
146/ Mais ça ne veut pas dire que le taux de reproduction intrinsèque est x4,5: une partie de ça vient du contournement immunitaire.

Avec une politique de promotion des FFP2, un investissement dans la ventilation et la purification, on s'en sort encore…
Quand?
147/ Estimation (faites vos jeux; en vrai, on ne peut pas savoir encore): Omicron, 1.3x plus transmissible que Delta
jpost.com/health-and-wel…
149/ Omicron se transmet par voie d'aérosol. Oui, comme les autres souches…
Le virus dans sa goutelette de mucus salivaire ressemble à ça.
150/ Les protéines de mucus viennent faire une gangue autour de la particule virale, le protégeant pendant l'évaporation de la goutte.
151/ Il parait qu'on n'a pas le droit à d'autre commentaire que "c'est mindblowing" et c'est "Spectaculaire", ces animations publiée par le NYT.
nytimes.com/interactive/20…
152/ #COVIDisAirborne

Le preprint qui va avec la vidéo.
biorxiv.org/content/10.110…

153/ Il n'y a aucune raison pour laquelle l'évolution se feraient vers des mutants moins dangereux.
theguardian.com/world/2021/dec…
154/ Afrique du Sud +571% de cas en une semaine

- Nouveaux cas: 8,561
- Taux positifs 16.5% (+6.3)
- Hospitalisés: 2,550 (+136)
- Urgences: 235 (+1)
155/ Le superspreader qui a ramené Omicron en Israël est un cardiologue qui l'a choppé à Londres dans un "congrès de médecine" où 1200 toubibs, beaucoup non masqués, étaient rassemblés.
theguardian.com/world/2021/dec…
156/ Omicron est au USA. Ca fait rêver, tous ces voyages, non?
edition.cnn.com/2021/12/01/hea…
157/ Moderna pense pouvoir fournir du booster Omicron en mars. D'ici là, heureusement qu'on a investi dans des usines de fabrication de FFP2, dans des ventilations rentables à 20 ans (non).
Connards.
Connards criminels.
reuters.com/business/healt…
158/ Mise à jour du graphique du Financial Times, très complet. Image
159/ Quelques développements sur le type de raisonnement que toutes celles et tous ceux qui essayent d'estimer l'avantage de Omicron font.
160/ Alors, j'ai bien une idée de réponse, étant donné le conflit d'intérêt majeur du "boss de BioNTech"… Et même deux:
- ne pas dévaloriser sa boite, quand un mutant avec contournement immunitaire survient (peut-être)
- savoir qu'on va vendre une quatrième dose adaptée Omicron Image
161/ Norvège.
Possible cluster de 50 personnes parmi 120 vaccinés, testés négatifs avant d'aller au Noël de leur entreprise vendredi. L'un d'eux revenait d'Afrique du Sud.
Confirmation à venir.
dagbladet.no/nyheter/var-pa…
162/ Un subvariant d'Omicron a acquis la mutation P681R de la protéine Spike qui contribue fortement à l'infectiosité de Delta.
nextstrain.org/groups/neherla…
163/ Confirmation du fait qu' Omicroon a un avantage de transmission relatif à Delta (qui nous submerge déjà, du fait de la nullité obscurantiste des politiques sanitaires mise en œuvre) multiplié par 5,2. Image
164/ Un peu d'obscurantisme et de falsification. Sans surprise… Image
165/ La co-infection par deux souches mutantes est rare, très improbable, raison pour laquelle il est FAUX, strictement faux de penser qu'une souche en chasse une autre.

Quand ça se produit, c'est très méchant… 2 cas au Brésil.
edition.cnn.com/2021/03/11/ame…
166/ Obscurantisme: sans surprise…
Les scientifiques ne sont pas écoutés par l'exécutif, mais ce type de crétins lobbyistes doit avoir ses entrées. Image
167/ Il faut mettre à jour les vaccins, mais aussi les tests.
abbott.com/corpnewsroom/d…
168/ Un mutant avec contournement immunitaire comme Omicron était redouté/attendu par tous ceux qui ne sont pas dans la croyance fétichiste, mais dans l'analyse rationnelle et scientifique.

