Thread by @laribrussa

Saiu hoje o preprint do estudo liderado por @azavascki e a equipe do HCPA do RS que detectou a linhagem P.1 do SARS-CoV-2 em pacientes de fev/21, que contribui com a sua valiosa peça no quebra-cabeça da variantes de preocupação (VOC) mais preocupante que já vimos até então 🧶

Até o momento, o estado do Amazonas tem sido a região mais devastada pela Covid-19 no Brasil. A primeira onda de contaminação por lá foi na maioria pela linhagem chamada de B.1.195, que mais tarde foi substituída pela B.1.1.28

A 2ª onda está demonstrando um crescimento exponencial em hospitalizações e mortes, que vem sendo observado desde dez/20,e também coincide com a emergência da variante de preocupação (VOC) P.1, encontrada pela primeira vez em um turista brasileiro que viajou ao Japão, em janeiro

O RS é o estado mais ao sul do BR e por aqui vimos um efeito “modesto” do vírus durante a primeira onda (jul a set/20),porém hoje a situação por aqui é bem diferente… desde de maio de 2020 já tínhamos o registro das linhagens B.1.1.33 e B.1.1.248 como as mais comuns no estado+

similar ao observado em outros estados brasileiros. Em outubro de 2020 foi detectada a presença da variante P.2, que foi gradualmente substituindo essas variantes até jan/21.

A linhagem P.1 foi detectada pela primeira vez no RS em uma amostra clínica obtida em 01 de fev/21, de um habitante da cidade turística de Gramado, considerada uma cidade no estilo “europeu” e por isso atrai muitos turistas durante todo ano [researchsquare.com/article/rs-280…]

Este paciente não tinha tido nenhum contato com pessoas que tivessem vindo do Amazonas, região onde a P.1 é predominante. Hoje a P.1 dá indícios de estar presente em quase todo o território nacional, conforme a figura abaixo do @obscovid19br agencia.fiocruz.br/sites/agencia.…

De oito estados avaliados pelo @obscovid19br , apenas dois não tiveram prevalência das variantes de preocupação superior a 50% (MG com 30,3% e Alagoas com 42,6%)

Em fevereiro de 2021 teve início um devastador crescimento exponencial de hospitalizações no RS, como podemos ver na figura abaixo. Em 07/02 eram 1738 pacientes, e em 06/03 eram 6995, um aumento de 3,8 vezes

É interessante verificar como a presença dessa variante converge com a maior taxa de hospitalizações e ocupação de leitos de UTI não só no RS, mas na maioria das regiões do BR, à partir de 22/02 como podemos ver na figura abaixo

A equipe do HCPA investigou se era possível detectar a presença da variante P.1 em amostras de pacientes hospitalizados em fev/21 (8% das amostras do período), comparando os achados com amostras obtidas em janeiro (4,9% das amostras) e durante o ano de 2020 (0,81%)

As amostras selecionadas possuíam valores mais baixos de limiar de ciclo (Ct) do teste diagnóstico RTqPCR e são de pacientes jovens. Elas foram sequenciadas por sequenciamento de nova geração na plataforma Illumina, obtendo-se 68 genomas completos com alta cobertura (>80%)

As linhagens foram classificadas e as sequências foram depositadas no banco de dados GISAID (gisaid.org).

Das 27 amostras de fev/21, 24 foram identificados como linhagem P.1,contra apenas uma de 15 amostras de jan/21. 13 pacientes tinham de 20-29 anos, cinco de 30-39 anos, 4 de 50-59, 2 de 40-49, 2 de 60-69, e 2 eram menores de 2 anos, mostrando a infecção em diferentes idades

Abaixo temos a distribuição das linhagens ao longo do tempo nesses pacientes. Embora seja uma amostra não representativa de todo RS,note como as outras linhagens deixaram de ser detectadas, enquanto a P.2 aparece em dez, jan/21 e a P.1 é quase predominante (88,9%) em fev/21

Os valores Ct de 2 alvos do gene (N1 e N2) foram comparados por 12 meses. Os valores de Ct em fev/21 foram os mais baixos observados no período

Ao mesmo tempo, um aumento avassalador de internações foram observadas desde a 6ª semana epidemiológica, coincidindo temporalmente com a detecção da linhagem P.1 de maneira predominante nas amostras sequenciadas nesse período

Uma vez que a dinâmica de internação vista no RS se parece àquela observada dez/20 nos estados do Norte,onde P.1 predominou amplamente entre os espécimes testados,os pesquisadores levantam a hipótese de que P.1 pode estar, pelo menos parcialmente, associado ao aumento notável

Achados anteriores sugerindo que P.1 pode ser mais transmissível do que outras linhagens corroboram a hipótese : doi.org/10.1101/2021.0…
doi.org/10.1101/2021.0…

O comportamento social com alta mobilidade, principalmente ao litoral nos meses de jan e fev muito bem alertado pelo @schrarstzhaupt e a falta de medidas rígidas de controle da Covid-19 no RS podem ter sido o cenário perfeito para a disseminação da VOC P.1 SARS-CoV-2

Os dados têm limitações como todos os trabalhos científicos e devem ser interpretados de acordo. É uma grande contribuição para entendermos como essa VOC vem tomando conta do país. Parabéns e obrigada @azavascki e equipe!

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