THREAD V2
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Depuis qqs jours, une info circule beaucoup et me laisse plus que perplexe :
Omicron infecterait préférentiellement les vaccinés, et cela montrerait qu'ils sont en fait mieux protégés contre les formes graves avec Omicron qu'avec Delta !?
2/61
Cela me paraît être un constat simpliste qui :
A) confond la circulation virale perçue et circulation virale réelle
B) fait fi des données épidémiologiques antérieures et récentes qui contredisent ces propos
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Avant de développer ces points, je rappelle que l'ICL et l'UKHSA indiquent eux-mêmes que la circulation virale PERÇUE, ne représente que 33% de la circulation virale RÉELLE !
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Quant aux propos alléguant que "la protection contre les formes sévères est plus forte face à Omicron qu'avec Delta", au-delà d'être absurdes, ils sont tout simplement contredits par les données internationales ! 🤷‍♂️
6/61
A quoi il faut ajouter les modélisations de l'ICL :
imperial.ac.uk/media/imperial… ImageImage
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Ainsi que les estimations en vie réelle, faites par le UKHSA : assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
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A quoi s'ajoute aussi les données venant de 🇿🇦 et montrant une ↘️ d'efficacité vaccinale contre les formes sévères liées à Omicron :
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Alors pourquoi l'allégation citée dans le 1er post est-elle simpliste ?
Nous allons voir que :
A) les infections RECENSÉES au 🇬🇧 n'évoluent pas de la même façon selon la stratégie de testing
B) SARS-CoV-2 infectait déjà largement les vaccinés, bien avant Omicron
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Avant d'aller plus loin, je rappelle pour la énième fois, une notion d'immuno évoquée bien avant l'arrivée des vaccins anti-COVID :
un vaccin non-réplicatif, par voie systémique (IM), face à un virus respiratoire, NE PEUT PAS empêcher l'infection
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C'est ce qu'on appelle des "leaky vaccines" = n'empêchent pas l'infection, mais lorsqu'elle survient (aussi fréquemment que chez les non-vaccinés), elle est alors bcp plus souvent asymptomatique.
On n'y peut rien, c'est lié au design même de notre système immunitaire Image
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Autre élément à connaître pour comprendre la suite = la source de données épidémio 🇬🇧, basée sur 4 piliers épidémio :
A) tests de diagnostic hospitaliers
B) tests de dépistage communautaires
C) études sérologiques
D) enquêtes populationnelles
gov.uk/government/pub… Image
13/61
Ce sont donc des données essentiellement fournies par les tests de routine en population générale.
Ces tests sont guidés par :
1) les symptômes
2) les obligations réglementaires
3) le contact tracing
Ils sont donc soumis+++ au biais d'échantillonnage
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J'avais déjà évoqué ce biais il y quelques mois ().
Et le PHE apporte de nombreux éléments de précaution dans l'interprétation de ces données : Image
15/61
Je me suis "amusé" à reprendre TOUS les rapports du PHE qui fournissent les taux d'incidence d'infections selon le statut vaccinal.
Ces données sont issues des tests de diagnostic et de dépistage (piliers 1 & 2).
16/61
Pour rappel, ces rapports du PHE (très riches en données), ont déjà été évoqués à plusieurs reprises :
A)
B)
C)
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Cette fois j'ai visé l'exhaustivité, en essayant de pousser l'analyse en parallèle de la progression d'Omicron.
En remontant à la semaine 36 (1ères données dispo), je couvre ainsi une période bien ANTÉRIEURE à Omicron.
Voici la liste des rapports utilisés. Image
18/61
A partir de ces rapports du PHE, j'ai extrait les taux d'incidence APPARENTS, observés chez les vaccinés 2💉 et non-vaccinés.
Ces données proviennent des "piliers" 1 & 2, et couvrent la période allant du 06/09/2021 au 19/12/2021 (dernières data fournies par le PHE). ImageImageImage
19/61
Il est alors possible de représenter ces taux d'incidence APPARENTS en fonction du temps.
"Apparents" car uniquement établis par les piliers 1 & 2... Or je vous renvoie au post n°3 de ce thread = seuls 33% des infections sont recensées ImageImage
20/61
Chez les non-vaccinés ADULTES, taux d'incidence APPARENTS plutôt stables à haut niveau (~400 à 1000), jusqu'à S49 où ils commencent à ↗️.
