1/ Here are the growth curves of the #B117 UK variant as the ratio between the B.1.1.7 versus other strains, for different regions (two UK regions; Denmark, Netherlands, Portugal). The the relative growth per day is indicated: [0.100] means 10% per day.
2/ Note the logarithmic scale: exponential growth = straight line. Although recent UK data indicates that the growth decreased to ~0.03 /day in Dec [medrxiv.org/content/10.110…], the growth rate in DK, NL, and PT is all ~0.08/day. Zoomed graph:
3/ Depending on the assumed generation interval, that means that B117 has an R value between 1.4 (4 days) and 1.6 (6 days) higher than the old strain. In the Netherlands, the authorities assume a very optimistic factor 1.3 (per 4 days).
Update: here is more UK data by regions (based on population sampling and PCR-data (SGTF), not genomic analysis).

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Han-Kwang Nienhuys

Han-Kwang Nienhuys Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @hk_nien

20 Jan
1/ Prognose infectiecijfers met avondklok. Aanname: -10% op R. Model gebaseerd op de waargenomen exponentiële groei van de verhouding van varianten UK/overig en de waargenomen trend in positieve testcijfers. Logaritmische y-as: rechte lijn = exponentiële groei. #B117 Image
2/ N.B. Vaccinaties niet meegeteld. De avondklok helpt, maar is niet genoeg. Let wel: exponentiële processen zijn erg gevoelig voor de modelparameters. De groei van B117 t.o.v. overig is zeer vergelijkbaar tussen NL, UK en DK met verdubbelingstijd 6-9 dagen.
3/ In NL is de verdubbelingstijd van de B117/overig-verhouding 6 dagen. RIVM lijkt te rekenen met een verdubbelingstijd van 11 dagen, d.w.z. een R die 30% hoger is (t.o.v. 60% hoger op basis van de data).
Read 13 tweets
3 Jan
Waarom zijn wasbare mondkapjes uit de winkel zo beroerd? Ik maak ze zelf. Goede afsluiting (zelden beslagen brillenglazen), goede filterwerking en comfortabel door de lage ademweerstand. Het filtermedium ligt in je keukenkastje: gele viscosedoekjes. 1/5
Die uit de winkel: zelden met metalen neusdraad; ofwel doorzichtig, ofwel zo dicht dat de ademlucht grotendeels via de kieren stroomt. Hoe weet ik dat die van mij goed werken? Als mijn partner wierook brandt, ruik ik die bijna niet met zo'n kapje op. En met een proefje: 2/5
Rook van wierook en sigaretten bestaat grotendeels uit aerosoldeeltjes van circa 0.3 μm diameter, precies de maat waarvoor HEPA en FFP2 getest worden. De technische details: docs.google.com/document/d/1X9…. 3/5
Read 5 tweets
3 Jan
De NL cijfers voor positieve tests zijn interessanter als aantallen per eerste ziektedag in plaats van aantallen gerapporteerd. Dit is echter lastig uit de anonimiseerde data te destilleren. Er is toch wat over te zeggen: @jannoTR @YorickB @mzelst 1/4
Die vertraging is in recente weken ongeveer 4.5 dag. Ik snap niet helemaal waarom het zo lang is (afspraak maken + testen + uitslag = 2-3 dagen?), ook gezien de incubatietijd (5 dagen) en de 7 dg vertraging tussen reproductiegetal en dagcijfers. Suggesties welkom. 2/4
Methode: bepaal de verschuiving tussen de 1e ZD curve en positievetestcurve door naar de cumulatieven te kijken. De laatste 2 wk van de 1ZD-curve zijn geschat. Niet alle casussen hebben een 1ZD-datum; in die gevallen veronderstel ik die 2-3 dagen in het verleden. 3/4
Read 4 tweets
1 Jan
Imperial College just released a report on the UK coronavirus variant of concern. The growth rates measured over November are significantly different from an earlier report. The good news is that the growth-rate estimate was lowered. @erikmvolz 1/3 Image
The increase in Rt would be a factor 2.0 versus a factor 1.6 (based on 6.5 days generation interval). But what changed? In both cases, it is based on genomic sequencing. Anyone knows? 2/3
Read 5 tweets
2 Nov 20
Morgen (dinsdag) komt de wekelijkse update van het reproductiegetal Rt. Bij de vorige zes was de voorlopige Rt gemiddeld 0.2 punten te laag ingeschat. 1/4
Op basis van de dagelijkse infectiecijfers (data t/m maandag) zaten we op 16 oktober op Rt=1.05±0.05, wat zou betekenen dat RIVM er vorige week niet te ver naast zat. Op 20 oktober zaten we op Rt=0.95±0.05. (Source code: github.com/han-kwang/covi…) 2/4
Aangezien met de maatregelen vanaf 14 oktober de Rt niet ruim onder de 1 is gezakt, is een verdere aanscherping inderdaad nodig.
Tot er een vaccin is, moet elke periode met Rt>1 (vrijheid, blijheid) worden gecompenseerd met een periode met Rt<1 (strenge maatregelen). 3/4
Read 4 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!