По многочисленным просьбам трудящихся (@Nat_anest), будем разбираться в геномах вирусов, на человеческом языке. Что имеем на данный момент: массу публикаций в сети, втч научных. Как разобраться, кому верить, а кому нет? Погнали. 1/Х
@Nat_anest 2. Научная статья = гипотеза + анализ + результат + вывод. Чтобы статью опубликовать в научном журнале (втч электронном), над ней должны покорпеть 3 независимых эксперта.
@Nat_anest 3. Эксперты проверяют каждую статью на вшивость, и только когда авторы статьи отвечают на все вопросы экспертов, или проясняют плохо описанные результаты или методы, эти статьи приниматся для официальной публикации.
@Nat_anest 4. Но такие публикации стоят денег, да и подписка на журналы тоже. Поэтому, ученые придумали BioRxiv и прочее - открытый интернет ресурс, куда можно сливать неопубликованные данные. Статьи в БиоАрхиве проходят минимальную экспертизу, т.е. научные или полный бред.
@Nat_anest 5. Плюс: статей появляется масса, и это хорошо, т.е. данными все делятся в режиме реального времени. Минус: нет экспертной оценки и мы не можем проверить правильно ли сделаны анализы, или достигнут ли правельный вывод. Так? С БиоАрхивом ясно.
@Nat_anest 6. Теперь вирусы и геномы. Как выживают вирусы? Они инфицируют нас в обход имунно системы. Они проникают в клетки, захватывают их в плен и заставляют наши родные клеточки себя размножать.
@Nat_anest 7. Т.е. это армия-захватчик, которая берет в плен наши ресурсы, питается, одевается, вооружается и размножается за наш счет. После того как клетка отдала им всё, она погибает. Может погибнуть и сам организм.
@Nat_anest 8. Умным вирусам совсем не хочется убивать хозяина. Им важно чтобы хозяин все сделал, все размножил, и передал вирус товарищу. И вот до этого момента вирус ни в коем случае не должен его убить, т.к. вирусу важно чтоб хозяин заразил по крайней мере одного человека.
@Nat_anest 9. А если вирус убьет слишком быстро, то он дурак и сам скоро сдохнет, т.к. некому будет его переносить. Т.е., вирусу убивать носителя не особо-то и выгодно. Теперь геном.
@Nat_anest 10. Вирус nCoV - цепочка РНК в белковом скафандре. РНК = геном, последовательность нуклеотидных оснований которые кодируют белки, кирпичики из которых сделан скафандр и белков которые помогают вирусу инфектировать и размножаться.
@Nat_anest 11. Как вирус распознает клетку и забирается в нее? Благодаря белку, который кодирован геном S, spike protein. Он находит кетки, и слабые звенья в их оболочке (рецепторы). Потом присоединятся к этим рецепторам, оставляет скафандр снаружи, и заползает в клетку.
@Nat_anest 12. Если в белке S появляются особые мутации, то вирус учится распознавать новые виды клеток, или проникать в них используя другие бреши в оброне, или заражать нового хозяина.
@Nat_anest 13. На этой позитивной ноте приостанавливаюсь и иду печь торт. Вернусь и допишу. Не скучайте!
@Nat_anest 14. Обычно, у родственных вирусов белок S похожий, но не на 100%. Иногда, по строению этого гена, можно найти родичей нашего вируса. Т.е. часть гена будет как у сородича, а часть может быть позаимствована от другого дальнего родственника, или мутирована во что-то новое.
@Nat_anest 15. На днях, в БиоАрхиве появилась прекрасная статья, "доказывающая" что ген S у nCoV не имеет ничего общего с родственными вирусами у летучих мышей. Зато имеет наибольшее сходство с вирусом HIV (ВИЧ). И интернет ЗАГУДЕЛ!!!
@Nat_anest 16. Спокуха. Помним, что я писала о БиоАрхиве? Статья без экспертной оценки. Разбираемся: biorxiv.org/content/10.110…. Красавчеги из статьи хайпуют неподецки.
@Nat_anest 17. Геном любого организма это книга с инструкциями для сборки. В любой книге, если присмотреться, можно найти совпадения. Они нашли даже не отдельные слова, а последовательность их 4х букв. Т.е. уже настораживаемся и думаем, что это СОВПАДЕНИЕ, а не ЗАВИСИМОСТЬ.
@Nat_anest 18. С другой стороны, несколько независимых ученых не поленились, нашли данные на которые ссылались красавчеги, и пределали анализ, причем несколько раз, и с разными параметрами. Оказалось, что никаких особых совпадений с геномом ВИЧ в регионе S у nCoV нет,
@Nat_anest 19. , зато все прекрасно совпадает с другими короновирусами летучих мышей (о которых я уже делала длинный трэд).
В сухом остатке> nCoV нормальный, природный вирус, не сбегавший из Пентагона.
В сухом остатке> nCoV нормальный, природный вирус, не сбегавший из Пентагона.
@Nat_anest 20. Если интересно и хотите знать какие у nCoV другие гены и зачем они нужны, или каким макаром ученые расшифровали его геном, или нужен ли вирусу хозяин-посредник - дайте знать и я допишу завтра.
@Nat_anest 21. Короновирусов в природе огромное множество, но только 9 могут инфицировать человека. Есть вирусы, которые могут напрямую переноситься от животного к человеку, и потом переноситься от человека к человеку.
@Nat_anest 22. Другие вирусы от носителя передаются промежуточному хозяину, там меняются, и только после этого могут заражать людей. Иногда, в носителе или переносчике, должно быть несколько вирусов. Тогда они могут заимствовать друг у дружки явки и пароли к человеческим клеткам.