Pour autant, son apparition demeure étrange.
science.org/content/articl…
169/ L'article le plus nul de la nuit: rien n'est posé correctement, à commencer par le lien fait entre dose de booster et Omicron. La raison du booster, c'est la perte graduelle d'immunisation.
Point.
nytimes.com/2021/12/01/hea…
170/ Toujours aucune mesure sérieuse pour les voyageurs, mais une farce: un "test négatif". Au cabinet Véran, les tocards n'ont toujours aucune idée de la cinétique de SARS-CoV-2.
C'est proprement bolsonarien, comme niveau…
francetvinfo.fr/sante/maladie/…
171/ Les vols avec l'Afrique Australe reprennent, sans mesures d'isolement rigoureuses. Uniquement ce label pour décérébré, "rouge écarlate", sans la moindre mesure ayant un peu de rigueur à la hauteur des vagues qui montent.
francetvinfo.fr/sante/maladie/…
172/ Les mutations de la protéine Spike du mutant Omicron.
sars2.cvr.gla.ac.uk/cog-uk/ Image
173/ Second cas en France.
Après Saint-Denis de la Réunion, Saint-Denis en Ile-de-France. Voyageur en provenance du Nigéria. Image
174/ Ne pas oublier que:
- le développement de pathologies dépend du système immunitaire donc de l'âge des personnes atteintes
- les entrées à l'hôpital suivent avec du retard les flambées épidémiques (regardés les décalage temporels des maxima entre contamination et hosto. Image
175/ Tiens, un peu de covid-négationnisme... Pour dire que la parole des crétins criminels, je la mets aussi dans mes recensions.
spectator.co.uk/article/will-w…
176/ Omicron dans le Haut-Rhin — comme pour l'émergence de la souche de Wuhan.
dna.fr/sante/2021/12/…
177/ Le variant Omicron peut-il grand remplacer avantageusement Delta, en étant "mild"?
Shorter: non.
lefigaro.fr/sciences/le-va…
178/ Le deuxième cas aux USA indique que cela fait un moment déjà qu'Omicron y est arrivé.
statnews.com/2021/12/02/sec…
179/ La production d'articles devient quasi instantanée… Déjà un papier (méthodo prête depuis longtemps) montrant que, contrairement à alpha et delta, omicron a un échappement immunitaire vis-à-vis des contaminations "naturelles" (réinfection).
180/ La figure qui montre la probabilité de réinfection.
medrxiv.org/content/10.110… Image
181/ Cela ouvre la possibilité d'une flambée gémellique pendant cet hiver: Delta qui se maintient par le milieu scolaire, et balance les non vaccinés aux urgences pendant que Omicron s'occupe des vaccinés par perte d'immunité.
thedailybeast.com/omicron-and-de…
182/ 5+3=8 Image
183/ Si vous voulez savoir pourquoi j'en chiale de rage, regardez la date de ce post, répété, répété, répété.
25 avril…
Dernière entrevue avec les conseillers de l'Elysée et du ministère de la santé: 25 mai.
Et: le déni, le vide de pensée analytique.
184/ Beaucoup plus d'enfants admis à l'hôpital avec Omicron qu'avec Delta. En particulier… en dessous de 4 ans.
twitter.com/i/broadcasts/1… Image
185/ Omicron: contournement immunitaire important.
scmp.com/news/china/sci…
186/ Un cluster d'Omicron dans une école australienne.
amp.abc.net.au/article/100671…
187/ Omicron : 2 000 personnes mises en quarantaine à l’École internationale de Genève.
ledauphine.com/sante/2021/12/…
188/ Regardez à droite, la courbe bleue des <5 ans. Image
189/ Omicron en Inde dès début novembre…
190/ Une des certitudes: Omicron est arrêté par les masques FFP2 et sa concentration diminue si on ventile les pièces.
Une des inconnues: les tests antigéniques (auto-tests par exemple) fonctionnent-ils sur Omicron en l'état?
191/ Le variant Omicron touche les enfants de moins de 5 ans.
thedailybeast.com/omicron-varian…
182/ Le SAGE fait sa première évaluation de dangerosité d'Omicron. Les incertitudes sont grandes mais… ce n'est pas bon du tout. Image
183/ 16,055 nouveaux cas en Afrique du Sud
+468% en une semaine.

