Thread by @LailaMedLab

Artemis
متصفح مصمم للجينوم
(genome)
والذي تم تطويره من قبل العلماء والباحثين في معهد
Wellcome Sanger institute
يتم من خلال هذا المتصفح قراءة وتصور سلسلة DNA 🧬 للبكتيريا.

سـ أذكر هنا في سلسلة هذه التغريدات عن:
١-مقدمة تعريفية عن الجينومات البكتيرية
(bacterial genome)
٢-أهمية متصفح الجينوم( genome browser )
٣- كيف يساهم هذا المتصفح Artemis في دراسة مسببات الامراض البكترية
#biology #Bioinformatics #gene #Bacteriology

تمتلك الجينومات البكتيرية مجموعة من الأحجام ويمكن أحتوائها على واحد أو أكثر من الكروموسومات ويمكن ان تكون هذه الكروموسومات دائرية أو خطية (circular or linear).وبغض النظر عن شكلها تظهر الجينومات البكتيرية ارتباطاً كبيراً بين حجم الجينوم وعدد الجينات الموجودة في الجينوم.

وهذا يعني انه كلما زاد حجم الجينوم زاد عدد الجينات التي يحتويها.

في العديد من الجينومات البكتيرية يمكن تخزين تسلسلات الجينوم الكاملة التي تتكون من كروموسوم واحد فقط بـ تنسيق يُسمى FASTA وسبق وان ذكرت تفاصيل اكثر عن هذه المسميات في ثريد سابق👍🏻

ومن الصور او الصيغ الغير معروفه وهي مايعرف بـ chunk
مما يعني بأن الجينوم يحتوي على أكثر من كروموسوم واحد او بوجود فجوات غير معروفه الحجم في الجينوم
وهنا في هذه الحالة سلسة الجينوم تحفظ بـ بتنسيق يُسمى multi-FASTA

تعد أهمية متصفح Artemis حيث أنه يسمح بتصور سلسلات الجينوم بمميزات أكثر وضوح ويسمح بتصور بيانات الجيل الثاني وتحليل النتائج في سياق السلسلة الجينيةوكذلك ترجمتة في ستة إطارات.

نجي بعد كذا لمتصفح الجينوم وهو Artemis
يمكن تحميل البرنامج على الماك او PC windows من خلال كتابة 👈🏻Artemis sanger
حيث أن البرنامج مجاني 👌🏻
بعد التحميل يمكن فتح ملف سلسلة الجينوم المهتم بدراسته بشرط ان يكون الملف محفوظ عندك على شكل FASTA عن طريق ملف Artemis
اللي حملته مسبقاً👇

الملف راح يفتح معاك بهذا الشكل عن طريق متصفح Artemis 👇🏻.
حيث يظهر لك ٣ لوحات منفصلة مثل اللي ظاهر عندك.
وكل لوحة من هذه تمثل مستوى معين من معلومات الجينوم المراد دراسته.

#biotech #data

Artemis وتصويره للجينوم نستطيع العثور على مكان الجينات في الجينوم والعثور على مزيد من المعلومات حول وظيفة الجين نفسه او وظيفة البروتينات مما يساعد هذا الشي في دراسة ومعرفه مسببات الامراض البكتيرية

انتهى✨