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@SystemsVirology
Dec 27, 2022 • 9 tweets • 5 min read • Read on X
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#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵のプレプリント第15弾「組換えオミクロンXBBの性状解析」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、#遺伝子組換え で誕生した #オミクロン XBB株（通称 #グリフォン）の性質を解明しました。
biorxiv.org/content/10.110…

以下、本研究の概要です。1/
2022年後半になり、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中でさまざまな #オミクロン亜株 が出現し、多様化しています。2/
たとえば、スパイクの5つの収斂進化変異（R346T, K444T, L452R, N460K, F486V）をコンプリートしたBQ.1.1株については、我々の先行プレプリント⬇️で、その誕生原理とウイルス学的な性状を報告しています。3/
本研究ではまず、@jampei2 と@SpyrosLytrasによる分子系統学と流行ダイナミクスの学際融合解析によって、XBBは、2022年、夏、インド周辺において、BJ.1とBM.1.1.1（BA.2.75の子孫）というふたつのオミクロン亜株の組換えによって誕生したことを明らかにしました。4/
XBBの実行再生産数（Re）は、もうひとつの現在進行形流行株BQ.1.1と同程度に高いものの、流行地域が異なることを明示しました。現在までの状況としては、BQ.1.1系統では西半球で、XBB系統は東半球でそれぞれ流行拡大していることがわかります。5/
中和実験の結果、XBBはBA.2に比べ、BA.5ブレイクスルー血清に対しては13倍（❗️）、BA.2ブレイクスルー血清に対しては30倍（‼️）というきわめて顕著な抵抗性を示す株であることを明らかにしました。6/
さらに、XBB株の融合力は、BA.2.75株よりも2.2倍高いことを明らかにしました。

G2P-Japanによるデルタ株（第5弾@Nature）、オミクロンBA.1株（第7弾@Nature）、BA.5株（第12弾@CellCellPress）などの研究から、スパイクの融合力とハムスターでの病原性には正の相関があることを見出しています。7/
しかし予想に反し、オミクロンBA.2一族のもうひとつの末裔であるBQ.1.1（⬆️のプレプリント第14弾参照）と同様、XBBの病原性は、その先祖の片割れのBA.2.75と同程度か、それよりも低いことがわかりました。8/
XBBは、#組換え によって流行拡大に成功した初めての株と言えます。本邦における頻度も増えてるし、BQ系統が主流だったアメリカでも爆増してます。オミクロンの進化の方向性を予想するのは難しいですが、今後の流行動向は、やはりみなさんの感染対策次第かと思います🙏 9/9
reuters.com/business/healt…

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Jul 17
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3.1.1のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい変異株KP.3.1.1の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。現在本邦は第11波に入っていますが、それはこれらのJN.1の子孫株によって引き起こされています。現在の流行状況などについては、本日公開の最新コラムで解説しています↓ 2/
そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。3/
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Jul 17
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf.1 A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Cf.2 Another new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3), have also been already elucidated. 3/
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Jun 6
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3, LB.1, KP.2.3のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい3つの変異株の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)の特性については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。2/
今回着目したのは、KP.2にやや遅れて出現した3つの株、KP.3 (JN.1.11.1.3)、LB.1 (JN.1.9.2.1)、KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3)です。それぞれ、こんな変異を持っています。
（＊参考まで、JN.1=BA.2.86.1.1で、BA.2.86系統の子孫株）3/ Image
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Jun 6
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3, LB.1 and KP.2.3 - progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf. A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Here we focused on relatively new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3). These variants harbor these mutations⬇️ 3/ Image
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May 20
#拡散希望 第2回新型コロナウイルス研究集会を、8月2日〜4日に東京・品川で開催します！　今年のテーマは「COVID-19の疫学、臨床医学、免疫学、ウイルス学」。新型コロナに関する科学のすべてを網羅した集会になるよう準備を進めています！ 1/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
参加・演題登録はこちらから↓
今年は「オンデマンド配信」も予定しています。先約があったり、遠方で現地参加が難しい方や、医療従事者のみなさまにも広くご参加いただき、新型コロナの科学の最先端を知る機会を提供できればと思っています。2/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
今年は、G2P-Japanが基礎ウイルス学を担当し、免疫学を⾼橋宜聖先生（感染研）、臨床医学を忽那賢志先生（阪⼤）@kutsunasatoshi 、公衆衛生学を押⾕仁（東北⼤）に担当いただきます。3/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
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Apr 27
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.2 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
biorxiv.org/cgi/content/sh…
Cf. This is KP.2 (aka JN.1.11.1.2). In spike, KP.2 = JN.1 + S:R346T, S:F456L & S:V1104L).

We remember that R346T was observed in BQ.1.1 and XBB lineages, while F456L is a hallmark of EG.5 lineage. 2/ Image
Transmissibility/fitness (Re): molecular phylogenetic-epidemic dynamics modeling led by Jumpei @jampei2 and Kaho showed that the Re of KP.2 is ~1.2-fold greater than that of JN.1. 3/
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