Thread by @alvariteus

🦠🧬 Se lleva ya casi dos meses hablando de la subvariante BA.2. de #ómicron, bautizada por los medios de comunicación como "ómicron silenciosa". Muchos medios de comunicación han llegado a decir que esta subvariante es indetectable por las PCRs. ¿Es esto cierto?

(1/n)

Lo primero que hay que saber es que las PCRs más utilizadas emplean tres partes del genoma del virus para su identificación.
Una diana suele pertenecer a la proteína S (spike), otra a la proteína N (nucleocápside) y otra a los genes ORF1a y ORF1b del ARN del SARS-CoV-2.

(2/n)

Se considera positiva cuando la RT-PCR es capaz de identificar al menos DOS de estas tres dianas durante los ciclos de amplificación.

Dicho esto, ¿cómo es un resultado positivo por SARS-CoV-2? Pues en la variante original se identificaban las TRES dianas en la muestra.

(3/n)

Pero desde la variante #alfa, -popularmente conocida como británica-, la proteína S presenta una mutación de deleción. Es decir, un fragmento del genoma de Spike desapareció. Esta mutación se quedó en Spike en el resto de las variantes hegemónicas futuras: delta y ómicron.

(4/n)

Por este motivo, desde la variante alfa, todas las PCR que utilizan esas tres dianas tienen la peculiaridad de que dan un resultado indetectable sobre la proteína S, al tiempo que dan positivo en proteína N y en los genes ORF1a y ORF1b del ARN del SARS-CoV-2.

(5/n)

En su día esto causó consternación porque no se entendía cómo podía suceder, pero rápidamente se vio una utilidad a esta deleción: Las PCR que utilizan estas dianas podían identificar la variante #alfa sin necesidad de secuenciación genómica, un proceso caro y lento.

(6/n)

En concreto el kit para PCR TaqPath de la marca Thermo Fisher, de los más vendidos en el mundo, presentan esta "carencia" que rápidamente -pero sin no antes generar miedo a la masa igual que ahora- se convirtió en una ventaja para la prensa. elindependiente.com/vida-sana/salu…

(7/n)

Y en efecto lo fue. Con #alfa permitió hacer screening de la circulación de esta variante, pero como las posteriores (#delta y #ómicron) también tienen esta deleción, este "error" ya no sirve para diferenciar variantes sin secuenciar. Es una ventaja que ya pasó.

(8/n)

En el caso de #ómicron, por ejemplo, el resultado positivo de una PCR (y pongo de ejemplo la mía) sería exactamente igual que un positivo por #alfa o #delta en caso de ser esas variantes las hegemónicas todavía.

El kit utilizado es el mismo de la noticia de arriba.

(9/n)

Ahora sabiendo todo esto podemos responder a la pregunta: ¿Qué sucede con la mal llamada subvariante #ómicron silenciosa o BA.2.?

Pues que la deleción que volvía indetectable a la proteína S y que estaba presente en #alfa, #delta y #ómicron BA.1. y BA.3. ya no está.

(10/n)

¿Significa esto que la mal llamada #ómicron silenciosa se escape a las PCR?

NO. Esta subvariante da los mismos resultados de siempre en las dianas de la proteína N (nucleocápside) y los genes ORF1a y ORF1b. Es decir, las PCR son POSITIVAS si tienes "ómicron silenciosa".

(11/n)

Y por si algunos os lo estabais preguntando, sí, los tests de antígenos detectan la subvariante BA.2. de #ómicron igual que todas las demás. Estos tests no buscan la proteína S (spike), cuyas mutaciones son las que producen esta "extrañeza" en las PCR.

(12/n)

Los antígenos funcionan a través de una reacción visible entre anticuerpos anti-N que están en la tira, y la proteína N del virus que hubiera en nuestra muestra, de estar contagiados. Los anticuerpos del test se adhieren al antígeno (proteína N) y generan una reacción.

(13/n)

Dejándolo todavía más claro. Hoy por hoy no hay forma de dar negativo en la PCR para detectar SARS-CoV-2 si estás contagiado de cualquier variante o subvariante, y posees una carga viral detectable para estas pruebas.
No existe ninguna variante ni subvariante indetectable.
(14/n)

Si te ha gustado este #hilo dale RETWEET al primer tweet y compártelo para que llegue a más gente.
Entre todos podemos detener la desinformación de la prensa (y las informaciones a medias), los titulares tendenciosos y el clickbait 💪🏻

FIN

Fé de erratas: En el hilo se dice que la variante #delta contiene la deleción que hace indetectable la proteína S en las PCR, pero esto es incorrecto. #Alfa y #ómicron sí tienen esta deleción, con lo que solo se detectan dos de las tres dianas, pero en delta se detectan las tres.