Nouvelle vague — Richard Anthony
184/ Accrochez vos ceintures. Image
185/ 25 études scientifiques programmées sur Omicron en Angleterre. Nous, nous avons les visites de Macron à Raoult et les clowns du cabinet Véran qui nie la transmission aéroportée par ce qu'ils ont été "sur le terrain, au chevet du malade" (sic). On ne peut pas tout avoir. Image
186/ Ouais!

Sleaford Mods - Jolly F*cker
187/ Le type du Minnesota atteint d'Omicron a croisé 35 copains à Anime NYC. La moitié d'entre eux sont testés positifs au Covid.
nbcnewyork.com/news/coronavir…
188/ Sur le superspreading d'Oslo, 120 vaccinés et testés antigéniques. 80 à 90 sont positifs. 13 à ce jour sont confirmés Omicron. Des contaminations dans le même resto, à plusieurs tables de là.
reuters.com/world/europe/o…
189/ Zimbabwe
Nombre de cas x17 en une semaine.
reuters.com/business/healt…
190/ Umour sur l'apartheid vaccinal.
191/ Omicron: rapport sur la contamination aéroportée dans l'hôtel de quarantaine de Hong-Kong.
wwwnc.cdc.gov/eid/article/28…
192/ Mise à jour des faits connus sur Omicron, en particulier sur son origine.
cov-lineages.org
193/ Le domaine de liaison d'Omicron avec les récepteurs ACE2 présente 15 mutations, contre 2 pour Delta. La modélisation de ce domaine laisse penser qu'Omicron se lie plus facilement à son récepteur, ce qui pourrait le rendre plus transmissible.
biorxiv.org/content/10.110…
194/ Le NYT récupère des threads sur Twitter et en fait des titres parfaitement incompatible avec les faits. Omicron se propage beaucoup plus que deux fois plus que Delta...
nytimes.com/2021/12/03/hea…
195/ Omicron démontre que la pandémie est hors de contrôle. Il est tant de comprendre que la mise en œuvre de la stratégie Zéro Covid à l'échelle planétaire est la seule viable.
theguardian.com/world/commenti…
* temps

Il est temps de me reposer aussi.
196/ A propos du papier en 193, je partage ce commentaire d'avertissement qui me semble pertinent.
197/ 25 cas d'Omicron en France. Les pauvres phone-centers supposés assurer le tracing et le retrotracing sont déjà débordés.

Le temps approche de pouvoir vous faire une première projection de quand Omicron deviendra hégémonique…
santepubliquefrance.fr/les-actualites…
198/ La vague d'Omicron qui s'annonce va jouer un rôle de premier ordre pour la présidentielle. Peut-être déclencher l'effet toboggan pour Macron, maintenant que les vieillards du pays, qui feront l'élection, vont pouvoir se replier sur la candidate sarkozyste. Image
199/ Omicron envoie davantage d'enfants à l'hôpital en Afrique du Sud. Les enfants en bas âge, qui n'ont généralement connu qu'une évolution bénigne de la maladie avec les variantes précédentes, présentent désormais des symptômes modérés à graves.
200/ En Angleterre, le temps de doublement d'Omicron est en dessous de 3 jours. Même résultat aux Etats-Unis.

