Apesar de trabalharmos com esse dado há muito tempo, há um bom tempo eu não coloco as hospitalizações e óbitos por SRAG-COVID juntos. Aqui eu excluí as ultimas 5 semanas, pois além do atraso de digitação usual, têm os atrasos de laboratorio e de atualização do registro no SIVEP.
Percebam que as epidemias são bem distintas no espaço, e no tempo. Sul e Centro Oeste estão bem mais a direita, enquanto Norte e Nordeste tudo aconteceu nas primeiras semanas de epidemia no Brasil. O Sudeste teve um aumento rápido, e uma queda bem lenta.
Esse dado não é de SRAG, e sim SRAG-COVID, i.e. casos de SRAG com resultado positivo para SARS-CoV-2. As hopitalizações e óbitos estão definidos por data de primeiros sintomas, o que nos permite fazer a razão de óbitos por hospitalizados.
Norte e Nordeste apresentaram uma razão muito alta em alguns períodos, as chances de uma pessoa hospitalizada por SRAG-COVID ir a óbito era praticamente as mesmas chances de tirar cara num lançamento de moeda. Surreal. Notem que a razão ainda está muito alta, em torno de 30%!
Olho com bastante preocupação o que está acontecendo na Europa hoje, em alguns meses podemos ter uma forte 2a onda de casos por aqui. Naturalmente acontecendo por aqui em momentos distintos no espaço. E a reinfecção e vacinas podem ter um papel muito relevante nessa dinâmica.
É muito importante ficarmos ligados nas curvas de SRAG do infogripe (e de outros grupos tb), pois as hospitalizações por SRAG é o q temos de de melhor monitorar de forma oportuna essa epidemia. Olhar p óbitos é ruim, pois em temros de ação estamos olhando p algo q já aconteceu.
Para atualizações semanais, sigam o @marfcg que faz fios excelentes com a situação semanal das hospitalizações por SRAG no país, que é um resumo do boletim semanal do Infogripe (info.gripe.fiocruz.br).

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24 Sep
Um caso interessante esse de Fortaleza, onde junto dados de dengue e hospitalizações por SRAG com COVID confirmada (SRAG-COVID). Segue o fio 1/n Image
A fugura mostra dados até a semana 29 para excluir problemas com atrasos de notificação tanto dengue quanto SRAG-COVID. Em vermelho tem-se a mediana e os quantis 10 e 90% de casos notificados de dengue de 2010 a 2019, para reforçar a heterogeneidade nas séries.
Para 2020, temos notificações de dengue (em verde) e SRAG-COVID (azul). Percebam que a série de dengue estava bem alta até a semana 11, quando de repente cai. Será que eu deveria pensar que a COVID-19 protege pra dengue? Nope.
Read 11 tweets
14 Jul
Dados de síndrome respiratória aguda grave (SRAG) no estado do Rio de Janeiro. Deixo aqui um parabens aos envolvidos (ironia!), estamos revertendo a tendência de queda.
Já me perguntaram o que eu achava do relaxamento do isolamento no Rio, e eu não tive dúvidas na resposta, os casos vão voltar a crescer. Não teve nenhuma cura mágica, por que iria continuar a cair se o comportamento das pessoas só mudou pra pior? Por que?
Notem q não são os casos confirmados de covid-19, são as notificações de SRAG que estão voltando a subir. Os casos de COVID-19 e depois os óbitos virão na sequência. Ao corrigir o atraso de notificação, uma mudança no padrão dos casos com pouco atraso é captada e "inflacionada"
Read 8 tweets
1 Jul
Quem assistiu algum webinar meu recente certamente viu uma figura de nowcasting para os casos de SRAG em MG usando dados de 9/6. Bem joguei os dados mais recentes por cima e acho que nosso modelo nao tá tão mal...
Webinário na UFMG: Hospitalizações por SRAG como proxy para casos graves de Covid-19 no Brasil

ABE e COVID-19 (#5): Ações e Desafios



ABE: Associação Brasielira de Estatística
Read 5 tweets
20 Jun
Nós do infogripe corrigimos o atraso da série de casos usando o nosso modelo de nowcast, mas infelizmente ele não se aplica a série de óbitos nem a série de SRAG-COVID. Vou tentar explicar o porquê:
Para calcular o atraso precisamos das datas de digitação do caso de primeiros sintomas (é a data que usamos, se alguém quiser monitorar sei lá internação, eu recomendaria o uso da data de internação). Essas datas estão disponíveis no SIVEP-Gripe. Porém...
Para corrigir o atraso para as séries de óbitos e os casos com confirmação laboratorial (SRAG-COVID, SRAG-Flu, SRAG Outros vírus) precisaríamos a data da digitação do óbito (ou resultado do teste), que é diferente da data do óbito (ou resultado do teste).
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25 May
Óbitos e casos por SRAG em MG sem filtros de sintomas segundo data de primeiros sintomas (o que explica o atraso no final das séries).
Linhas: 2020 e 2019
Colunas: Óbitos e Casos

Fonte: Dados do SIVEP-Gripe e figuras direto do site do infogripe
As cores no fundo das figuras mostram os limiares epidemicos construídos com o histórico de 10 anos das séries, ou seja desde 2009. Claramente vemos que esse ano estamos muito acima do esperado.
As estimativas de correção de atraso de digitação não conseguem corrigir as séries de óbitos pois não sabemos quando a evolução para o óbito entraram no sistema. O que estimamos nas figuras de obito é o atraso de digitação do caso entre pacientes que vieram óbito.
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18 May
Thread sobre a modelagem do atraso de notificação.

O atraso de notificação é um problema comum de quem trabalha com sistemas de alerta de epidemias. O atraso é definido pelo tempo entre a data da notificação (ou de primeiros sintomas) e a data que o dado entra no sistema.
Não confundir atraso de notificação com subnotificação. No atraso o caso ocorreu, foi reportado mas ainda não está nas bases de dados. Na subnotificação o caso ocorreu mas não e nem vai ser reportado.
O atraso de notificação, também chamado de perda de oportunidade, acontece por vários motivos. Problemas de logística, infra estrutura, etc. Por enquanto, estamos só falando do atraso na entrada do dado no sistema. Isos se aplica para qualquer doença de notificação obrigatória.
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