Point sur les variants

Description de la propagation du variant 🇬🇧B.1.1.7
A : Nb de pays signalant le variant
C : Nombre de séquences (log10) par pays du variant
D : Nombre de voyageurs aériens venant de Londres
E : Vols internationaux. Couleurs = date de détection du variant
Au 7 janvier 2021, 45 pays avaient signalé la présence de B.1.1.7 (VOC 202012/01) 🇬🇧

et 13 pays avaient signalé B.1.351/501Y.V2 🇿🇦

Sur ces 45 pays seulement 6 : le Danemark, UK, Islande, Pays-Bas, Australie, Suède font de la surveillance génomique de routine en temps réel !
Le nouveau variant du Brésil 🇧🇷

Le Japon a signalé la présence d’un nouveau variant B.1.1.28 chez quatre voyageurs arrivés au Japon en provenance de l’État d’Amazonas (Brésil) le 2 janvier 2021 qui abrite 10 mutations sur la protéine Spike !

niid.go.jp/niid/en/2019-n…
Prépublication des analyses génomiques préliminaires de la lignée B.1.1.28 du Brésil qui acquis ces mutations K417N/E484K/N501Y (en violet échantillonné au Japon)

En bleu : cluster avec mutation E484K

N501Y est commune aux variants 🇬🇧🇿🇦
La branche violette menant aux séquences B.1.1.28 des voyageurs japonais, a accumulé un nombre anormal élevé de changements génétiques,en plus de ceux de la protéine Spike, qui ressemblent à la tendance observée dans les lignées B.1.1.7 et B.1.351 du UK et de l’Afrique du Sud
Le taux de mutation rapide détecté dans le variant B.1.1.28 (K417N/E484K/N501Y) est un phénomène récent qui a probablement eu lieu entre décembre 2020 et janvier 2021. A Manaus dans l'Etat d'Amazonas, 42 % (13 sur 31) d’échantillons du 15-23 décembre contenaient ces 3 mutations
Pour tous ces variants : on ne sait pas si ces mutations jouent un rôle sur la sévérité de la maladie ni par rapport aux vaccins

Sources :
virological.org/t/tracking-the…

virological.org/t/phylogenetic…
virological.org/t/genomic-char…
J'oubliais

La mutation N501Y serait d'ailleurs arrivée depuis un moment : dès août 2021 en Italie
thelancet.com/action/showPdf…

Ce préprint montre la proba d'introduction (A) et la prévalence (B) de la mutation N501Y venant du Royaume-Uni dans certains pays
medrxiv.org/content/10.110…

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14 Jan
Point sur l'immunité/#COVIDー19

L'étude SIREN 🇬🇧 sur 20 000 professionnels de santé positifs pour les anticorps au SRAS-CoV-2 a conclus que l'infection confère une protection de 83% par rapport aux ré-infections

La protection durerait au moins 5 mois (l'étude va continuer) Image
44 réinfections identifiées entre le 18/06 et 24/11 dans le groupe de 6000 personnes déjà infectées une 1ère fois

Bcp de ré-infections sont asymptomatiques

22% de personnes sans 1ère infection étaient asymptomatiques comparées à 66% de personnes avec une infection précédente
La densité d’incidence de l’infection symptomatique dans le groupe précédemment infecté était 1.1 et 13.3 dans le groupe précédemment non infecté par 100.000 jours-personnes, soit environ 8% de personnes susceptibles d’avoir une ré-infection symptomatique
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12 Jan
"Les pays européens qui ont mis en œuvre des politiques d’atténuation plus strictes plus tôt dans leur riposte à l’épidémie ont eu tendance à signaler moins de décès covid-19 jusqu’à la fin de juin 2020"

cdc.gov/mmwr/volumes/7… Image
La mise en œuvre plus précoce de politiques d’atténuation rigoureuses, même de quelques semaines seulement, semble importante pour prévenir la transmission généralisée du COVID-19 et réduire le nombre de décès
Sur le graphe : X= Indice de rigueur d'Oxford basé sur plusieurs politiques d'atténuation 1) annulation d’événements publics, 2) fermetures d’écoles, 3) restrictions de rassemblement, 4) fermetures de lieux de travail, 5) fermetures de frontières
Read 8 tweets
12 Jan
🔴BREAKING: #Moderna vaccine

