1/ Les données sur les tests antigéniques n'étant pas encore disponibles sur Géodes et en open data, je regarde régulièrement les données sur ce site : iqvia.opendatasoft.com/pages/antigeni…

J'en ai déjà parlé ici 👇

2/ Cette semaine, j'ai été étonné par l'augmentation très importante des données des actes de prélèvement pratiqués en officine.

Le site revendique 9 133 412 actes depuis octobre.
3/ Cela correspond à ça dans les données :

FORFAIT COVID AVEC PRÉLÈV -
Les actes avec prélèv (le pharmacien procède au prélèv et l’analyse lui-même)

FORFAIT COVID SANS PRÉLÈV -
Les actes sans prélèv (un autre pro. de santé fait le prélèv mais l’analyse est faite en officine)
4/ Si on regarde en détail, la très grosse majorité se retrouve dans les données de lundi 30/11 et mardi 01/12
5/ La distribution pour ces deux jours en fonction des régions (analyses avec et sans prélèvement) :
6/ Je ne sais pas à quoi correspond cette remontée massive d'actes COVID en pharmacie.

Erreurs dans les données ? Remontés tardives de tests réalisés ces dernières semaines ? Anticipations pour la campagne massive de tests discutées ces derniers jours ?
7/ 58 650 cas positifs par TAG ont pour l'instant été indiqués par SPF dans les bulletins quotidiens via ContactCovid, ce qui parait étonnant pour 9 133 412 de prélèvements rien qu'en pharmacie (si ce chiffre n'est pas une erreur)
8/ Je suis preneur d’infos si quelqu'un sait quelque chose 🤷‍♂️
9/ update : j'ai contacté @IQVIA_France (qui produit ces données) à propos de ces volumes étonnants, je viens d'avoir un retour, il s'agit d'un problème dans les données, la source a été identifiée et un correctif devrait être publié aujourd'hui.
10/ update 2 : le correctif semble avoir été publié, le site indique actuellement 560 922 actes depuis octobre

iqvia.opendatasoft.com/pages/antigeni…

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13 Nov
1/ J'ai essayé de trouver des données sur la grippe pour comparer la pression hospitalière avec le covid (la comparaison revient souvent dans les commentaires) 👇
2/ La même chose pour les décès à l’hôpital 👇
3/ Sources pour les données sur la grippe :

Données 2012-2017
santepubliquefrance.fr/content/downlo…

Données 2017/2018
beh.santepubliquefrance.fr/beh/2019/28/pd…
Read 6 tweets
12 Nov
1/ Des infos sur les tests antigéniques dans le point épidémiologique du 12/11 de SPF (page 45) :

"Il convient de rester prudent dans l’interprétation des indicateurs liés aux tests RT-PCR du fait de la mise à disposition depuis 3 semaines des tests antigéniques."
2/ "Les tests antigéniques peuvent avoir entrainé une diminution du recours aux tests RT-PCR et par conséquent sous-estimé le taux d’incidence."
3/ "Cependant, d’après les données dispo sur les volumes de tests antigéniques réalisés, il semble que leur exclusion ne remette pas en cause la diminution d’incidence observée. Les tests anti-g seront inclus prochainement dans les indicateurs basés sur les données SI-DEP."
Read 6 tweets
12 Nov
1/ À l'heure de possibles annonces, j'ai mis à jour les estimations des probabilités qu'au moins une personne soit infectée par le covid-19 étant donné un groupe de 10/25/50 et 100 personnes de la même classe d'âges dans un département 👇
2/ Ici avec une estimation où l'on aurait 3 fois plus de cas positifs que ce qui est identifié par les tests 👇
3/ À noter un article publié dans la revue "Nature Human Behaviour" qui utilise la même approche

nature.com/articles/s4156…
Read 5 tweets
31 Oct
1/ On retrouve certains de mes graphiques dans la dernière note du conseil scientifique du 26/10

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/note_c…
2/ Je rappelle que tous mes graphiques sont sous licence Creative Commons, vous pouvez donc les copier, distribuer et communiquer par tous moyens et sous tous formats, les remixer, transformer, etc.

La condition est de citer l'auteur (rappelé en bas à gauche des graphiques)
3/ Le conseil scientifique ne me "pique" pas mes graphiques, il exerce son droit à les réutiliser.

J'ai également déjà échangé avec certains membres du conseil à propos de mes graphiques et leur utilisation.
Read 8 tweets
23 Oct
Premier essai rapide d'utilisation des nouvelles données Santé Publique France à maille géographique plus fine.

Évolution de l’incidence en France du 27/09 au 19/10
Et les instantanés du 27/09 et du 19/10
Métropole du Grand Paris du 27/09 et du 19/10
Read 4 tweets
19 Oct
1/ Évolution des taux d'occupation des lits en réanimation par des patients covid-19 dans les régions de France métropolitaine du 16/08 au 16/10
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3/ source des données : data.gouv.fr/fr/datasets/in…
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