Thread by @ScienceCQFD

20/04 > La #phylodynamique, l’autre traque du #coronavirus bit.ly/2YRn5uJ via @lemondefr #LaMethSci

S Alizon > la grippe revient tous les ans car elle évolue. Le graal est de réussir à prédire ce à quoi va pouvoir ressembler le virus l'année suivante #LaMethSci

H Morlon > aujourd'hui, on se pose les mêmes questions, sauf que l'on a des outils plus puissants maintenant, notamment la phylodynamique #LaMethSci

S Alizon > dans "phylodynamique", il y a une question de vecteur + important que dans la phylogénétique. Pour les virus, on peut se retrouver avec certaines feuilles proches de la racine, et d'autres qui sont bcp + loin. #LaMethSci

Historiquement, le terme “#phylodynamique” est apparu dans Science en 2004 (bit.ly/2WncHJu) pour caractériser l’étude simultanée de l’épidémiologie, la biologie évolutive et la dynamique immunitaire d’un pathogène.

L’idée de la phylodynamique est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome, ie des mutations. En analysant des génomes issus de plusieurs patients infectés, on peut ainsi reconstruire un arbre phylogénétique d’infections, qui peut être ...

... mis en relation avec une chaîne de transmission #LaMethSci

Les avancées de séquençage bouleversent l’épidémiologie. Comme les épidémies récentes de Zika (bit.ly/2LtierG) & d’Ebola (go.nature.com/35YcT56) l’ont montré, il est possible d’avoir une couverture quasi-exhaustive de la diversité génétique des virus en temps réel.

Les approches de phylodynamique permettent alors d’en savoir plus sur la propagation et la biologie des infections (taux de transmission, durée d’infection, origine géographique) et d’ajuster en temps réel les mesures de santé publique (campagnes de sensibilisation, dépistage...

... et traitement, quarantaine). Ces approches sont, en effet, moins sensibles aux biais d’échantillonnage que les approches classiques. Deux défis méthodologiques se posent alors : d’une part, combiner plusieurs types de données (séquences, dates, prévalences, localisations)...

... , et d’autre part, utiliser de grands jeux de données, les autres approches fonctionnant essentiellement pour des modèles simples et des phylogénies limitées #LaMethSci

Concernant la pandémie actuelle, l’étude du patrimoine génétique du SARS-CoV-2 est en train de révéler aux phylodynamiciens quand il a infecté l’homme, d’où il vient, à quelle vitesse il se répand, combien de gens il a touchés, etc. C’est en effet grâce à la phylodynamie qu’ont..

... été mis en avant la découverte du probable passage d’une chauve-souris à l’humain, l’origine d’une contamination dès novembre 2019 en Chine, les signes de ralentissement de l’épidémie dans certains pays, ou encore les origines multiples de l’épidémie en France #LaMethSci

La méthodologie de cette discipline, en particulier l’usage des arbres en tant qu’outil, peut également s’appliquer pour tenter de comprendre l’évolution de la biodiversité au cours des échelles de temps géologiques, afin d’expliquer celle que l’on observe actuellement.

Les questionnements ne se font pas forcément au niveau des données issues de séquençages, mais aussi sur des données morphologiques par exemple. De la même manière qu’en phylodynamique, les chercheurs utilisent à la fois les données actuelles dont on dispose couplées...

... aux mathématiques, le tout en s’appuyant sur la théorie de l’évolution #LaMethSci

S Alizon > l'idée de la phylodynamie : travailler sur des infections virales. Il y a donc toute une partie qui se fait en amont, clinique. Puis une partie biologique, en laboratoire. Puis une partie analyse avec des algorithmes et des outils statistiques #LaMethSci

2017 > Utilisation des phylogénies d'infections en #épidémiologie bit.ly/3cujoPz #LaMethSci

2017 > #Phylodynamique des infections virales bit.ly/2YOAXpL #LaMethSci

30/03 > #Phylodynamique du #CoVid19 en #France bit.ly/2zBR5Ab par #SamuelAlizon & Co #LaMethSci

[#Vidéo] 31/03 > Le génome du #coronavirus est-il son talon d'Achille ? bit.ly/3cotdP1 par #IsabelleImbert #CoVid19 #LaMethSci

S Alizon > tous les êtres vivants font des erreurs en se reproduisant. La gde partie des mutations sont délétères : on ne les retrouvera donc pas dans la nature. On fait ainsi la distinction entre un taux de mutation et un taux de substitution #LaMethSci

Il ne faut donc pas confondre les 2 taux (cf #LT) : le 1er est une constante biologique liée aux processus biochimiques, tandis que le 2nd correspond aux mutations qui ont survécu (cela exclut donc toutes les mutations délétères ou celles qui ont disparu) #LaMethSci

H Morlon > on peut inférer ainsi le R0 (vitesse de réplication du virus), le taux d'extinction, les taux de zoonoses, la vitesse de propagation dans l'espace du virus. Pour les espèces, mon domaine, cela va être des taux de spéciation, d'extinction, de distinction, etc #LaMethSci

7/04 > #Covid19 : la traque génomique du virus sur @nextstrain bit.ly/2yQSKSt via @Sciences_Avenir #LaMethSci

[A découvrir] Le site @nextstrain bit.ly/3dEa4ZT qui "traque" en temps réel l'évolution du #SARSCoV2 sur la planète #LaMethSci

24/04 > #Phylodynamique du #CoVid19 en #France : variations temporelles de la croissance épidémique bit.ly/2WQek1k par #SamuelAlizon & Co #LaMethSci

[#Podcast] 26/04 > #Phylodynamique bit.ly/3fGqrH5 avec #SamuelAlizon via @franceinter #LaMethSci

[A découvrir] Représentation du nombre de mutations sur les génomes en fonction du temps bit.ly/3bsX0VP #SARSCoV2 via @GISAID #LaMethSci

Pour #SARSCoV2, on approcherait d’une vitesse d’évolution annuelle de 0,08% : c’est légèrement moins que la grippe ou que le VIH, mais beaucoup + que le génome humain #LaMethSci

[#Vidéo] 2018 > Les Battements du temps bit.ly/3dGl1dd par #HélèneMorlon via #ParisDiderot #LaMethSci

[A découvrir] Le site #OneZoom, une carte interactive qui permet d'explorer toutes les formes de vie sur #Terre bit.ly/3fOgUO7 #LaMethSci