Thread by @F_I_Briest

#Forschungsalltag: Heute steht qPCR als Test für ein neues Experiment in einem neuen Projekt an:
Ich möchte dazu magnetische Kügelchen testen, die mit einer kurzen einsträngigen Sequenz beschichtet ist, mit der ich aus der mRNA meiner Krebszellen eine ganze bestimmte isolieren

kann.
Ich habe dazu RNA aus Zellen isoliert und mit immer leicht veränderten Protokollen durch Bindung an diese Kügelchen, Entnahme, Reinigung und dann wieder davon Lösen angereichert. Dann wurde die RNA in cDNA umgeschrieben und heute schaue ich mir an, wie gut die

Ausbeute ist (wie viel dieser RNA ist vorhanden) und die rein diese geworden ist. Ich möchte diese nämlich auf einem recht neuen System sequenzieren, das ganze RNA Stränge sequenzieren und sogar Modifikationen (also kleine angeheftete Moleküle, die die Funktion verändern)

erkennen kann. Warum?
Man weiß seit langem, dass diese Modifikationen die Eigenschaften von tRNA (das ist jene, die beim Übersetzen von mRNA Kopien in Eiweiße, die richtigen Bausteine dem richtigen Code zuordnen) verändert. Da immer mehrere Codes für einen Eiweißbestandteil

codieren, werden manche von den Zellen bevorzugt genutzt als andere. Die Modifikationen in Kombination mit den verschiedenen Codes können so zB beeinflussen wie schnell leicht unterschiedliche Formen von Eiweißen gebildet werden und in welchem Verhältnis sie am Ende vorliegen.

Nun haben wir in unserem aktuellen Projekt zufällig entdeckt, dass ein Molekül, dass diese Art Modifikationen auch auf der mRNA (also die Genkopie die als Vorlage für die Eiweiße dient) beeinflusst, in unserer Blutkrebserkrankung häufig mutiert ist. Welche Auswirkung dies darauf

hat, dass die Vielzahl mutierten Gene möglicherweise unterschiedlich schnell in Eiweiße übersetzt werden, wollen wir herausfinden.
Dazu testen wir die Methoden jetzt erstmal einzeln.
Wenn also die Anreicherung der Ziel-mRNA geklappt hat, testen wir diese mit dem neuen

Sequencingprotokoll und schauen dann wie wir die Daten bioinformatisch aufgelöst bekommen. Dann testen wir weitere Protokolle, die wir benötigen, um überhaupt erstmal zu bestimmen, welche mRNAs wir überhaupt anschauen wollen und danach ein Protokoll das die Effizienz der

Übersetzung messen kann (letzteres enthält viel Gentechnik und wird etwa 6 Monate bis 1 Jahr dauern).
Dann beginnen die eigentlichen Versuche, aber nur, wenn wir zeigen können, dass die ersten Vorversuche, die wir mit freien Mitteln querfinanzieren, tatsächlich Veränderungen

zeigen. Erst dann nämlich können wir Gelder für die Forschung beantragen, ein Prozess auch auch nochmal locker 6 Monate kostet. Ohne Förderung landet das alles in einer Schublade und irgendwo anders auf der Welt versucht vielleicht nochmal jemand das gleiche und weiß nicht, dass

es damit schon Erfahrung gibt.
Erst nämlich, wenn alle Protokolle stehen, kontrollierte Experimente mehrfach durchgeführt zu den gleichen Ergebnissen führen und weitere Versuche die dahinter stehende Hypothese bestätigen, dann wird es irgendwann ein Manuskript geben,

das irgendwann irgendwo veröffentlicht wird.
Grundlagenforschung ist extrem zeitaufwendig, vor allem wenn sie nicht deskriptiv, sondern mechanistisch orientiert ist.
Und wenn man dann zwischendurch Anträge schreiben, sich um seine Stelle kümmern, viel Verwaltungskram

(Gentechnik, IT, Personal) und andere Projekte (inkl. Betreuung von Studierenden und DoktorandInnen und Lehre) wuppt, zieht sich das in den Länge.
Das ist Forschungsalltag in D.