▪️ Moderna told at JPM Healthcare conference: "From what we’ve seen so far, I think our expectation is that vaccination should last AT LEAST a year"

▪️ Moderna annonce que l'immunité vaccinale devrait durer au moins 1 an
Graphic: Evolution of SARS-CoV-2 antibody binding and neutralization responses after vaccination

"You'll need a booster shot"
Une dose booster de rappel sera peut-être nécessaire, ils vont donner ce booster à certains participants
2⃣How concerning is it that the virus could mutate to a point where the vaccine could potentially be less or even ineffective?

➡️"the variants being described do not alter the ability of neutralizing antibodies elicited by vaccination to neutralize the virus"
Read 7 tweets
11 Jan
L'ECDC actualise ses données

Ce n'est pas qu'une corrélation... Une baisse de la couverture vaccinale pour la rougeole entraîne des résurgences. Il faut >95% pour éradiquer la rougeole

A ⬅️ le nombre de cas de Rougeole en Novembre 2019
A ➡️ la couverture vaccinale du vaccin
Même en 1964 il y avait déjà des essais randomisés contrôlés sur les vaccins

Ex avec 36 000 enfants randomisés entre le vaccin à virus entier/inactivé ou pas de vaccination, ces vaccins ont permis une réduction de 85% de l'incidence de la rougeole

bmj.com/content/bmj/1/…
Incidence des convulsions chez les enfants suite à l'intervention :
Vaccin vivant entier : 1,9 pour 1000
Vaccin inactivé+ vivant : 0,7 pour 1000
Contrôle : 0,3 pour 1000

Ces convulsions étaient associées avec des antécédents familiaux : ça me rappelle nos histoires d'anaphylaxie
Read 5 tweets
9 Jan
Mise à jour de la comparaison des vaccins (ajout de celui d'#AstraZeneca-Oxford) + correction sur la conservation du vaccin de Pfizer

Plus d'infos en vidéo : youtube.com/channel/UC5HUj…

Ou par article écrit : quoidansmonassiette.fr/vaccins-et-cov… Image
Point important, il est possible d'obtenir une 6è dose extra pour le vaccin de Pfizer avec les bonnes seringues, explication par l'agence européenne EMA ici : ema.europa.eu/en/news/extra-…
Pour la conservation du vaccin de Pfizer (flacon non ouvert) :
❄️❄️Jusqu'à 6 mois entre -90°C et -60°C
❄️ 5j entre 2° et 8°C
2 heures à T° ambiante

Après ouverture et dilution : utilisation dans les 6h entre 2-30°C. C'est détaillé ici ⤵️

ema.europa.eu/en/documents/o…
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8 Jan
BREAKING
🆕 Le vaccin de Pfizer était efficace contre la mutation N501Y (du variant anglais 🇬🇧 et Sud Africain 🇿🇦) chez 20 volontaires

Le test PRNT montre qu'il n'y a pas de réduction de l'efficacité du vaccin pour la substitution 501Y

Explications⤵️
quoidansmonassiette.fr/vaccins-et-cov…
La mutation N501Y correspond à une substitution de l'acide aminé asparagine Asn501 (N) par une tyrosine Tyr501 (Y) à la 501è position des acides aminés de la protéine Spike

Des chercheurs ont créé un variant avec la mutation N501Y (substitution surlignée en jaune sur le schéma)
Ils ont pris le sérum contenant des anticorps de 20 individus vaccinés (il y a 2-4 semaines) et ils ont mis ces anticorps sur une suspension virale pour voir si ceux-ci arrivent à neutraliser le mutant 501Y. C’est un test de séroneutralisation par réduction des plages de lyse
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