Et il n'y a pas la moindre surprise. Je peux vous tracer la courbe prédictive pour la France, du remplacement de Delta par Omicron. Image
Je garde ça pour demain soir, le tracé de courbes… Vous ne voulez pas savoir ce soir quand nous serons confinés, faute d'investissement dans la réduction de risque. L'exultation des néo-nazis de Z, protégés par la Milice des voltigeurs doit vous suffire, comme moi, pour ce jour.
201/ Trois soldats israéliens ont ramené Omicron de France.
timesofisrael.com/liveblog_entry…
202/ Rapport d'hôpital à Pretoria, l'épicentre d'Omicrono. Les patients sont jeunes pour l'instant et ont donc un bon système immunitaire. Nous saurons dans deux semaines seulement si Omicron a la même dangerosité que Delta, un peu moins ou un peu plus.
samrc.ac.za/news/tshwane-d…
203/ Six cas sur onze en Israël sont des triples vaccinés: 5 en 3x Pfizer et 1 en 3xModerna. Quatre cas sur onze sont des non-vaccinés.
204/ Variant Omicron : un risque d’échappement immunitaire.
lemonde.fr/blog/realitesb…
205/ J'insiste: la rumeur selon laquelle les mutations conduiraient à des symptômes moins graves est totalement infondée scientifiquement. Les mutations et recombinaisons sélectionnées, ce sont celles qui donnent des souches mieux adaptées à l'hôte.
Point.
biorxiv.org/content/10.110…
206/ Vous pouvez CROIRE ce qui vous chante, évidemment. Mais la fable des "symptômes modérés" des patients atteints de Omicron tombe devant les FAITS, les cas qui s'accumulent.
nzherald.co.nz/world/covid-19…
207/ Je vais essayer d'expliquer une fois de plus pourquoi la vaccination réellement existante n'est pas un "game changer" et qu'elle ne suffit pas.

Pour ça, il faut comprendre ce que signifie une croissance épidémique de doublement tous les trois jours. Image
208/ Regardez l'effet bénéfique, réel, de la vaccination sur ce graphique. Il ne faut pas y voir une exponentielle particulièrement (encore que) mais la probabilité d'entrer à l'hôpital quand on a le Covid, selon son âge, en étant vacciné (orange) ou pas (bleu). Image
209/ Si vous comprenez bien ce graphique, que je remets, vous voyez que la vaccination marche génialement pour éviter, statistiquement, de développer des formes graves de pathologies: celles qui envoient à l'hôpital.

Approximons par 8 le facteur entre les deux courbes. Image
210/ Alors, ayant contracté le virus en voies hautes, cela signifie (toutes classes d'âges confondues, sans pinailler sur la perte d'immunisation et la date de vaccination) qu'on divise par huit le risque de forme grave de pathologie...
La répétition c'est la clé de la pédagogie.
211/ Et bien en temps, ce facteur huit correspond à gagner neuf jours d'évolution épidémique.

Doublement en trois jours; quadruplement en six jours; multiplication par 8 en neuf jours. Image
212/ En conséquence, la vaccination ne peut suffire, même avec le critère éthiquement douteux de "ne pas faire saturer les services de réanimation". Il faut faire baisser l'épidémie, c'est à-dire maintenir R<1.

C'est ce qu'on appelle "Zero Covid" (et pas autre chose).
213/ Etre rationnel, c'est ne pas fétichiser le vaccin comme un techno-solutionniste (la technique comme religion) ni nier son efficacité contre la réplication virale en voies basses comme un antivax.

Ah, j'oubliais: la pédagogie, c'est l'art de la répétition.
214/ Ces chiffres signifient-ils que le vaccin ne protège pas de la contamination par Omicron?

Non (il faut attendre, on ne sait pas) puisqu'il y a beaucoup plus de vaccinés que de non vaccinés en Israël. Il faut les pourcentages, pas les nombres absolus.
215/ Ces chiffres signifient-ils que le vaccin ne protège pas des formes graves que donneraient Omicron? Evidemment pas, puisqu'on n'aura des formes graves en nombre que dans 2 ou 3 semaines.

La pédagogie c'est l'art…
216/ Seuls un tiers des tests PCR pour le grand public sont analysés dans des labos qui examinent une caractéristique d'Omicron.
theguardian.com/world/2021/dec…
217/ Prévenir le VIH pour empêcher l'incubation de souches mutantes.
lemonde.fr/planete/articl…
218/ Bon. Quand faut y aller, faut y aller.
Sur l'axe horizontal, c'est le n° du jour en décembre. On est le 6. Le 1er janvier, c'est 32. Le 11 janvier, c'est 42.

En rouge, le nombre de cas de Delta si les gens commencent à flipper et à arrêter les apéros. j'ai mis R=1,3. Image
219/ Au 6 décembre, on a 42 892 cas positifs (notez le 10^3 qui veut dire milliers sur l'axe de gauche).