@Nat_anest 23. Какого типа nCoV? Мы пока не знаем. Китайские ученые выделили чистый nCoV в декабре, но им не делились. В середине января, группа австралийских ученых выделила вирус и научилась его растить в клетках человека. Только наличие такой культуры сможет дать нам понять...
@Nat_anest 24. ... какого типа nCoV. Кроме того, теперь у нас есть сам белковый скафандр, и на основе этого можно приступать к созданию вакцины. Ученые трудятся. У нас ночь, а в Австралии и Китае день. Потом мы спим, начинает работать Америка. Работа идет круглые сутки.
@Nat_anest 25. Новости с фронта: авторы нашумевшей статьи о сравнении nCoV и ВИЧ приносят свои извинения и отзывают статью.
@Nat_anest 26. Утро доброе! Расскажу о геноме nCoV. С геном S мы разобрались. Он у нас главный шпион и наводчик. А весь геном короновируса состоит из нескольких генов, и его длина - 30 000 нуклеотидов (букв). Сочетание букв в гены это главы в книге. Всего глав 6.
@Nat_anest 27. Две первые главы, это ORF1a и ORF1b. Это самые длинные главы и в них около 2/3 всей книги. Тут заложены инструкции по сборке 16 белков. Они помогают вирусу обманывать иммунную систему организма, саботировать наши клетки, итд. Короче, это иностранные агенты. 
@Nat_anest 28. В конце книги, у нас главы в которых содержится инфа о белках скафандра. Это наш уже известный ген S (он же шпион и наводчик), и его подельники М, N и Е, и пара других мелких пакостников. Мистер М кодирует наружную стенку скафандра.
@Nat_anest 29. В инструкции к сборке М лежит инфа о форме скафандра и о том, как оболочка прикрепляется к другим частям скафандра. В гене Е инфа о сборке скафандра и инструкции к действию в процессе инфекции. Ген N еще интереснее.
@Nat_anest 30. N управляет упаковкой РНК, ставит палки в колеса нашему защитнику интерферону и его помощникам, а так же заправляет системой размножения вируса.
@Nat_anest 31. Теперь о мутациях. Мутации это ошибки. Они могут менять смысл в словах книги (типа, казнить нельзя помиловать), или просто быть опечатками и из слов делать белиберду. Вот ошибки типа казнить нельзя помиловать это то что важно для изменчивости вируса.
@Nat_anest 32. Кричать сразу что АААА!!!! МУТАЦИЯ!!! не имеет никакого смысла, т.к. мы не знаем что она значит для инструкции, так? Мутация вещь нормальная, у нас в организме их каждую минуту возникает тысячи. Но у нас есть гены-дворники, которые эту дрянь быстренько сметают в мусор.
@Nat_anest 33. В nCoV большинство мутаций происходят в первых главах. Они важны для инфекции, но не так как мутации в самом вредном гене S. А о нем мы уже говорили выше. На данный момент, ученые расшифровали более 30 геномов nCoV, и мутаций типа казнить нельзя в гене S почти нет.
@Nat_anest 34. Как мы расшифровываем геномы? nCoV вирус РНК, а для расшифровки нам нужен перевод на язык ДНК. Нанимаем переводчика, с жутким именем Обратная Полимераза. От него получаем ДНК. Теперь ее нам надо порезать на маленькие кусочки, чтобы из могла прочитать машина-секвенатор.
@Nat_anest 35. На маленькие кусочки мы навешиваем адаптор чтобы машина знала где начало и где конец, и еще один пароль, чтобы молекулы которые используются для секвенирования знали откуда начинать процесс считывания информации.
@Nat_anest 36. Считкой занимается белок Полимераза. Ее кормят буквами (нуклеотидами), к каждой букве навешан флажок своего цвета (флуорофор). Помните из школы, что ДНК у нас из двух цепочек, состоит из букв А, Т, Г и Ц, и они дружат парами. А любит Т, Г любит Ц.
@Nat_anest 37. Если на одной цепочке у нас А, то во второй цепочке напротив нее будет Т. Если на одной Г, то напротив будет Ц. Так? Полимераза начинает с одной цепочки, и подстраивает ей соседа. А к Т, Ц к Г, итд. Помните что мы кормим полимеразу буквами с флажками?
@Nat_anest 38. Вот как только полимераза доставила нужную буковку, то она выкидывает флажок. И цвет этого флажка фиксируется жутко чувствительной камерой, которая записывает порядок поднятия флажков, как сигналов на флоте.
@Nat_anest 39. Потом эту флажковую шифровку считывает компьютер и переводит инфу в буквы. Но полимераза иногда устает, и делает ошибки. Или камера ошибается, особенно если несколько флажков выкидываются рядом. Вот тогда видим ошибки секвенирования > их нет в ДНК, а комп их так видит.
@Nat_anest 40. Поэтому, все шифровки досконально проверяются учеными. Вот первые расшифровки nCoV делались в спешке и ученые не успевали проверять. Поэтому, мы не можем быть на все 100% уверены в том что мы прочитали все главы правильно.
@Nat_anest 41. Поэтому так опасно делать глобальные выводы на основании ошибочной информации. В нормальных условиях, на проверку могут уйти недели, а мы сейчас очень спешим. Если сразу анализировать шифровки не проверяя, то и появляются статьи типа той что отозвали вчера.
@Nat_anest 42. Кстати, говорить что мутации ЗЛО, это совсем неверно! Есть очень хорошие мутации, которые помогают организмам выживать и приспосабливаться. Так что, все зависит от контекста. 😘🤓
