Programo em Python. Adoro resolver problemas que envolvem programação. Mas se tem uma coisa que detesto é gastar horas tentando entender falhas (bugs) nos códigos. As vezes perco a esperança de achar a causa do problema, e no fim descubro que foi um 'espaço' fora do lugar. 😵‍💫💢🪲
Comecei a programar no mestrado em Microbiologia na USP. Queria tentar MSc em Bioinformática, mas o programa exigia alto nível de conhecimento em computação.

Hoje programo por que aprendi durante o PhD no Reino Unido, onde eu NÃO precisava chegar sendo especialista em computação
Como biólogo que programa, devo admitir: tenho os dois pés atrás perante alguns programadores profissionais.

Sem generalizar, mas com frequência me deparo com profissionais arrogantes, que tratam iniciantes como idiotas ('noobs'), em razão de dúvidas simples sobre programação.
Enfrentei desestímulos enquanto eu tentava aprender a programar durante mestrado na USP. Fui professor de informática por 2 anos. Eu conhecia o básico da lógica de programação, mas profissionais senior sempre tentavam passar a ideia de que a programação era inalcançável. Não é!
Nesta página GitHub deposito códigos e pipelines de acesso aberto. Todo o conteúdo ali não surgiu de uma hora para outra. Também comecei com um "Hello World", e uns códigos simples. Mas hoje tenho ali scripts com centenas de linhas: é legal ver o progresso
github.com/andersonbrito/
Na lista abaixo, os meus livros de cabeceira da Programação:

- 'Copying and Pasting from Slack Overflow'
- 'Googling the Error Message'
- 'Changing Stuff and Seeing What Happens'
- 'Forgetting How Your Own Code Works'

Best sellers! ⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️
Usando meus conhecimentos interdisciplinares, hoje posso coordenar iniciativas de análise de dados como esta, que tem monitorado a Ômicron no Brasil.

É uma atividade que envolve conhecimentos de: Programação, Visualização de Dados, Estatística, e outros.

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3 Jan
"Flurona": importante esclarecer sobre esse termo (inadequado) usado para designar coinfecções pelos vírus Influenza e SARS-CoV-2

1⃣ Não, não existe um vírus híbrido da gripe/COVID
2⃣ Infecções simultâneas por vírus que se disseminam juntos acontecem: é normal, porém indesejável
É importante ter muito cuidado ao inventar termos não-oficiais para designar doenças ou patógenos. Termos como "flurona", "Delta plus" só geram confusão e ansiedade desnecessárias: "vírus híbrido", "super doença", "vírus mais agressivo".

Usem conceitos, não termos "criativos".
Deixemos os neologismos para a Literatura. Funcionam bem por lá. Em saúde pública, quanto mais nos atermos aos conceitos e termos oficiais, menos ruídos e interpretações equivocadas geramos.

Podemos usar "coinfecção", "dupla infecção". Temos opções.
Read 4 tweets
13 Nov 21
O cenário atual da pandemia na Europa, revelado com dados do @ECDC_EU, serve de alerta:

→ A desigualdade da cobertura vacinal é um problema global. Países com baixa cobertura têm sido duramente afetados com aumento de casos E óbitos.👇🏾🧵
A baixa cobertura vacinal em alguns países da Ásia, América Latina, Leste Europeu e em especial no continente africano tem que ser vista como um problema de todos nós.

Enquanto tivermos populações não vacinadas, o SARS-CoV-2 seguirá se disseminando mundialmente e causando danos.
Alguns países no leste europeu tem menos de 50% da população totalmente vacinada. Somada à baixa cobertura vacinal, medidas como uso de máscara e distanciamento foram negligenciadas.

Resultado: aumento nos casos, hospitais saturados, e aumento nos óbitos.
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7 Oct 21
Vigilância genômica no Brasil: semanas 31 a 38 🧬🇧🇷

Variantes detectadas nas 5 regiões brasileiras, de 1/8/2021 a 25/9/2021, com 7.150 genomas sequenciados por laboratórios independentes:

🔹Delta = 5.210 (72.9%)
🔹Gamma = 1.909 (26.7%)
🔹Outras = 31 (0.4%)
Nos painéis abaixo, vemos as proporções de cada sublinhagem das principais variantes em circulação no Brasil. Tais proporções devem ser avaliadas com cautela, pois não sabemos ao certo quais estratégias de amostragem foram usadas. Logo, existem vieses.
Proporções (%) das variantes detectadas no Brasil em cada semana (datas = último dia das semanas). No mapa, o tamanho dos círculos (pizzas) denotam a quantidade de genomas amostrados nos estados, e as cores indicam as variantes.
Read 15 tweets
7 Sep 21
Gente maluca de verde e amarelo na Paulista sempre me lembra as artes de @vitorcartum. Retratam bem como o Brasil chegou nesse nível de insanidade de 2013 para cá.

Facebook: facebook.com/vitorcartum/ph…
#ForaBolsonaro #7SForaBolsonaro #JailBolsonaro
Essas charges nunca envelhecem. #ForaBolsonaro 🇧🇷

Arte: @vitorcartum
Quem lembra do pato da @Fiesp? 🐥
Feliz R$ 7 de setembro!

Arte: @vitorcartum
#ForaBolsonaro 🇧🇷
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5 Sep 21
Uma portaria da @anvisa_oficial impõe restrições a viajantes que vêm de Reino Unido, África do Sul e Índia.



Por que esses países?
R: São os países de origem das variantes Alpha 🇬🇧, Beta 🇿🇦, Delta 🇮🇳

Mas essa medida é ilógica, já que as variantes estão em mais de 100 países.
Por semanas eu não queria crer que a @anvisa_oficial escolheu países alvo de restrições com base em locais de origem das variantes, e não com base em parâmetros de incidência da COVID-19 ou distribuição geográfica das variantes

Mas é isso mesmo. É uma regra ilógica, quase inócua
A portaria da ANVISA impõe quarentena apenas a viajantes com origem ou passagem pelos países que primeiro identificaram as variantes Alpha 🇬🇧, Beta 🇿🇦, Delta 🇮🇳

A medida deveria ter como alvo países com alta incidência de COVID e alta prevalência das variantes. Vejam os EUA.
Read 7 tweets

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