En noir, j'ai mis Omicron à R=2.5 (doublement en 3 jours) en considérant que si l'exécutif déclare 25 cas, il doit y en avoir au moins 100.

Ca se croise au 39 décembre. Image
220/ Si je mets Omicron à R=2.1 (doublement en 4 jours), il ne devient hégémonique qu'au 55 décembre, c'est à dire 24 janvier (au lieu de 8 janvier).

Scenario moyen: Omicron devient hégémonique à la mi janvier. Image
221/ En réalité, il y a des chances pour qu'il y ait un coup d'arrêt de la propagation de Delta, avec la peur qui gagne la population et l'arrêt de l'école pendant les vacnaces, donc plutôt un passage par le pic épidémique accélérant le remplacement par Omicron début janvier.
222/ La tristitude, c'est quand tu calcules le prochain variant.
Et ça fait mal.
223/ Pour une politique conjointe contre le SIDA et contre SARS-CoV-2. Vite…
nature.com/articles/d4158…
224/ Thread sur l'efficacité de liaison des anticorps sur les souches virales.
225/ Et évidemment, il faut de la prudence mais ça ne va pas dans le bon sens.
226/ On a des raisons de penser que plus les points sont bas, plus il y a des contournement immunitaire. PM520, est un polymutant (20 mutations de la Spike) créé en laboratoire pour voir à quel point SARS-CoV-2 pouvait échapper aux anticorps de vaccinés ou infectés... Image
227/ Un peu de daube rassuriste sans fondement, pour dire que je mets tout.
nytimes.com/2021/12/06/wor…
228/ Le National Department of Health d'Afrique du Sud a fermé aux chercheurs l'accès aux statistiques d'entrée en réa et de décès, conditionné par le statut vaccinal.

On n'a donc plus ce type de graphiques… Image
229/ Aération du thread. A supposer que ce type de talk show vous fasse rire.
230/ Le cluster de Sidney est né au Nigeria.
abc.net.au/news/2021-12-0…
231/ C'est pratique d'avoir ces papiers qui calculent, avec un peu d'IA pour que la méthode soit bien opaque, l'adhésion entre le récepteur ACE2 et Omicron. Comme ils se contredisent dans leurs conclusions 👉 🗑️
biorxiv.org/content/10.110…
232/ Synthèse.
Comment Omicron a-t'il pu acquérir autant de mutation pourries aussi vite?
Shorter: parce que les dirigeants du monde riche, incultes, n'ont pas voulu mettre en œuvre Zéro Covid, la seule stratégie viable.
scientificamerican.com/article/how-th…
233/ Shorter Image
234/ Toujours cette mauvaise habitude de faire des conférences de presse avant de montrer les données, plus quelques jours pour que la critique scientifique se fasse.

Mais ce sont des bonnes nouvelles.
reuters.com/business/healt…
235/ Les data du Danemark sont irréprochables: super qualité de tests et de détection de souches mutantes. Le temps de doublement est de deux jours… Image
236/ Les data en Angleterre sont irréprochables aussi, et la population anglaise est massivement vaccinée. Et bien la croissance est aussi rapide qu'en Afrique du Sud où il n'y a qu'un quart de vaccinés.

S'il faut dire quelque-chose de probable: il y a échappement immunitaire. Image
237/ Un thread récapitulatif. C'est juste pour dire que la tendance globale des scientifiques du domaine, c'est une inquiétude forte.
238/ Omicron mute.
Et le Guardian pont un titre qui n'a aucun sens… Aucun mutant n'est dans l'absolu "pas détectable à la PCR".
theguardian.com/world/2021/dec…
239/ Ca n'a aucun intérêt, vu qu'il n'y a pas de fait à l'appui de l'affirmation, mais je voulais placer un calembour, pour aérer.

