Thread by @TimotheeJamin

Louis Fouché et @EChabriere disent que le tx de létalité (nb décès/nb cas) du #COVID19 à l'IHU de Marseille est au moins 4 ou 5 fois inférieur au reste de la France, concluant à une meilleure prise en charge.
Les données de l'IHU ne montrent pas cela
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https://twitter.com/EChabriere/status/1346465972903821313

En novembre et jusqu'à début décembre, l'IHU a publié des données un peu détaillées sur les patients se présentant à l'institut, semblant montrer un suivi des patients testés positifs à l'IHU. On peut les retrouver dans les fichiers images de leur site : mediterranee-infection.com/wp-content/upl…

Le décompte des décès par l'IHU s'arrêtant le 3 décembre, nous allons utiliser les premiers fichiers incluant ces données, qui décomptent les cas COVID jusqu'au 10 décembre (le tx de létalité de l'IHU sera légèrement sous-estimé)
mediterranee-infection.com/wp-content/upl…
mediterranee-infection.com/wp-content/upl…

Les données sont découpées en 3 périodes, ce qui va permettre de nous intéresser au deuxième "acte" seulement (du 15 juin au 10 décembre) car nous savons que le nombre de cas était largement sous-estimé en France lors de la première vague par manque de tests

Si nous nous intéressons à tous les testés positifs à l'IHU (y compris les cas graves nécessitant de la réa, absente à l'IHU), on trouve un taux de létalité sur cette période de (17+118)/(2049+9341)=1,19%, soit plus que les 0,5% mentionnés par @EChabriere

Le chiffre de 0,5% exclut probablement en partie les cas graves, transférés ailleurs, ou correspond peut-être aux patients prenant HCQ+AZ pendant plus de 3 jours (bas de la figure), qui comporte alors un biais de sélection et un biais d'immortalité

https://twitter.com/MathieuMolimard/status/1329476408154984448

Pour la France, le chiffre de 2,4% est trompeur car il inclut la 1ère vague, pendant laquelle le nb de cas était largement sous-estimé par manque de tests, surestimant de fait le tx de létalité. Nous pouvons regarder les chiffres sur la même période que l'IHU

Du 15/06 au 10/12, on compte 2 180 746 cas confirmés et 27 533 décès en France, soit un tx de létalité de 1,26 %, comparable au 1,19 % de l'IHU. Le chiffre français inclus par ailleurs les EHPAD, ce qui n'est pas le cas de l'IHU
Source : dashboard.covid19.data.gouv.fr/vue-d-ensemble…

En retirant les données pour les EHPAD et EMS, on a 20 304 décès pour 2 091 517 cas, soit un tx de létalité de 0,97 % en France.

Bilan : taux de létalité (nb de décès/nb de cas) de patients testés positifs
- à l'IHU (hospitalisation + réa) : 1,19 %
- en France (hospit. + réa) : 0,97 % (+ EHPAD et EMS : 1,26%)

Sans connaître le profil des patients (âge, comorbidités, gravité...), nous ne pouvons tirer de conclusions des différences observées. Mais nous constatons que le tx de létalité en France n'est pas 4 ou 5 fois supérieur à celui de l'IHU lorsqu'on considère l'ensemble des patients

Second point : le tx de létalité en France est-il sous-estimé "à cause du nb de faux positifs avec les PCR trop sensibles avec trop de cycles" comme le dit @EChabriere ? Pour évaluer cette affirmation, nous allons nous intéresser au tx de positivité (nb de positifs/nb de testés)

Dans les Bouches-du-Rhône, le taux de positivité était autour de 14% lors du pic de la deuxième vague (fin octobre / début novembre), cf ligne rose, et autour de 15% en France (cf ligne bleue)
geodes.santepubliquefrance.fr/#bbox=256081,5…

Nous n'avons pas les données précises pour Marseille mais d'après la carte, les valeurs sont similaires, avec la majorité des arrondissements ayant un tx de positivité entre 10 et 15% et les autres entre 15 et 20% au moment du pic
geodes.santepubliquefrance.fr/#bbox=436871,5…

S'il y a des faux positifs, ce tx de positivité est surestimé. Par exemple, le taux de positivité réel serait de 7% au lieu de 14% s'il y avait 50% de faux positifs. Nous pouvons alors comparer au taux de positivité obtenu à l'IHU

Le pic de la deuxième vague correspond également à un tx de positivité de 15% à l'IHU, visible sur la courbe rouge en bas à droite, obtenue en divisant le nb de positifs (fig. en bas à gauche) par le nb de testés (fig. en haut à droite)
mediterranee-infection.com/wp-content/upl…

On pourrait rétorquer que les patients se présentant à l'IHU ont peut-être tendance à être plus malade qu'ailleurs, augmentant ainsi le tx de positivité artificiellement

Pour éviter ce biais, nous allons regarder uniquement les résultats des tests que les laboratoires de ville (a priori représentatifs des autres labos) envoient à l'IHU pour analyse (donc PCR avec le même nombre de cycle, pas de biais possible du nb de cycles PCR)

Le nb de tests et de cas positifs quotidiens dans les labos de ville analysés par l'IHU correspond aux figures du bas. J'ai mis une ligne rose pour estimer les valeurs lors de la 2ème vague. On a environ 30 cas/jour pour 200 testés, soit encore une fois un tx de positivité de 15%

Le tx de positivité des tests est donc comparable (15%) à Marseille, dans les BdR, ou en France, mais aussi pour les patients de l'IHU ou les tests des laboratoires de ville analysés par l'IHU. La proportion de faux positifs n'est donc a priori pas plus grande ailleurs qu'à l'IHU

Il n'est donc pas démontré que le taux de létalité en France est sous-estimé à cause de faux positifs ni qu'il est largement supérieur à celui de patients dépistés à l'IHU. J'invite @EChabriere ou autres membres de l'IHU à me faire part de chiffres pour compléter mon analyse

cc @IHU_Marseille @Infirmier0 @Tipuncho @les_vaxxeuses @Samuel_Mondy @QuackFighter @wladtepes @sychazot @MathieuMolimard @EricBillyFR @docprimum @Sonic_urticant

Addendum : je remarque que l'IHU vient de republier aujourd'hui pour la première fois depuis le 16 décembre le même type de diagramme que dans ce thread sur leur page dédiée : mediterranee-infection.com/covid-19/

Attention : la jauge des décès pour la dernière période est tjs bloquée à 118 décès, ce qui correspond aux chiffres du 3/12, comme visible sur la courbe verte ici.
Les % indiqués (nb décès/nb cas) dans le diagramme sont donc trompeurs car n'incluent pas les décès depuis