Chez les <18 ans, testés+++ en milieu scolaire, idem mais à très haut niveau (~3000 ; creux après vacances scolaires) Image
21/61
Chez les vaccinés 2💉, les taux d'incidence APPARENTS sont plus élevés que chez les non-vaccinés, mais en forte ↗️ récente chez les 18-49 ans, depuis la semaine 49
A NOTER pour la suite : chez les <18 ans, incidence APPARENTE 6x plus faible que chez non-vaccinés, et sans ↗️ Image
22/61
La ↗️ récente des taux d'incidence est facilement associée à un évènement épidémiologique médiatique+++ = l'arrivée d'Omicron !
Mêmes graphes mais avec l'évolution de son % parmi les variants détectés (cf. zone 🔴) ImageImage
23/61
Mais alors pourquoi une ↗️ des taux d'incidence APPARENTS, bien plus forte chez vaccinés que chez non-vaccinés ???
Il faut se rappeler des avertissements du PHE (cf. post 14) et des sources de ces données 🤷‍♂️
24/61
Il s'agit des piliers 1 & 2, donc des tests de routine en population générale = selon le comportement des gens qui vont ou non vers les tests, qui respectent ou non les mesures barrières...
25/61
Globalement, ces tests sont motivés par :
A) les symptômes
B) les obligations réglementaires (pass, voyage, hospitalisation...)
C) le contact tracing
26/61
Alors pourquoi une ↗️ plus importante chez vaccinés que non-vaccinés ? Est-ce aussi simple qu'une simple ↗️ de circulation virale chez les vaccinés ?
Non.
27/61
Sur les obligations réglementaires, les vaccinés n'ont pas besoin de tests la plupart du temps (sauf voyages et hospitalisations). Ce n'est donc pas ce paramètre qui a bougé...
28/61
Le contact tracing ? Avant Omicron, les vaccinés en étaient souvent exclus. Depuis Omicron, ils reviennent dans la "boucle", ce qui peut avoir ↗️ les dépistages chez eux depuis l'arrivée d'Omicron
29/61
Mais surtout, c'est la motivation "A" des tests qui a fortement ↗️↗️ chez les vaccinés par rapport à Delta.
Les symptômes !
Avec Omicron, l'efficacité vaccinale contre les infections symptomatiques a ↘️↘️ 🤷‍♂️
(Cf. posts 5 à 8)
30/61
↘️ de l'efficacité contre symptômes = infections plus fréquemment symptomatiques chez les vaccinés = ↗️ du recours aux tests de diagnostic = ↗️ des infections RECENSÉES chez les vaccinés par rapport à la période Delta 🤷‍♂️
31/61
L'ONS avait bien documenté avant Omicron, que la probabilité d'avoir un test positif était ↘️ chez les vaccinés et anciens infectés :
ons.gov.uk/peoplepopulati… Image
32/61
Sans oublier les études cliniques (avant Omicron) qui montraient une forte ↘️, soit de la charge virale excrétée par les vaccinés infectés ; soit de la durée d'excrétion virale en cas d'infection chez vaccinés.
= ↘️ de la proba de test+ pour un même nombre d'infections
33/61
Je vous replace ici quelques études, notamment :
Dans le NEJM (nejm.org/doi/full/10.10…) avec ↘️ de 40% de l'excrétion virale, et durée d'excrétion ↘️ de 6 jours ! Image
34/61
Ou encore cette étude réalisée chez des soignants ( acpjournals.org/doi/10.7326/M2…), avec une durée d'excrétion virale de 11 jours chez les non-vaccinés, VERSUS 1 seul jour chez les vaccinés (mais sur très petit effectif) Image
35/61
Et cette étude provenant de cas symptomatiques à Singapour (clinicalmicrobiologyandinfection.com/article/S1198-…), et montrant une excrétion virale qui ↘️ plus rapidement chez les vaccinés que chez les non-vaccinés (significatif à partir de J7, cf. ligne 🔵) Image
36/61
Or avec Omicron, la réplication virale est encore accélérée par rapport à Delta !
Une étude décrit une réplication 70x plus rapide qu'avec Delta, dans les bronches !!!
