Thread by @Pr_Logos

1/ Pourquoi, devant l'avalanche d'affirmations que nous vivons la dernière vague pandémique de la part de virologues confirmés, garder un certain doute?
Que veut dire "endémique", si ça ne veut pas dire bénin?

D'abord parce que la blague se répète et que le flou empêche d'agir.

2/ Pour l'organisation mondiale de la santé, endémique signifie qu'on a une transmission continue du virus, pour des temps immémoriaux. On a perdu la partie, du point de vue Zero Covid: éliminer, non le virus mais le réservoir viral humain.
who.int/publications/i…

3/ Ainsi, la peste est endémique à Madagascar, en République démocratique du Congo ainsi, dans une moindre mesure, que dans d'autres pays d'Europe de l'est et d'Afrique.
sante.lefigaro.fr/sante/maladie/…

4/ Le paludisme est endémique dans de nombreuses régions du globe où la population comporte un grand nombre de porteurs asymptomatiques.
solidarites-sante.gouv.fr/soins-et-malad…

5/ Le mot endémique ne dit en aucun cas qu'il n'y a plus que des pathologies bénignes, qu'on a affaire à des rhumes de saison. Il dit qu'on n'est plus dans un état de crise mais dans une gestion permanente du virus, pour les décennies à venir.

6/ Si SARS-CoV-2 devient "endémique" alors il nous faut un arsenal sanitaire large pour limiter ses dégats.
Dans le cas contraire, il nous faut un arsenal sanitaire large pour avoir une chance d'éliminer le réservoir viral humain.
rogueesr.fr/en_finir_et_pr…

7/ Pour Drosten, endémique suppose que toute la population ait été exposée au virus "naturellement", en étant protégée ou non par le vaccin de formes graves, avec l'espoir que les lymphocites T à mémoire produisent une immunisation de long terme.

8/ Pour Kucharski, endémique suppose plutôt un certain degré de prédictibilité de l'évolution d'une année à l'autre des souches virales: c'est ce qui permet d'avoir un arsenal sanitaire ciblé, de vacciner les plus fragiles, etc. C'est assez convaincant.

https://twitter.com/AdamJKucharski/status/1482281562351747077

9/ Clairement, s'il existe une probabilité qu'une souche nouvelle disposant d'une grande virulence et d'un échappement immunitaire important (comme Omicron) apparaisse, alors nous ne sommes pas en phase endémique, puisqu'on n'a aucune idée de quand on pourra revivre pleinement.

10/ Moins on investit dans un arsenal sanitaire large, pluriforme, et plus on a d'incertitude… Plus on repousse ce moment de revivre pleinement en sachant qu'il n'y aura plus de crise majeure saturant les hôpitaux (ce qui est le cas en ce moment même! Omicron…)

11/ Voilà un bon papier de phylodynamique virale, qui explique bien ce que pourrait être un critère correct de transition endémique, c'est-à-dire conduisant à la présence permanente du virus et à son évolution prévisible
journals.plos.org/ploscompbiol/a…

12/ Pour la grippe ou les rhumes de saison, l'arbre philogénétique ressemble à ça. Les virus en circulation donnent naissance à de nouveaux variants qui échappent à l'immunité antérieure contre l'infection, l'immunité se développe contre ces nouveaux variants, et ainsi de suite.

13/ Visuellement, pour la grippe, voilà…

Les variants sont toujours des mutants de la dernière souche hégémonique. Les possibilités d'évolution sont limitées et partiellement prédictibles (en intensité, pas dans le détail).

14/ Coronavirus bénin.

15/ H1N1

16/ Ce n'est pas DU TOUT le schéma pour SARS-CoV-2
Omicron n'est PAS une mutation de Delta, qui n'est PAS une mutation de Gamma, qui n'est pas une mutation de Beta, qui n'est pas une mutation de Alpha.
Alpha est une mutation de Wuhan-1 (ouf).
nextstrain.org/ncov/gisaid/gl…

17/ La conséquence est fantastiquement simple: on ne peut prédire le prochain variant hégémonique en fonction du précédent, puisque les nouvelles souches virales proviennent de mutations silencieuses pendant un moment, survenue chez un patient immuno-déprimé par exemple.

18/ Pour Omicron le premier ancêtre commun est excessivement lointain, ce qui prouve qu'on y est pas.

https://twitter.com/MoritzGerstung/status/1464287402038640647

19/ L'argument d'immunisation par les lymphocytes T à mémoire est donc un "argument", comme on en exposait à la machine à café autrefois. Ce n'est pas rien: c'est possible qu'on transite vers un arbre phylogénétique en arbre, maintenant. Ou pas.

20/ Faire d'un argument exposable pour les besoins de la discussion aux collègues à la machine à café une phrase affirmative dans la presse est déjà douteux.

Proposer de tout lâcher et identifier "endémique" et "bénin"="mild", c'est éthiquement inacceptable.

21/ Je ne dis pas qu'une fois passée la nouvelle vague d'Omicron en mai, lié à la baisse d'immunisation, on ne commencera pas à voir l'échelle philogénétique ci-dessus, hein.

Je ne dis rien puisque… c'est non prévisible.

22/ Deuxième conclusion: cette question de l'endémicité n'est pas le problème. Endémique ou pas, il faut un investissement dans un arsenal sanitaire pérenne.
Bordel.

Nous sommes 1700, déjà. Et vous?
rogueesr.fr/en_finir_et_pr…

(traduction libre de ce thread, qui est ce que j'ai lu de plus intelligent depuis 15 jours)

https://twitter.com/AdamJKucharski/status/1480643241267675139