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1 Dec, 6 tweets, 5 min read
Ghana has uploaded 33 Omicron sequences with collection dates ranging from 21st to 26th of November.
All samples state "Non-sentinel-surveillance (quarantined traveler)" but do not list the country of origin.
Samples can be seen on a phylogenetic tree here nextstrain.org/groups/neherla…
New additions to GISAID are:
43x 🇿🇦 South Africa
33x 🇬🇭 Ghana
9x 🇬🇧 UK
2x 🇯🇵 Japan
1x 🇧🇪 Belgium
1x 🇮🇪 Ireland
nextstrain.org/groups/neherla…
An explanation of how this tree is generated and what it means can be found here:
The evidence seems to become stronger that some Omicrons seem to have acquired S:346K, a Spike mutation with potential immune evasion properties.
This mutation has been observed in a subset of Omicrons around the world and doesn't look like an artefact.
nextstrain.org/groups/neherla…
Thank you to the submitters, for Ghana this is William K. Ampofo et al from the Ghanaian National Influenza Centre for this rapid data sharing!
If anyone knows their Twitter handles, please comment and I'll add them to the thread.
Attributions now with all the Twitter handles I could find for submissions from today. Thank you for your fast work and quick data sharing!
@NMIMR_UG @dr_michaelmarks @cathrinesch07 @keithdurkin @cilliandegascun @sunshinebear567 @thushan_desilva @bioinfomatt @rickabright

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1 Dec
If you catch a sample with SGTF (in Europe), what's the probability it's Omicron?
A 🧵excursion into Bayesian statistics.
p(Omicron | SGTF) = p(SGTF | Omicron) * p(Omicron) / p(SGTF)
The first is easy:
p(SGTF | Omicron) ~ 1 (all Omicron shows SGTF)
p(Omicron) is really tricky to estimate and depends on the situation. If you test travellers from South Africa, it could be 10% or even higher (on the Dutch planes it was ~25%). In a random non-traveller, it's much lower - hard to guess how high exactly.
My wild guess for p(Omicron) in representative surveillance in Germany would be 1 in 10,000 to 1 in 1,000 (corresponding to 5-50 daily cases in Germany).
We need one more piece of information: p(SGTF | non-Omicron).
Let's ask @covSpectrum: cov-spectrum.ethz.ch/explore/Europe…
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29 Nov
Genetic diversity within #Omicron can give us clues about its age and growth rate.
Omicron's abundant spike mutations and deletions interfere with sequencing, sometimes leading to incomplete genomes.
As a result phylogenetic inference struggles, causing spurious diversity. 1/5
To explore diversity within Omicron while addressing these issues @richardneher and I built a tree ignoring
1. sites mutated with respect to reference in more than 90% of available Omicron sequences
2. homoplasic sites that often fall in dropout regions
nextstrain.org/groups/neherla… 2/
The resulting tree has one big polytomy and a small number of notable clades.
Most sequences are within one or two mutations of the main group.
Though masking might lead to underestimates of the diversity, the resulting tree suggests a recent common ancestor 1-2 months ago. 3/5
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25 Nov
B.1.1.529 (bald vermutlich Ny):
Scheint schnell in Südafrika zu wachsen, hat besorgniserregende Spike-Mutationen.
Möglich, dass Variante von alleine verschwindet, bis wir es sicher wissen, ist es zu spät.
Deswegen: jetzt handeln. Wenn wir Glück haben, in 1-2 Wochen Entwarnung.
Lieber einmal zu viel als zu wenig tun.
Was können wir tun?
1. Südafrika, Botswana und sicherheitshalber Nachbarländer auf Variantenliste -> verpflichtende Quarantäne und Tests selbst für Geimpfte
2. Einreiseformulare: alle Reisende letzter Woche aus Süden Afrikas heraussuchen...
... Gesundheitsamt hinschicken und PCR machen, und zwar im gesamten Haushalt, nicht nur Einreisende, auch Ehepartner/Kinder etc
3. Varianten-PCR sofort wieder einführen und auf B.1.1.529 screenen, so gewinnen Gesundheitsämter ca. 1 Woche ggü Sequenzierung
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21 Nov
Die STIKO begründete Moderna U30 Nichtempfehlung explizit damit, dass es genug Biontech gebe.
Da diese Annahme nun nicht mehr zutrifft, muss die Empfehlung schnellstens überarbeitet werden.
Risiko von Myokarditis ist verschwindend verglichen mit Covid. 1/
rki.de/DE/Content/Inf…
Die gesamte Begründung ist sehr lesenswert.
Es folgt:
1. Myokarditis ist sehr selten, selbst bei 12-29J Männern. Jede Woche landen so viele in dieser Gruppe wegen Covid im Krankenhaus wie nach der einmaligen Zweitimpfung. Fast niemand stirbt, Entzündung heilt fast immer selbst ab
Niemand sollte sich also nicht impfen lassen, weil er Sorge hat vor Myokarditis. Covid ist zigmal schlimmer. Dazu kommt das Covid übertragbar ist, die Myokarditis nicht.
2. Myokarditis ist für 12-29 Männer etwa doppelt so häufig (immer noch selten) bei Moderna vs Biontech. 3/
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20 Nov
Ich sehe es etwas kritisch, wie hier @jensspahn verteufelt wird, weil er Biontech rationiert.
Seine Begründung ist bisher unzureichend, das stimmt.
Aber ich glaube es gibt für die Entscheidung sicherlich gut Gründe.
Bitte, @BMG_Bund @RegSprecher sagen Sie was! 1/
Es gibt Indizien, dass die Spendbarkeit von Biontech vs Moderna eine Rolle spielt.
Biontech wurde viel gespendet. Das ist gut! Wir sollte das alle begrüßen, als ethisch richtig.
Zusätzlich wird jetzt auf einmal viel mehr Moderna geliefert als Biontech. 2/
Es ist also unvermeidbar, dass viel mehr Moderna verimpft werden muss.
Spahns Fehler ist sicherlich, dass er nicht gut begründet und damit Raum für Anschuldigungen offen lässt. 3/
Read 8 tweets
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19 Nov
Viele glauben, in Deutschland sei die Lage weniger schlimm als in Österreich.
Das stimmt nicht.
In Bayern, Sachsen und Thüringen ist der Anteil von Covid-Patienten auf Intensiv vergleichbar mit Österreich.
Deutschland ist sehr heterogen, man muss Bundesländer vergleichen.
Da Österreich jetzt endlich ordentlich reagiert (Lockdown/Impfpflicht), Deutschland/Bundesländer aber nicht im gleichen Maße, wird es in Bayern/Sachsen/Thüringer schlimmer werden als in Österreich.
Impfquote in diesen Bundesländern ist schlechter als in Österreich.
Wenn Bayern/Thüringen/Sachsen eigenständige Staaten wären, würde international viel mehr Aufmerksamkeit auf diese Länder gelenkt. Der Hauptgrund, warum Österreich in den internationalen Medien prominenter ist als die Bundesländer ist, dass es ein eigenständiger Staat ist.
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