Ceci va tendre à égaliser l'excrétion virale avec celle des non-vaccinés
med.hku.hk/en/news/press/… Image
37/61
Tous ces facteurs, et notamment la ↘️↘️ d'efficacité vaccinale contre les symptômes liés à Omicron, suffit à induire une ↗️↗️ du recours aux tests, donner l'impression qu'Omicron infecte plus fréquemment les vaccinés. Mais ce n'est qu'une illusion...
38/61
L'ONS 🇬🇧 (équivalent de la DREES), utilise des données qui proviennent non pas des piliers 1 & 2, mais du pilier 4 = enquêtes épidémio sur de grands échantillons de population.
Ils document alors une circulation virale invisible via les piliers 1 & 2...
39/61
Pour vous montrer que les données des piliers 1 & 2 peuvent être discordantes du pilier 4 (plus représentatif de la réalité), j'ai repris les datas de l'ONS sur période 06/09/2021 à 19/12/2021.
Sources :
1) ons.gov.uk/peoplepopulati…
2) ons.gov.uk/peoplepopulati… ImageImage
40/61
Ces données sont modélisées à partir d'enquêtes populationnelles et exprimées en taux de positivité pour SARS-CoV-2 selon les tranches d'âge.
On peut voir que la circulation virale réelle (pilier 4) évolue différemment de celle qui est perçue via piliers 1 & 2
41/61
Dans les posts 19 et 20, nous avons vu que la circulation virale APPARENTE chez les <18 ans, ne semblait pas ↗️ avec l'arrivée d'Omicron.
Pourtant, dans les données du pilier 4, la circulation virale ↗️↗️ chez les 2-16 ans ! 🤷‍♂️ ImageImageImage
42/61
Autre exemple de discordance : dans les données des piliers 1 & 2, on voit une ↘️ modérée d'incidence chez les non-vaccinés <18 ans suite aux vacances scolaires (zone 🟢), et pas perceptible chez les vaccinés 2💉 <18 ans. ImageImage
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Pourtant, en données réelles (pilier 4), les vacances scolaires ont divisé par 3 la circulation virale chez les 11-16 ans ! Image
44/61
Autre élément contredisant les propos cités dans post 1 : SARS-CoV-2 n'a pas attendu Omicron pour infecter très activement les vaccinés !
Si on reprend les données du PHE, on peut voir une circulation virale+++ chez les vaccinés, bien avant l'arrivée d'Omicron
45/61
Pour l'illustrer, j'ai utilisé le ∆iR% (écart relatif des taux d'incidence entre vaccinés 2💉 VERSUS non-vaccinés).
◽ Si >0 = circulation virale SEMBLE prépondérante chez les vaccinés 2💉
◽ Si <0 = circulation virale SEMBLE prépondérante chez les NON-vaccinés ImageImageImage
46/61
Que constate-t-on ?
SARS-CoV-2 n'a pas attendu Omicron pour circuler+++ chez les vaccinés 2💉.
La plupart des ∆iR%, notamment chez les 30-79 ans, sont largement >0 depuis la semaine 36, donc bien avant l'arrivée d'Omicron (= zone 🔴). ImageImage
47/61
On note des changements récents, variables selon les tranches d'âges, en lien avec la diffusion+++ d'Omicron, mais aussi influencés par la progression de la campagne de vaccination...
48/61
Pour les 2èmes doses, le PHE fournit le suivi du % de population vaccinée.
La zone 🟡 correspond à la période couverte par les données d'incidence.
La zone 🔴 correspond à la période de diffusion d'Omicron. ImageImage
49/61
Entre les semaines 36 et 51, le % de vaccinés 2💉 =
◽ +30% chez les 16-18 ans
◽ +10% chez les 18-30 ans
◽ ~stable dans les autres classes d'âge
50/61
Chez les >30 ans, ce qui change bcp c'est le % de 3èmes doses !
Voici les données du PHE (zone 🟡 = période couverte par les données d'incidence ; zone🔴 = expansion d'Omicron) ImageImage
51/61
La progression est massive sur les classes d'âge les plus à risque de COVID grave (60 à 90% des >50 ans), et modérée sur la plupart des autres classes d'âge éligibles (10 à 46% selon les classes d'âges).
52/61
La situation des <18 ans est la plus explicite pour contredire les propos cités dans le post 1.
