Thread by @john_bumblebee

volkskrant.nl/nieuws-achterg…

Na de nodige studie, wil ik nog één keer terug komen op de studie van @WashburneAlex, en zijdelings op dit hutseflutsje van @mkeulemans, opperclown onder de wetenschapsjournalisten.

Het zou wel eens een wat langer draadje kunnen worden. #lableak

Nu mag zo langzamerhand bekend zijn dat Maarten het niet zo nauw neemt met de wetenschappelijke nauwkeurigheid van zijn uitspraken.

Dat is dan ook geen nieuws. En ook niet de reden voor dit draadje. De reden is dat het artikel van Washburne meer verdient dan dit hatseflatsje.

Het gaat om deze pre-print, waarover een verhitte discussie wordt gevoerd door moleculair biologen.

De conclusie van het artikel is dat het genoom van #SARSCoV2 alle kenmerken heeft van een gekloond virus.

Waar baseert hij dit op?

biorxiv.org/content/10.110…

Daarvoor moet ik iets uitleggen over het klonen van een virus, en in het bijzonder SARS-CoV-2. Dat is redelijk ingewikkelde materie, dus ik zal redelijk wat moeten simplificeren.

Als men een 'kopie' van een virus wil maken, kan men door middel van de PCR proberen dit te doen.

Het probleem is dat het genoom van SARS-CoV-2 hiervoor te lang is. Het lukt dus niet om in een keer een kopie te maken van dit virus.

En dus knipt men het virus in een aantal stukken door middel van een moleculair schaartje.

Dat schaartje herkend specifieke plaatsen in het genoom aan de hand van de volgorde van een aantal nucleotiden (de bouwsteentjes van DNA en RNA).

Vervolgens worden de verschillende stukken van het DNA ingebouwd in een 'vector'.

Die stukken zijn dan zo kort dat ze wel betrouwbaar gekopieerd kunnen worden met de PCR.

Dat doet men dan met alle afzonderlijke stukjes van het DNA, waarna ze vervolgens weer aan elkaar gelijmd kunnen worden, nadat ze weer uit de vector geknipt worden

Het zijn de moleculaire schaartjes die een specifiek patroon achterlaten waardoor de afzonderlijke stukken op de juiste volgorde, aan elkaar geplakt worden, zodat een functioneel virus ontstaat.

Nu is het zo dat ieder virus zijn eigen plekken heeft die herkend worden door zo'n moleculair schaartje. Maar dat leidt er nogal eens toe dat er daardoor hele lange, en hele korte stukken DNA ontstaan. Dat wil men liever niet, men het liefst stukken die gelijk van grootte zijn.

De stukken van SARS-CoV-2 zijn vrijwel allemaal even lang, iets dat ongebruikelijk is voor een natuurlijk virus, maar exact datgene dat je verwacht bij een in elkaar geknutseld virus. Hier zijn die knipplaatsen in SARS-CoV-2 van twee moleculaire schaartjes te zien, BsmBI en BsaI.

In onderstaand plaatje is te zien hoe de knipplaatsen in het gekloonde virus veranderd zijn in vergelijking met het oorspronkelijke virus, voor MERS en WIV1. Boven het oorspronkelijke virus, onder het gekloonde virus.

De auteurs berekenden dat de kans dat de knipplaatsen van SARS-CoV-2 op een natuurlijke manier zouden zijn ontstaan slechts 0,7% is.

Nu is het zo dat bij het klonen niet alleen knipplaatsen toegevoegd moeten worden...

...maar er moeten ook knipplaatsen verwijderd worden die ongunstig liggen.

Daarvoor moet ik uitleggen dat dit zo moet gebeuren dat bij het vertalen van het DNA naar eiwit dit eiwit niet veranderd mag worden.

Een aminizuur (bouwsteentje van eiwit) wordt gecodeerd door drie nucleotiden (bouwsteentjes van DNA en RNA). Maar een aminozuur heeft vaak meerdere codes van DNA en RNA. Leucine wordt bijvoorbeeld gecodeerd door de triplet CUA en CUG.

