Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 16 au 22 février).

La France était à 190 jeudi dernier (192 après consolidation), aujourd'hui elle est à 214.
Vue relative, pour distinguer le catastrophique du très mauvais.
Le taux d'incidence par classe d'âge.

germain-forestier.info/covid/
Le taux d'incidence par région.

Seule l'Occitanie a un peu diminué depuis la semaine dernière, 5 régions en légère hausse, 7 en augmentation plus franche.
Peut-être un début de baisse après le plateau extrêmement élevé des cas détectés à Mayotte. La positivité a diminué de 30 à 25%, le pic des admissions à l'hôpital est passé.
On dirait que ça redémarre en Guadeloupe, qui a franchi le seuil d'alerte.
Troisième oscillation de l'épidémie depuis juin 2020 à La Réunion, qui vient de dépasser les 100 d'incidence pour la première fois.

Au 20 février, R tests à 1,3 et R hosp à 1,2.
Sur le point hebdo SPF (S7).

Au 20 février, le R remontait sur les 3 données utilisées, entre 0,9 et 1.

santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
Hausse de l'incidence et de la positivité. Sur les derniers jours, l'augmentation est de +15 à 20% par rapport à la valeur à J-7.
Les indicateurs hospitaliers.

La désynchronisation entre admissions à l'hôpital et en réanimation s'est poursuivie. Plateau des hospitalisations, hausse des entrées en réa et diminution des décès.
Les hospitalisations par région.

HDF et IDF à la hausse.
Ces deux dernières semaines, entre le 11 et le 25 février, on a recensé 4794 décès (hôpital + Ehpad), soit en moyenne 342 par jour. En diminution.
Les décès à l'hôpital par région.
Diminution des décès en Ehpad.
Synthèse.
(Vous aussi, vous sentez un peu de passif-agressif du rédacteur dans le "conformément aux résultats de certains travaux de modélisation" ?)
Proportion des variants :
• 49,3% de suspicion de B.1.1.7
• 5,6% de suspicion de B.1.351
Résultat du séquençage sur un échantillon NON représentatif de 2296 virus en S6 et S7. Leur objectif est de monter à 5000 séquençages/semaine en mars.

En rouge, B.1.1.7.
En orange, B.1.351.
Quasiment pas de P.1 dans l'échantillon.
« Ces données [de séquençage] sont toutefois biaisées car encore majoritairement ciblées sur des prélèvements orientés pour l’investigation de clusters ou la confirmation de variants d’intérêt connus. »
« Ces premières données seront mises à jour et publiées régulièrement dans les prochains Points épidémiologiques, avec une déclinaison par région et par indication du séquençage permettant de mieux les interpréter.
En effet, la part des investigations de cluster peut surestimer la représentation de certains variants d’intérêt. »
Au 23 février, « 4,0% de la population en France a reçu au moins une dose de vaccin contre la COVID-19 et 2,0% a reçu deux doses. »
Selon leur estimation, au 23 février 80% des résidents Ehpad ont reçu au moins 1 dose, et 50,6% ont reçu 2 doses.
Estimation Pasteur du % de la population infectée au 24 février : 16,8% (14,9—19,3%)

modelisation-covid19.pasteur.fr/realtime-analy…
Estimation Pasteur du % de la population infectée par région.
La désynchronisation entre les admissions à l'hôpital en plateau et les entrées en réa en hausse (comme les cas détectés) renvoie probablement à la dynamique divergente entre les 60-79 et les 80+.
Les admissions en réa sont essentiellement composées de 50-79 ans, tandis que les 80+ fournissent ~40% des admissions à l'hôpital (et leur durée de séjour doit être plus longue).
En métropole, incidence selon l'âge entre fin janvier (pic) et la dernière valeur disponible (22/02) :

• 60-69 : de 174 à 168, soit -4%
• 70-79 : de 171 à 147, soit -14%
• 80-89 : de 265 à 182, soit -31%
• 90+ : de 568 à 319, soit -44%
Ainsi, alors que les nouvelles hospitalisations n'augmentent pas…
… si on passe sur les entrées en réa, on observe pour l'instant la même reprise que pour les cas détectés, avec le décalage attendu d'une semaine.
Notez aussi le récent bond de la positivité dans toutes les classes d'âge sauf chez les 80+ (image n°4).

Bon, sinon, ces criminels ont décidé d'attendre que l'épidémie monte un peu partout pour réagir au dernier moment, au lieu de conceptualiser que les pointes avancées = le reste du territoire dans X semaines si on ne fait rien.

Qu'est-ce que vous voulez répondre à des imbécillités pareilles, sérieusement ? Plus on attend pour confiner, plus on aura de gens infectés avant d'avoir eu accès au vaccin. Ce qu'ils racontent n'a absolument AUCUN sens.

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25 Feb
« La compétition entre parasites est un processus plus intuitif. D'une certaine manière, les parasites "consomment" des ressources de leur hôte et si un hôte est infecté par plusieurs parasites, ceux-ci peuvent entrer en compétition pour une même ressource.
(...) Plus frappant, si l'on compare des souches de différentes virulences, on constate que plus une souche est virulente et plus elle gagne la compétition intra-hôte en s'appropriant plus de ressources.
(...) [Si une souche] est virulente et l'autre pas, la virulente se transmettra fortement, la bénigne se transmettra faiblement (...). Dans ce dernier cas, la souche moins virulente est clairement désavantagée (...).
Read 4 tweets
22 Feb
[Prépublication] Étude de cohorte (SIREN) sur 23 000 soignants au Royaume-Uni. Efficacité du Pfizer contre l'infection (symptomatique ou non) :

• 72% (95% CI 58—86) 21 jours après la première dose
• 86% (95% CI 76—97) 7 jours après la deuxième dose

papers.ssrn.com/sol3/papers.cf…
Ce résultat concerne la cohorte séronégative et sans PCR+ au départ (pas d'infection antérieure détectée, donc).

La souche dominante au moment de l'étude était B.1.1.7.
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4 Feb
Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 26 janvier au 1er février).

La France était à 211,9 jeudi dernier (212,6 après consolidation), aujourd'hui elle est à 213,3.
Notez l'affaiblissement de la partition Ouest/Est (situation il y a 3 semaines à gauche, aujourd'hui à droite) : le mauvais s'est homogénéisé.
Le taux d'incidence par classe d'âge.

germain-forestier.info/covid/
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3 Feb
« Cette étude de jeunes recrues masculines des Marines trouve que la présence d'anticorps au SARS-CoV-2 confère un taux d'incidence de l'infection réduit de 82%. Le % d'infections symptomatiques était comparable entre les participants séro+ et séro- »

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Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 19 au 25 janvier).

La France était à 195,9 jeudi dernier (196,7 après consolidation), aujourd'hui elle est à 211,9.
Vue relative. Ça ne va toujours pas dans le bon sens à l'Ouest.
Le taux d'incidence par classe d'âge.

germain-forestier.info/covid/
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