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@SystemsVirology
Sep 14, 2022 • 9 tweets • 3 min read • Read on X
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#拡散希望 🔔速報🔔 新型コロナ研究コンソーシアムG2P-Japan🇯🇵の論文第10弾を、Cell @CellCellPress に発表しました。本研究では、現在本邦の第7波の主たる原因となっているオミクロンBA.5株のウイルス学的性状を解明しました。
cell.com/cell/fulltext/…

以下、本研究の概要です。1/8
1⃣ 最近、スパイクタンパク質に新たな変異を獲得した #オミクロン BA.2系統の亜株が、世界各地で出現し、流行拡大しています。具体的には、アメリカ🇺🇸のBA.2.12.1系統（+S:L452Q/S704L）、そして南アフリカ🇿🇦のBA.4, BA.5系統（+S:HV69-70del/L452R/F486V/R493Q）などです。2/8
2⃣ウイルス配列の数理統計解析によって、これらのBA.2亜株の伝播力（実効再生産数、図中「Re」）は、BA.2よりも約1.2倍高いことを明らかにしました。実際、日本においても、すでにBA.5株への置き換わりがほぼ完了しています。3/8
3⃣ ワクチン接種者の血清を使った中和試験の結果、BA.4/5は、BA.1あるいはBA.2に感染したワクチン接種者（つまり、BA.1/2のブレイクスルー感染者）の血清に、約2倍の抵抗性を示しました。なお、ワクチン未接種でBA.1あるいはBA.2に感染したひとの血清は、ほぼまったく中和活性を示しませんでした。4/8
4⃣ 研究開始当初、これらのBA.2亜株の臨床分離株がまだ未取得であったため、BA.2.12.1あるいはBA.4/5のスパイクタンパク質を持った新型コロナウイルス（ベースはBA.2）を人工合成し、ハムスターを用いた感染実験を実施しました。その結果、BA.4/5の病原性がBA.2よりも高いことを明らかにしました。5/8
注：スパイクタンパク質以外の領域には、BA.4とBA.2の間に6個、BA.5とBA.2の間には2個の変異しかありません。そのため、今回動物実験に用いたウイルスは、臨床分離株の性質を強く反映したものではないかと考えています。6/8
実際、僕たちのその後の研究：
G2P-Japan🇯🇵プレプリント第12弾↓

G2P-Japan🇯🇵プレプリント第13弾↓

では、BA.5とBA.2の臨床分離株を用い、BA.5の病原性がBA.2よりも高いことを確認しています。7/8
まとめ▶️ BA.2から派生したオミクロンBA.2亜株のうち、BA.5株は、伝播力、病原性、免疫抵抗性のいずれの点においても、BA.2よりリスクの高い変異株です。8/8
ご参考まで、プレプリント発表時（5月27日）のツイートはこちら↓ 8/8+1

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Jul 17
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3.1.1のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい変異株KP.3.1.1の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。現在本邦は第11波に入っていますが、それはこれらのJN.1の子孫株によって引き起こされています。現在の流行状況などについては、本日公開の最新コラムで解説しています↓ 2/
そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。3/
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Jul 17
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf.1 A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Cf.2 Another new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3), have also been already elucidated. 3/
Read 8 tweets
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Jun 6
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3, LB.1, KP.2.3のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい3つの変異株の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)の特性については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。2/
今回着目したのは、KP.2にやや遅れて出現した3つの株、KP.3 (JN.1.11.1.3)、LB.1 (JN.1.9.2.1)、KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3)です。それぞれ、こんな変異を持っています。
（＊参考まで、JN.1=BA.2.86.1.1で、BA.2.86系統の子孫株）3/ Image
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Jun 6
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3, LB.1 and KP.2.3 - progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf. A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Here we focused on relatively new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3). These variants harbor these mutations⬇️ 3/ Image
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May 20
#拡散希望 第2回新型コロナウイルス研究集会を、8月2日〜4日に東京・品川で開催します！　今年のテーマは「COVID-19の疫学、臨床医学、免疫学、ウイルス学」。新型コロナに関する科学のすべてを網羅した集会になるよう準備を進めています！ 1/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
参加・演題登録はこちらから↓
今年は「オンデマンド配信」も予定しています。先約があったり、遠方で現地参加が難しい方や、医療従事者のみなさまにも広くご参加いただき、新型コロナの科学の最先端を知る機会を提供できればと思っています。2/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
今年は、G2P-Japanが基礎ウイルス学を担当し、免疫学を⾼橋宜聖先生（感染研）、臨床医学を忽那賢志先生（阪⼤）@kutsunasatoshi 、公衆衛生学を押⾕仁（東北⼤）に担当いただきます。3/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
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Apr 27
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.2 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
biorxiv.org/cgi/content/sh…
Cf. This is KP.2 (aka JN.1.11.1.2). In spike, KP.2 = JN.1 + S:R346T, S:F456L & S:V1104L).

We remember that R346T was observed in BQ.1.1 and XBB lineages, while F456L is a hallmark of EG.5 lineage. 2/ Image
Transmissibility/fitness (Re): molecular phylogenetic-epidemic dynamics modeling led by Jumpei @jampei2 and Kaho showed that the Re of KP.2 is ~1.2-fold greater than that of JN.1. 3/
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