Beide codes geven hetzelfde aminozuur, maar door die laatste letter te veranderen, kan men een knipplaats doen verdwijnen. Als men vervolgens de meest nauwe verwant BANAL -20-52, vergeleek met SARS-CoV-2 zouden er vijf van deze veranderingen moeten optreden.

Om vijf knipplaatsen te doen verdwijnen die ongunstig zouden zijn voor het klonen. En natuurlijk waren het precies die vijf veranderingen die ideaal waren om BANAL-20-52 te klonen. Die veranderingen vindt men dus in SARS-CoV-2.

Nu zijn er ontzettend veel moleculaire schaartjes, die allemaal hun eigen specifieke knipplaatsen hebben.

Maar het 'toeval' wil dat juist deze twee moleculaire schaartjes gebruikt werden door Ralph Baric aan de University of North-Carolina Chapel.

Sterker nog, Ralph Baric publiceerde de methode zelf.

En dat niet alleen: ook Shi Zhengli publiceerde artikelen waar exact deze moleculaire schaartjes gebruikt werden om coronavirussen te klonen.

link.springer.com/protocol/10.10…

Bat Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in Modulation of the Host Immune Response | Journal of Virology journals.asm.org/doi/10.1128/JV…

Zoals deze.

#PLOSPathogens: Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into th ... dx.plos.org/10.1371/journa…

En deze.

Terug naar het hitseflitsje van Maarten: in zijn column zegt ene Erik Snijders dat het helemaal niet logisch is om een methode te gebruiken waarbij de 'littekens' van het knippen aanwezig blijven in het genoom.

Dat valt gemakkelijk te ontkrachten: als men deze knipplaatsen verwijderd, is het veel moeilijker om een nieuw stuk RNA in te bouwen in het virus. Zoals bijvoorbeeld een nieuwe Receptor Binding Domain.

Of een andere Furin Cleavage Site.

Dan is het veel praktischer om deze 'littekens' - de herkenningsplaatsen voor het moleculaire schaartje intact te laten.

Inderdaad heeft Washburne geen aandacht besteed aan een heel klein stukje dat intact blijft tussen BANAL-205-52 en SARS-CoV-2.

Maar voor het overige zijn de knipplaatsen tussen beide virussen behoorlijk verschillend. Dat laat Washburne ook zien.

De kans dat SARS-CoV-2 spontaan uit BANAL-20-52 zou zijn ontstaan in de natuur is slechts 0,1%. Dat laat Maarten liever onbesproken.

Verder haalt Keulemans Kristian Andersen aan. Ik betwijfel ten sterkste of hij die zelf gesproken heeft, maar dat doet er ook niet zo heel veel toe. Andersen heeft namelijk geen inhoudelijk weerwoord, behalve dat hij het 'kindergarten genetics' vindt.

Andersen was eerste auteur van het 'Proximal Origins' artikel in Nature Medicine, een als wetenschap vermomd politiek statement dat SARS-CoV-2 een zoönose moest zijn. Verder was hij betrokken bij alle artikelen van de groep van zoönosepushers...

...waartoe ook @MarionKoopmans toe behoort. Die artikelen zijn alle van zeer matige kwaliteit, en komen niet heel veel verder dan stromannen, bestaande uit: 'het is niet logisch, dat', of 'als ik dit gedaan zou hebben, zou ik het anders gedaan hebben'.

Natuurlijk laat Keulemans geen critici aan het woord, die het verhaal van @WashburneAlex ondersteunen. Daarvoor is geen plaats in zijn hotseflotsje.

Deze studie vormt niet het ultieme bewijs dat SARS-CoV-2 per ongeluk uit het lab is ontsnapt.

Dat hoeft ook niet. De wet van Bayes leert ons dat we alle bewijs in ogenschouw moeten nemen, en de waarschijnlijkheden op een rij moeten zetten.

