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10 Oct, 5 tweets, 3 min read
1/ Un point sur la différence entre les indicateurs "nombre de tests réalisés" et "nombre de personnes testées".

Je rappelle que les re-tests ne sont pas pris en compte dans le "nombre de personnes testées".
2/ "Pour ce faire, nous avons choisi de sélectionner, pour les personnes ayant plusieurs tests, le premier test négatif si tous ses tests sont négatifs, ou le premier test positif s’il a au moins un test positif."

santepubliquefrance.fr/media/files/01…
3/ C'est l'indicateur "nombre de personnes testées" qui est utilisé pour le calcul du taux de positivité.

santepubliquefrance.fr/media/files/01…
4/ Pour la S40 (semaine dernière), le "nombre de personnes testées" représente 77 % du "nombre de tests réalisés", donc 23% des tests réalisés sont des re-tests.
5/ Avec des différences entre dpt
% de "tests réalisés" non comptabilisés dans "personnes testées" pour cause de re-test :

Bouches-du-Rhône : 37 %
Hérault : 27 %
Bas-Rhin : 27 %
Paris : 26 %
Haute-Garonne :26 %
Val-de-Marne : 22 %
Nord : 21%
Seine-St-Denis : 21 %
Rhône 18 %

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10 Oct
1/ Une visualisation alternative aux cartes de chaleur pour voir l'évolution de l’incidence dans le temps en fonction des classes d'âges 👇
2/ La situation actuelle en France 👇 Image
3/ La même chose pour Paris (j'ai dû changer la borne max de 350 à 900) 👇
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1 Oct
1/ On me demande souvent s'il faut surveiller le taux de positivité ou le taux d'incidence. Pourquoi choisir ? Essayons de suivre les deux 🤷‍♂️

Sur la semaine 39 (09/21 au 09/27) ça donne ça 👇
2/ On peut constater l'évolution entre la semaine 38 (09/14 au 09/20) et la semaine 39 (09/21 au 09/27)
3/ On peut aussi regarder l’évolution depuis la mi-mai
Read 5 tweets
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29 Sep
1/ Un point sur l’indicateur sur "nombre de cas confirmés" et son lien avec les données SI-DEP.

(problème dans le thread, je recommence 🤨) Image
2/ Je rappelle que les données SI-DEP sont fournies par date de prélèvement avec un "embargo" de 3 jours. Donc au jour J (ex: 28/09) on a accès aux données à J-3 (ex : 25/09) ainsi que des mises à jour sur les jours précédents J-4, J-5, etc. (ex 24/09, 23/09, etc.)
3/ Alors à quoi correspond l'indicateur "nombre de cas confirmés" mis à jour tous les jours par SPF ? Il s'agit (en très grande majorité) des tests positifs SI-DEP arrivés le jour J, sans embargo donc sans distinction de date de prélèvement.
Read 8 tweets
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23 Sep
Un point sur les données SI-DEP et sur la différence entre "nombre de tests réalisés" et "nombre de personnes testées"

Sur Geodes on a les indicateurs suivant :

"Nombre de tests réalisés"
"Nombre de personnes testées"
"Nombre de personnes positives"
"Taux de positivité"
J'utilise pour mes graphiques la page SPF sur l'open data du gouvernement data.gouv.fr/fr/datasets/do…

C'est normalement les mêmes données que Géodes (SPF fournit les données)

C'est pratique car en un clic on récupère tout l'historique des données
Dans ces fichiers il y a deux variables "T" et "P". Dans le fichier de description des données il est indiqué P = "Nombre de test positifs" et T = "Nombre de test réalisés" Image
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20 Sep
Un point sur les données hospitalières de Santé Publique France :

Les données mises à jour chaque jour correspondent aux données remontées par les hôpitaux.

La date indiquée dans les données est la date de remontée et non la date effective d'arrivée de l’événement.
D'où l'imbroglio du 18/09 où un établissement de l'Essonne a remonté 247 dossiers d'admissions et 76 décès qui datent en fait d'avant la mi-juillet. ImageImage
J'ai constaté d'autres remontées étranges, par exemple ici dans le Val d'Oise +133 retours le 19/09, +19 décès le 16/09, +77 hospi le 16/09. Image
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20 Sep
Chaque jour les données mises à disposition par SPF sur les tests de dépistage correspondent aux personnes prélevées à J-3.

Les mises à jour suivantes corrigent ces données (on n'a pas tout à J+3).

Si on regarde les tests : on avait ~90% des tests à J+3 fin août, on est à ~77% Image
Si on regarde uniquement les tests positifs : on avait ~87% des tests positifs à J+3 fin août, on est à ~73% Image
Le taux de positivité global est sous-évalué dans les données à J+3 (de 0.2 à 0.3 point en moyenne). Image
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