Thread by @minesoh

はい、ごくごく簡単に（実は正確に説明すると大変な部分が多いので）説明いたします👶
ウイルスにおける「種」や「株」などの用語。

https://twitter.com/donotforgetgaku/status/1347919828510679044

生物学的には、「種」（species）というのは様々な定義の仕方（交配して増えられる物など）がありますが、生物分類上の基本単位になります👶（Wiki を参考に）
例えばヒトは、ヒト科ヒト亜科ヒト属ホモ・サピエンス種であり一種です。

ja.wikipedia.org/wiki/%E7%A8%AE…

ただ、この「生物学の種」をウイルスにそのまま当てはめるのではなく、ウイルスについてはちょっと特別に分類がなされています👶（Wiki を参考に）
ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A6…

で、ウイルスの分類は ICTV という委員会組織が行っているんですね👶
talk.ictvonline.org/taxonomy/

そういう簡単な背景があることを前提に、ウイルスまわりの言葉を見てみます👶「種(species; -virus)」といった時には、SARS-CoV-2 などの一つのまとまりとしての単位を指しています。

今回の新型コロナウイルスは SARS-CoV-2 という「種」で、 ICTV が名付けているんですね👶
talk.ictvonline.org/information/w/…

名付けたときの論文はこちらね👶
Nature Microbiology volume 5, pages536–544(2020)
nature.com/articles/s4156…

つまり、ウイルスの分類の単位は「種」であって、たとえば別のコロナウイルスである SARS-CoV、MERS-CoV などもそれぞれ「種」なわけです👶

さて、ではそれ以外の言葉はどうかというと「株(strain)」については、「種」の中にあって、遺伝情報的には「種」の代表例とは異なるところがあるんだけど、「種」が変わるほど大きな変化はないものに名付けられるんですね👶（Wiki を参考に）

en.wikipedia.org/wiki/Strain_(b…

それ以外にも用語はあって「variant（変異体などと訳す）」というのも遺伝情報的に変異はあるんだけど、「種」が変わるほどではないもの、を分ける際に用いる言葉なんですね👶

en.wikipedia.org/wiki/Variant_(…

さてその他にも、同じような遺伝情報変異があるけど、また変異が蓄積していく際に、同じ変異体を祖先にするものをまとめて言いたいことがあるわけです👶
祖先が同じ。この図でいうと、青、緑、赤のグループをまとめて呼びたい場合ね。
en.wikipedia.org/wiki/Clade

こういった同一の祖先をもつ同一系統に所属するものをまとめて「Clade（同源系統群などと訳す）」と言います👶すこし柔らかい表現だと 「lineage」と言ったりもします。en.wikipedia.org/wiki/Lineage_(…

さてごちゃごちゃしてきましたのでちょっと一息👶
ウイルスを分類する際の単位が「種（Species）」。
「種」の中で変異が起こると「株 (Strain)」。変異したウイルスそのものを指すのは「変異体（variant）」。変異したものなど同祖先のグループを指すのが「Clade（同源系統群）」や「Lineage」。

さて、もう一歩踏み込みます👶「株 (strain)」というのはこれも定義が様々なのですが、「A virus "strain" is an isolate with a different biological property…」、つまり「株（strain）」として分けるには生物学的（ウイルス学的）に異なる性質をもつこと、目安です。

virology.ws/2020/05/07/the…

今回の SARS-CoV-2 でいえば、ACE2というタンパク質にくっつく性質があるのですがそれががらっと変わって他のタンパク質にくっつくようになるとか、飛沫感染ではなく空気感染を主に起こすようになるとか、そういうガラッとした変化があれば「株（strain）」が変わった、と言うのだよ、ということです👶

という風に分け方をざっとみましたが、さて、実際に適用してみましょう👶新型コロナウイルスは「種」まで書くとこうなります
Riboviria＞Nidovirales ＞Cornidovirineae＞ Orthocoronaviridae＞Betacoronavirus＞Sarbecovirus＞ Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)

さて、日本語の問題👶「変異種」は実は定義が曖昧ですが、「突然変異が蓄積して新たに生じた種」と言える場合が多いでしょう。そうすると、生物学的に差がある「株」より大きく、明らかに違う分類のモノとなります。SARS-CoV と SARS-CoV-2 とかのように違うと。

そうすると、今回の新型コロナウイルス SARS-CoV-2 の変異に関しては、「種」まで変わってはいない👶生物学的に大きく変わっているとまでも言えず（おそらく）なので、「株」が変わっているとも言い難い。

なので当然「変異種」ではなく「変異株」でもないでしょう👶となるとこれは 「variant」 レベルの話なので「変異体」と呼ぶべきものを見ている。しかしさらに変異も入っているので、一郡の変異体を祖先とするウイルスを見ているので「clade、lineage」を指してものを言いたいととらえるのがよさそう。

なので、今回の変異で生じたウイルスをうまく呼ぶには…👶英語なら「variant、clade、lineage」のいずれかを使い、日本語なら「変異体、変異同源系統群」などになりますが、よくわからなくなるので、ばぶは個人的には「変異ウイルス」といって濁しています。

この辺の分類用語（taxonomy）は定義が結構統一されていなかったり、混乱していたりするので、どういうことを言っているのか、それを確認しながら言葉を使うことが大事ですね👶