Thread by @touna14

#COVID19france
En #Guyane, on assiste actuellement au début d'une nouvelle vague de #COVID19
Celle-ci est notamment portée par le #VariantBresilien P.1 (et par le variant "anglais" #B117 dans une moindre mesure)
J'ai tracé l'évolution du nombre de cas par variants
[1/12]

Les données proviennent du point hebdo de l'@ars_guyane (@ClaradeBort)
J'ai simplement extrapolé la proportion de variant dans les criblages/séquences à l'ensemble des cas [2/12]
source : santepubliquefrance.fr/regions/guyane…

Depuis la semaine 7 :
-Les souches historiques baissent de ~10% par semaine
-Le #variantAnglais progresse de ~50% par semaine
On retrouve le même ordre de grandeur de l'avantage de transmissibilité du variant Anglais que ce qui était observé en janvier/févier en métropole
[3/12]

- Et le #VariantBresilien progresse de 80% par semaine, c'est beaucoup (avantage x2 par rapport aux souches historiques)
Par contre, il faut être prudent avec ce constat,
Exemple, en Italie, la part du variant P.1 est stable à ~5% depuis janvier.
[5/12]
medrxiv.org/content/10.110…

Une des raison qui pourrait expliquer la différence entre l'Italie et la Guyane au niveau de la circulation du variant Brésilien est l'immunité de la population et l'échappement immunitaire de ce variant (portée par la mutation S:E484K)
[6/12]

En effet, la Guyane a été bien plus touché que la Métropole (ou que l'Italie) par le #COVID19, en juillet 2020, la part de la population qui avait été infectée était estimée à 15% (contre 5% pour la métropole)
Depuis, les infections ont continué
[7/12]

Si on trace le cumul des hospitalisations par âge, on voit bien que la circulation du covid a été bien plus importante en Guyane qu'en Métropole, notamment chez les -60ans
(D'autre facteurs: moins bon état de santé de la pop. peuvent expliquer une partie des écarts)
[8/12]

Le variant Brésilien a donc une très bonne facilité (par rapport aux autres souches) à se propager dans une population ou l'immunité (via une infection passée) est grande ; c'est ce qui a été aussi observé au Brésil
[9/12]
science.sciencemag.org/content/early/…

La question est de savoir si l'immunité conférée par la vaccination est plus protectrice que celle conféré par l'infection face à ce variant.
Si ce n'est pas le cas, cela risque de poser un soucis lorsque la majorité de la pop française sera vaccinée
[10/12]

A noter que les séquençages qui viennent de Guyane montrent que c'est le variant P.2 (et non P.1) qui était présent, les deux sont néanmoins proches et ont tous les 2 la mutation S:E484K (soupçonnées d'être responsable de l'échappement immunitaire)
[11/12]

https://twitter.com/babarlelephant/status/1378434911686832134

Fin [12/12]
Poke @SaiyanBio @babarlelephant @BioHospitalix @vincentglad @RemiSalomon
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J'ai oublié la source :
medrxiv.org/content/10.110…

Il y a eu de nouvelles séquences publiées depuis qui sont bien du P.1
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https://twitter.com/babarlelephant/status/1384213158479335429?s=19