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@SystemsVirology
Sep 14, 2022 • 9 tweets • 3 min read • Read on X
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#拡散希望 🔔速報🔔 新型コロナ研究コンソーシアムG2P-Japan🇯🇵の論文第10弾を、Cell @CellCellPress に発表しました。本研究では、現在本邦の第7波の主たる原因となっているオミクロンBA.5株のウイルス学的性状を解明しました。
cell.com/cell/fulltext/…

以下、本研究の概要です。1/8
1⃣ 最近、スパイクタンパク質に新たな変異を獲得した #オミクロン BA.2系統の亜株が、世界各地で出現し、流行拡大しています。具体的には、アメリカ🇺🇸のBA.2.12.1系統（+S:L452Q/S704L）、そして南アフリカ🇿🇦のBA.4, BA.5系統（+S:HV69-70del/L452R/F486V/R493Q）などです。2/8
2⃣ウイルス配列の数理統計解析によって、これらのBA.2亜株の伝播力（実効再生産数、図中「Re」）は、BA.2よりも約1.2倍高いことを明らかにしました。実際、日本においても、すでにBA.5株への置き換わりがほぼ完了しています。3/8
3⃣ ワクチン接種者の血清を使った中和試験の結果、BA.4/5は、BA.1あるいはBA.2に感染したワクチン接種者（つまり、BA.1/2のブレイクスルー感染者）の血清に、約2倍の抵抗性を示しました。なお、ワクチン未接種でBA.1あるいはBA.2に感染したひとの血清は、ほぼまったく中和活性を示しませんでした。4/8
4⃣ 研究開始当初、これらのBA.2亜株の臨床分離株がまだ未取得であったため、BA.2.12.1あるいはBA.4/5のスパイクタンパク質を持った新型コロナウイルス（ベースはBA.2）を人工合成し、ハムスターを用いた感染実験を実施しました。その結果、BA.4/5の病原性がBA.2よりも高いことを明らかにしました。5/8
注：スパイクタンパク質以外の領域には、BA.4とBA.2の間に6個、BA.5とBA.2の間には2個の変異しかありません。そのため、今回動物実験に用いたウイルスは、臨床分離株の性質を強く反映したものではないかと考えています。6/8
実際、僕たちのその後の研究：
G2P-Japan🇯🇵プレプリント第12弾↓

G2P-Japan🇯🇵プレプリント第13弾↓

では、BA.5とBA.2の臨床分離株を用い、BA.5の病原性がBA.2よりも高いことを確認しています。7/8
まとめ▶️ BA.2から派生したオミクロンBA.2亜株のうち、BA.5株は、伝播力、病原性、免疫抵抗性のいずれの点においても、BA.2よりリスクの高い変異株です。8/8
ご参考まで、プレプリント発表時（5月27日）のツイートはこちら↓ 8/8+1

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Nov 21
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しいプレプリント「JN.1対応mRNAワクチンが誘導する中和抗体の効果の評価」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。1/
biorxiv.org/content/10.110…
本研究では、#ファイザー 🇺🇸🇩🇪のワクチンと、#第一三共 🇯🇵の国産ワクチンを接種した方の、ワクチン接種前後の血清を用いた検討実験を行いました。
まず朗報として、２つのワクチンで誘導される中和抗体の活性に大差はなく、どちらの血清も、JN.1のみならずKP.3.1.1やXECの感染を強く抑制しました。2/ Image
しかし、科学的観点からは、注目すべき点がふたつ。

その１。われわれは最近、JN.1やKP.3.3の「自然感染」では、強い中和抗体活性が誘導されないことを示しました。しかし上述の通り、JN.1ワクチンでは、強い中和活性（NT50; 50%中和抗体価）が誘導されています。この違いはいったい🤔？ 3/ Image
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Nov 21
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵, led by Keiya @Keiya717, is out at @biorxivpreprint. We assessed the humoral immunity induced by JN.1 mRNA vaccines against a broad range of SARS-CoV-2 variants including JN.1, KP.3.1.1 & XEC. Please repost🔥 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In this study, we used 2 mRNA vaccines, one is from Pfizer/BioNTech🇺🇸🇩🇪, while another is from Daiichi-Sankyo🇯🇵. The good news is that there are no significant differences between them and both broadly neutralized a variety of SARS-CoV-2 including JN.1, KP.3.1.1 and XEC. 2/ Image
But there are two scientific interests.

First, compared to our recent study using JN.1 and KP.3.3 breakthrough (i.e. natural) infection sera, antiviral humoral immunity against KP.3 and XEC was weakly induced. However, JN.1 mNRA vaccine can. Why🤔?? 3/ Image
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Oct 17
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵, led by Yu in my lab, is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 #XEC. Please repost🔥 1/
biorxiv.org/content/10.110…
Compared with KP.3, #XEC harbors two spike substitutions, S:T22N and S:F59S. Recombination analysis by Shusuke @KawakuboShusuke showed that XEC is a recombinant lineage of KS.1.1 (JN.13.1.1.1) and KP.3.3 (JN.1.11.1.3.3) with a breakpoint at genomic position 21,738–22,599. 2/ Image
Image
Transmissibility/fitness (Re):
Molecular phylogenetic-epidemic dynamics modeling led by Jumpei @jampei2 and Kaho showed that the Re of #XEC is greater than that of KP.3.1.1, the most predominant variant in the world. 3/ Image
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Jul 17
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3.1.1のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい変異株KP.3.1.1の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。現在本邦は第11波に入っていますが、それはこれらのJN.1の子孫株によって引き起こされています。現在の流行状況などについては、本日公開の最新コラムで解説しています↓ 2/
そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。3/
Read 10 tweets
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Jul 17
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf.1 A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Cf.2 Another new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3), have also been already elucidated. 3/
Read 8 tweets
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Jun 6
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3, LB.1, KP.2.3のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい3つの変異株の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)の特性については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。2/
今回着目したのは、KP.2にやや遅れて出現した3つの株、KP.3 (JN.1.11.1.3)、LB.1 (JN.1.9.2.1)、KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3)です。それぞれ、こんな変異を持っています。
（＊参考まで、JN.1=BA.2.86.1.1で、BA.2.86系統の子孫株）3/ Image
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