A) Leur 💉 ↗️↗️ depuis ~S40 (les données d'incidence étudiées remontent à S36)
B) Ils sont fortement infectés par Omicron (graphe 2 ONS 🇬🇧)
C) Leur ∆iR% ne bouge pas ! 🤷‍♂️ ImageImageImage
53/61
Si Omicron infectait préférentiellement les vaccinés, alors chez les <18 ans (fortement infectés ET fortement dépistés en milieu scolaire), on devrait voir le ∆iR% ↗️ (ce qui signifierait une circulation virale préférentiellement chez les vaccinés).
Ce n'est pas le cas 🤷‍♂️
54/61
Si on regarde ensuite les 40-49 ans et 50-59 ans, leurs ∆iR% ne bougent quasiment pas malgré la diffusion d'Omicron dans ces classes d'âges (cf. graphe 2 ONS).
On note d'ailleurs que leur ∆iR% était déjà très fortement >0 bien avant l'arrivée d'Omicron ! 🤷‍♂️ ImageImage
55/61
Chez les 60-69 ans, 70-79 ans et >80 ans, on voit que les ∆iR% ont fortement ↘️↘️ bien avant l'arrivée d'Omicron (traduisant une circulation virale APPARENTE en ↗️ préférentielle chez les NON-vaccinés).
Ceci est lié au déploiement+++ de leurs 3èmes doses ImageImage
56/61
Grâce aux 3èmes doses+++, les formes symptomatiques d'infections ↘️↘️↘️ dans ces classes d'âges = ↘️↘️↘️ du recours aux tests chez les vaccinés de ces classes d'âges = ↘️↘️↘️ des ∆iR% (circulation virale APPARENTE plutôt documentée chez NON-vaccinés).
57/61
Ces classes d'âges (>60 ans) sont par contre encore peu contaminées par Omicron.
Cf. données de l’ONS (données représentatives de la circulation virale réelle via le pilier 4) = très faible taux de positivité, et ↗️ faible et récente (pas encore d'impact documenté) Image
58/61
Enfin, chez les 18-29 et 30-39 ans, fortement infectés par Omicron, ↗️↗️ ∆iR% concomitante à la ↗️↗️ d'Omicron = la circulation virale APPARENTE, semble ↗️ préférentiellement chez les vaccinés 2💉.
MAIS, à noter, les ∆iR% des 30-39 ans étaient déjà >0 bien avant Omicron ImageImage
59/61
Cela est à rapprocher de la ↘️ rapide d'efficacité vaccinale contre les formes symptomatiques liées à Omicron (y compris avec 3ème 💉, après 5-9 semaines) = ↗️ des formes symptomatiques chez les vaccinés = ↗️ du recours aux tests (piliers 1 & 2)
60/61
De plus, chez les 18-39 ans, le % de 3èmes 💉 est <<27%.
Une large majorité de ces classes d’âge n’a donc que 2 💉, ce qui est insuffisant face à Omicron... Pourtant ils ont toujours l’étiquette « vaccinés » dans les données d’incidence du PHE.
D'où ↗️ des ∆iR% 🤷‍♂️ ImageImage
61/61
Désolé pour ce très long thread, toutes ces courbes... Mais c'est pour illustrer le caractère trop simpliste des propos citées dans le post 1.
NON, SARS-CoV-2 n'a pas attendu Omicron pour infecter+++ les vaccinés, et NON leur protection n'est pas > à celle de l'époque Delta

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14 Jan
1/55
Depuis plusieurs semaines, vous avez forcément entendu ces propos au sujet des vaccins anti-COVID :
"le vaccin n’est pas parfait, sinon il nous protègerait longtemps, comme pour la grippe" ;
"ce n'est pas un vrai vaccin, sinon on n'aurait pas besoin de tant de doses"...
2/55
Petit thread pour illustrer l'aberration de ces propos, ainsi que la confusion entre données biologiques et "frustration" individuelle de ne pas avoir vu le mythe de la Panacée devenir réalité 😅
3/55
Tout d'abord, à propos de la possibilité d'être infecté malgré la vaccination.
Je ne compte plus combien de fois j'ai eu à le rappeler, mais un vaccin systémique face à un virus respiratoire, NE PEUT PAS empêcher l'infection...
Read 55 tweets
13 Jan
1/18
Juste un petit thread pour illustrer la petite musique qui monte ("il faut laisser Omicron diffuser dans la population, on aura l'immunité collective", "il faut vivre avec de toute façon")...