Fauci est-il marteau? Image
240/ Si vous ne savez pas ce qu'est l'échappement immunitaire, un mini-thread, vulgarisé, dessous.
241/ Ecosse: 100 cas de Omicron. Même croissance très rapide qu'ailleurs.
thenational.scot/news/19767698.…
242/ Quatre questions sur Omicron:
- plus transmissible? Oui
- maladie plus grave? On ne sait pas. Pas plus probablement.
- les tests marchent-ils? En principe.
- contournement vaccinal? On ne sait pas. Oui, a priori.
nytimes.com/2021/12/07/bri…
243/ A ceux qui s'aventurent sur le caractère bénin (mild) de 0micron…
Il faut attendre, mais vue la flambée d'hospitalisations, il ne fait pas rien. Image
244/ Dans le tour du monde des spécialistes, qui, avec les mêmes faits, sont pessimistes ou optimistes, Drosten… Très optimiste au printemps, il est maintenant d'un pessimisme noir.
Noir sombre.
ndr.de/nachrichten/in…
245/ Drosten voit Delta nous faire chier jusque fin janvier — bien que l'Allemagne ait mis le frein à main, passant le sommet de la vague.

Et au micron jusqu'à l'été. Image
246/ Drosten: une souche mutante qui combine un échappement immunitaire important et une transmissibilité effective foudroyante ne peut qu'augmenter la gravité (statistique) des maladies.

Ca, c'est dit.
247/ Preprint
Test de neutralisation d'Omicron par le Pfizer. Vaccin seul: énorme baisse d'efficacité. Vaccin + réinfection, la protection demeure significative.
sigallab.net Image
248/ Compte rendu de Bloomberg. Je ne sais pas si les scientifiques dealent l'exclusivité de l'interview avant même de mettre les data en ligne…
Il va falloir reconstruire des pratiques plus vertueuses, bientôt.
bloomberg.com/news/articles/…
249/ Le Financial Times publie les données bourrées de biais sur lesquels l'idée d'un variant conduisant à des cas moins graves (mild) prétendent se fonder.

En réalité, on ne sait pas encore. Il faut attendre.
ft.com/content/d315be…
250/ Voilà le graphe… Deux fois moins d'entrées en soin intensif que pour Delta. Oui mais:
- les patients sont jeunes et les données doivent être conditionnées par l'âge
- toute personne entrant à l'hôpital est maintenant testée
- les cas graves, c'est dans une à deux semaines… Image
251/ Il faut attendre de bonnes données statistiquement fiables, bien conditionnées, comparables. Quand on ne sait pas, on ne sait pas.

Mais même un facteur 2 ou 2,5 vers le bas pour la probabilité d'entrer en réa, pour un virus 4x plus transmissible, comment dire?
252/ Si la fraction des infectés qui sont vaccinés est la même que la fraction de la population qui est vaccinée, alors on peut conclure (sous réserve de confirmation des données) qu'il y a échappement vaccinal intégral d'Omicron pour la transmission.
253/ La protection contre la transmission était, en gros une division par 3, avec perte graduelle d'efficacité, pour Delta. Il reste possible que le vaccin préserve des pathologies les plus graves en voies basses (poumons).
254/ Confirmation de l'érosion de la protection vaccinale en double dose et du facteur 40 de dégradation de celle ci, en mesures in vitro, face à Omicron (autant que je comprenne).
255/ Nous sommes arrivés à un point de déliquescence institutionnelle où les scientifiques n'ont plus d'autre choix que d'aller s'exprimer sur Twitter, lançant des bouteilles à la mer...
Il faut réfléchir à ce que cela signifie.
256/ La science étant une activité collective, jamais individuelle, et de long terme, chacun y va avec sa subjectivité.

Ici, un thread colorié en rose bonbon, intéressant si vous chercher comment on peut "positiver" dans le marasme.
257/ Nous sommes arrivés au stade aussi où les trois tests de neutralisation d'Omicron sont publiés par communiqué de presse avec figures sur Twitter.
C'est ahurissant, ça aussi.
statnews.com/2021/12/07/a-f…
258/ 0 macron sur Omicron
"L'OMS a plutôt eu hier des nouvelles rassurantes, il semble que ce ne soit pas plus inquiétant que ce qu'on disait"

J'ai envie de hurler… C'est DINGUE. Image

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+++
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