Mielenkiintoisia koronaskenaarioita VM:ltä. TL;DR: Nopeisiin, päättäväisiin toimiin kannustetaan 👍, mutta tukahdutus on jätetty arvioinnista pois, ja epidemian jojoilu näyttäytyy siten ideaalina 🤦♀️. Ketju 👇 vm.fi/-/10616/hallit…
On hienoa, että on mallinnettu sekä taloudellisia, terveydellisiä että sosiaalisia vaikutuksia. Epidemian laaja leviäminen (skenaariot 2 ~Ruotsi?, 3 ~Belgia?) näyttäytyy huonoina vaihtoehtoina. Monia hyviä pointteja nostettu esiin - monet jo @eroonkoronasta muistioissa 😉 2/6
Tähän tarkasteluun valituista tiukin on skenaario 1: "riittävillä" ja toistuvilla rajoituksilla pidetään tehohoidon tarve alle 50. Tällaista jojoilua me olemme aiemmin kutsuneet on/off-malliksi. Tässä ei tehdä poliittisia valintoja, mutta tämä näyttäytyy Suomen ideaalitienä. 3/6
Jojoiluskenaario #1 kuulostaa siltä, että (kiistanalaisen) laintulkinnan takia rajoituksia täytyy jumpata päälle ja pois, ja terveydenhuollon kuormitus kasvaa nykyisestä x2. 😬 Maltillisia, pitkäjänteisiä toimia epidemian tukahduttamiseksi ei otettu tarkasteluun. 4/6
Tukahdutus kuvataan ääripäänä, joka vaatisi pitkiä ja raskaita rajoituksia. Se on kuitenkin onnistunut hyvin esim. E-Koreassa, Thaimaassa, Senegalissa, Uruguayssa, Japanissa, Australiassa. Jos todellisuus ja malli riitelevät, kumpi voittaa? Rapsan mukaan kai malli 🤯 5/6
Rapsa herättää useita kysymyksiä. Onko tämän pohjalla influenssamalli vai koronan klusterimainen leviäminen? Miksi tukahdutusmallia ei tarkastella kunnolla? Aiotaanko ~kaikki rajoitukset purkaa kun perustasolle on toivottavasti taas päästy? Kenen hermot kestää jojoilun? 6/6
Lisäksi: Onko terveydenhuoltohenkilöstöltä kysytty, miten kapasiteetti ja jaksaminen riittää x2 nykyisen potilasmäärän hoitamiseen? Tämä kun on tarkastelluista parhaan skenaarion lopputulema.
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
Koronan esiintyvyys on nyt Helsingissä suunnilleen sama kuin New Yorkissa ja kasvaa nopeammin. Mutta homma saataisiin siellä helposti haltuun, jos jaksaisitte edes muutaman viikon elää kuten me täällä elämme vuoden päivät. Ketju newyorkilaisten arjesta:
Aluksi: Kaupungit ovat monin tavoin hyvin erilaisia, enkä tietenkään kannata New Yorkin toimien omaksumista Helsinkiin sellaisenaan. Muista maista ja kaupungeista voi kuitenkin saada perspektiiviä omaan menoon:
Työt: Etätöitä tekevät suunnilleen kaikki siihen kykenevät maaliskuusta ainakin ensi kesään. Työpaikoilla on oireseulontaa ja maskipakko paitsi jos on oma työhuone. Kokouksia ei pidetä kasvotusten. Itse olen maaliskuun jälkeen tavannut osaa tiimistäni livenä pari kertaa puistossa
Happy to share our new preprint, led by @silvakasela & UCSF's Stephanie Christenson! We analyzed genetic and non-genetic factors affecting the expression of COVID-19 relevant genes in the large airway epithelium, leveraging respiratory disease cohorts.🧵: medrxiv.org/content/10.110…
Back in March, we realized with lung disease collaborators that we have very relevant data on our hands: bronchial epithelium RNA-seq from lots of pre-COVID samples from 3 cohorts. Could this inform how COVID-19 risk factors affect molecular and cellular processes of infection?
We discovered that expression of ACE2 increases with obesity & hypertension - known COVID risk factors - in addition to previously known smoking. Reassuringly, we confirm that ACE2 increase with inflammation is driven by a truncated, non-binding isoform, as recently reported.
Vahva lukusuositus - selkeytti omaakin ajattelua: Miksi korona leviää eri tavalla kuin influenssa, miten supertartuttajat luovat sattumalle ison roolin, ja kuinka suuri käytännön merkitys on supertartuntojen ehkäisyllä ja jäljityksellä. Lyhyt ketju: theatlantic.com/health/archive…
Koronan saaneista n. 70% ei tartuta ketään toista! Suurin osa tartunnoista tulee harvoilta supertartuttajilta: virusta ehkä erittyy enemmän, ja tarvitaan myös paljon kontakteja. R-luku on keskiarvo joka ei kuvaa tätä viruksen käyttäytymistä. Influenssa leviää tasaisemmin.
Supertartunnat ovat kaksiteräinen miekka: epidemia voi leimahtaa nopeasti jos paha supertartustilanne sattuu kohdalle. Onnella on merkitystä. Toisaalta onni suosii sitä, joka valppaasti vähentää supertartutustilanteiden todennäköisyyttä ja kokoa, ja jäljittää ne tehokkaasti.
Cell type composition is really a key factor for expression variation across tissues. We show that cell type interaction QTLs resolve multiple eQTLs for the same gene, and the improved resolution adds many new GWAS colocalizations.
Very happy and proud to present: The GTEx papers. This set of 15 papers published today describes the final phase of this 10-year effort, providing the genomics community an atlas of genetic regulatory variants and a deep dive into the biology behind it. sciencemag.org/collections/ge…
In the main paper, co-led with @francoisaguet and @KArdlie, we introduce the data set of eQTLs and sQTLs in cis and trans from >15K samples from 49 tissues, analyze functional mechanisms, tissue- and cell-type specificity, GWAS interpretation, and more. science.sciencemag.org/content/369/65…
GTEx data resources including visualizations is available in @GTExPortal, dbGap/ANVIL, UCSC & elsewhere. We also put quite a bit of effort into making the main paper supplement readable & useful. It is LONG though - a TON of work went into this paper!
Hallitus lupasi kansalaisille ottaa kevään virheistä opiksi. On anteeksiantamatonta saamattomuutta, että elokuussa on lait ja käytännöt levällään. Mutta kun on tilanne päällä, niin keskitytään HS-jutun kuvaamien akuuttien ongelmien ratkaisuun. Tässä muutama ilmainen neuvo:
Epidemia ei odota, se kasvaa eksponentiaalisesti ja jokainen päivä on kallis. Kun tulee uusia ohjeita (vihdoin) tulee, sovitaanko @THLorg, että niiden täytäntöönpanossa ja jakelussa ei jatkossa odoteta 10 päivää, kuten elokuun karanteeniohjeiden kanssa?