Dan zijn er een aantal harde zaken:

1. De Furin Cleavage Site, met een 'humane handtekening', en exact gelijk aan een natrium...

...kanaal, dat aan de UnNC van Ralph Baric intensief werd bestudeerd en waarvan men wist dat het goed zou functioneren.

2. De Defuse Onderzoeksaanvraag waarin werd beschreven dat men een dergelijke Furin Cleavage Site in wilde bouwen in coronavirussen.

3. Uitgerekend een dergelijke virus, mét zo'n FCS, duikt op in Wuhan, waar vleermuizen die deze coronavirussen bij zich dragen, helemaal niet voorkomen, maar toevallig wel het instituut staat dat coronavirussen bestudeert.

4. En dan blijkt dat virus ook nog atypisch te zijn qua moleculaire opbouw, en een bouw te hebben die goed past bij een gekloond virus, en zeer atypisch is voor een natuurlijk virus.

Hoe toevallig allemaal.

De zoönosepushers willen doen voorkomen dat al deze aspecten - en vele andere - allemaal berusten op toeval.

Terwijl de hele constellatie van bevindingen uitstekend verklaard wordt door de lableak theorie.

Maar Maarten heeft blijkbaar nog nooit van Bayes...

...a-priori en a-posteriori kansen gehoord.

Dat Maarten een onwetenschappelijke kletskundige is, die alleen roeptoetert, wat zijn baasje @MarionKoopmans graag wil dat hij roeptoetert, hoeft niemand te verbazen.

Dat is nu eenmaal wat een flexpert doet.

@MittemeijerOote noemt Maarten dan ook heel treffend 'doorgeefluikje'. Maar dat maakt wat hij uitkraamt geen wetenschap.
Overigens laat Nassim Nicholas Taleb in zijn boek "Skin in the Game" goed zien waarom er deze teloorgang is van de onafhankelijke journalistiek in hoofdstuk 9.

Ik besluit met het werkelijk fenomenale essay van @WashburneAlex zelf, waarin hij alles nog eens kernachtig op een rij zet. Ook voor de leek goed te lezen.

Daaruit blijken ook zijn credentials. Deze man is thuis in de materie, en heeft er uitgebreide ervaring mee.

open.substack.com/pub/alexwasbur…

Dat schept toch iets meer vertrouwen, dan een warrige cultureel antropoloog, die fungeert als vleermuizenluikje, en te beroerd is om een artikel zelf goed te lezen.

Of waarschijnlijker, hier helemaal niet toe in staat is.

Ik verwacht geen reactie van @mkeulemans of @MarionKoopmans.

Ik vraag me zelfs af of laatstgenoemde zelf nog wel alle ins- en outs van de genetica weet.

Maar goed, Koopmans geeft al twee jaar geen inhoudelijke repliek...

...omringt zich met dubieuze factcheckers als @pjvanerp en ene @PostvanFenna, ook mensen die zelden of nooit iets inhoudelijks te melden hebben, en alleen maar drek verspreiden.

Daar zal het nu dan ook wel bij blijven. Een trieste teloorgang van de wetenschap.

Zou ik nog bijna vergeten @R_H_Ebright en @Kevin_McKernan vergeten te bedanken.

Voor wie echt alle ins- en outs van de Next Generation Sequencing wil weten, zie hier het stuk van laatstgenoemde. Al moest ik er nog wel het een en ander bij zoeken om het helemaal te begrijpen.

A deep dive on TypeIIs Restriction enzymes, by @Kevin_McKernan open.substack.com/pub/anandamide…

usrtk.org/covid-19-origi…

Hier nog een ander goed leesbaar stuk. Zoals men onderzoeksjournalistiek bedrijft. Critici van beide kanten aan het woord laten. Dan krijg je goede artikelen, in plaats van slappe hatseflatjes, @mkeulemans.