2/18
Oubliant qu'Omicron est doté d'un échappement immunitaire significatif (c'est le 1er variant appartenant à un nouveau cluster antigénique !), on entend "il est bénin"...
medrxiv.org/content/10.110…
3/18
Non, il n'est pas bénin.
Il est simplement capable d'infecter plus fréquemment les immunisés. Ainsi, on documente bcp+ de cas chez des sujets dont le risque de dégradation clinique est diminué grâce à leur immunité préalable 🤷‍♂️
Read 18 tweets
14 Dec 21
1/8
RAPPEL+++ / Coup de gueule+++ 🚨🚨🚨🚨🚨
Depuis les recos du Conseil scientifique hier, à propos des tests avant les fêtes de fin d'année, on constate une lourde désinformation/dérive sur l'usage des différents types de tests !

Alors on rappelle la base 🔽🔽🔽
2/8
Les AUTOTESTS (= tests antigéniques sur auto-prélèvement NASAL) = la plus faible sensibilité et spécificité

NE DOIVENT PAS être utilisés si :
A) Symptomatique
ET/OU
B) cas-contact d'un infecté

C'est clair ! Ou il faut le dire en Chinois !? 愚蠢的 🤬
solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/annexe… Image
3/8
Si vous êtes dans un de ces 2 cas (sympto ET/OU contact), vous devez effectuer :
A) un test RT-PCR (test de référence)
OU
B) un test antigénique (si pas d'accès rapide possible à une RT-PCR)

MAIS...
Read 8 tweets
13 Dec 21
1/9
Pour compléter le thread précédent (), et essayer d'en vulgariser quelques notions, voici un 2ème thread visant à expliquer comment on passe des résultats de séroneutralisation, à une estimation de l'efficacité vaccinale...
2/9
On reprend tout d'abord la définition de "l'efficacité vaccinale" (%VE).
C'est le % de ↘️ du taux d'incidence de l'évènement évalué, dans le groupe vacciné VERSUS groupe non-vacciné.

Exemple : ↘️ du taux d'incidence des COVID symptomatiques, ou ↘️ du taux d'hospit/létalité
3/9
La %VE est donc une évaluation de l'effet de la vaccination à l'échelle de la POPULATION !

On peut donc estimer cette %VE en fonction du nombre d'individus dont le sérum peut neutraliser Omicron, et de l'intensité de cette neutralisation...
Read 9 tweets
11 Dec 21
1/69
Je ne suis ni épidémiologiste, ni modélisateur.
Les modèles sérieux se limitent à un horizon à 7 jours.
L'objet de ce thread n'est donc absolument pas de modéliser, mais simplement d'évoquer des tendances épidémiques qu'on peut déduire des données actuelles sur Omicron
2/69
Actuellement, nous sommes dans ce qui est appelé la "5ème vague".
Elle est due au variant Delta, couvert par l'efficacité vaccinale (efficacité maximale >90% un mois après D2, avec >90% des adultes déjà vaccinés)...
3/69
Compte-tenu de sa transmissibilité+++, sa réplication++ (charges virales élevées), la ↘️ progressive des capacités de neutralisation au cours du temps, et surtout du % de pop pas encore vaccinée, les hôpitaux sont déjà à la peine actuellement.
ouest-france.fr/sante/virus/co…
Read 69 tweets
26 Nov 21
1/51
Monsieur le Ministre @olivierveran, après 2 ans de pandémie, il y a certaines approximations/erreurs qu'on ne devrait plus entendre/voir, surtout venant du 1er représentant des autorités sanitaires de ce pays.
Petit thread pour résumer votre florilège des dernières heures...
2/51
On commence avec votre conférence de presse d'hier.
Dès le début, vous commettez une série de gestes, que vous mettez ostensiblement en emphase (pensant peut-être éduquer les spectateurs aux gestes barrières) ; mais vous faites tout ce qu'il ne faut pas faire...
3/51
1) Vous retirez votre masque sans vous désinfecter les mains au préalable
2) Vous appliquez longuement du SHA après avoir retiré votre masque, alors que vous n'avez pas touché la zone filtrante potentiellement contaminée
... et 3) Vous retirez votre masque 😅
Read 52 tweets

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