בהמשך לשרשור על חסינות מחלימים - במאמר של מכבי הם ביצעו שני מודלים: מחלימים מינואר-פברואר 21 לעומת מחוסנים (פי 13), מחלימים ממרץ 20 עד פברואר 21 לעומת מחוסנים (פי 6). משום מה חסר מודל שכולל רק את 20. @naufragium3 שם לב לגרף בתוספות של המאמר עם מספרי המחלימים שחלו מחדש בכל חודש.=>
הגרף הזה לא מנורמל למספר החולים החודשי, אז נרמלתי אותו למספר החולים החודשי (הורדת את חודשים מרץ-מאי שבהם יש רק מחלים שחלה אחד בכל חודש, אבל גם מעט חולים בכלל). קל לראות שרוב המחלימים שחלו מחדש בגל הנוכחי חלו בגל 2 שבו היו כ-300 אלף חולים, פי ~3 באופן יחסי מאלו שחלו בגל 3.
הנתונים הללו מראים שגם אצל מחלימים יש דעיכה משמעותית של ההגנה, לפחות בכל הקשור להדבקה. הקצב הוא כנראה רק קצת יותר איטי מאשר החיסונים (כ-10 חודשים לעומת חצי שנה).
כדאי גם להוסיף, שרק בשבוע האחרון, לאחר סיום המחקר של מכבי היו כ-1000 מחלימים שאומתו מחדש - בשבוע אחד חלו מחדש כ-20% מסך המחלימים שחלו מחדש מאז תחילת המגיפה!
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
מה גרם לגל הרביעי להתפרץ בישראל? דלתא או דעיכת החיסונים? יחד עם @Hillleon כתבנו מאמר קצר, לפני ביקורת עמיתים, בנסיון למדל את ההתפרצות הנוכחית בתרחישים אלטרנטיביים – אם אלפא היה איתנו ואם החיסונים לא היו דועכים.
במאי היינו פה בסוג של חסינות עדר, כמעט ולא היו הדבקות בקהילה. בתגובה בוטלו רוב ההגבלות, כולל הדרכון הירוק ומסיכות. ביוני הכל השתנה והתחיל גם חדש.
מה השתבש?
בעזרת מודל מונטה-קרלו מרחבי-זמני שפיתחה @HillaLeon ושימש בהצלחה במידול הגלים הקודמים והנוכחי, בחנו תרחישים בהם אנחנו משנים את הפרמטרים של ה-R0 לזה של אלפא, ותרחישים בהם אין דעיכה.
What pushed Israel out of herd immunity, is it Delta or the waning immunity? In a new preprint with @HillaLeon we tried to model the current COVID-19 outbreak in Israel in different alternative scenarios:
What would have happened if we still had Alpha? What would have happened if the vaccines were still effective as they were when they were fresh? In reality, we have Delta and waning immunity, but we think there are things to learn by breaking it down.
In May Israel was in some-kind of herd immunity. Almost no community infections. In response Israel removed almost all non-pharmaceutical interventions (NPIs) including the green passport and indoor masking. But this all changed in mid-June with a new outbreak.
אחרי כמה ימי חג עם מספר נמוך של מאומתים היום צפוי מספר שיתקרב לשיא של 12 אלף מאומתים, אולי יותר. בפועל יש הרבה יותר. כמה נקודות: 1. מספר המאומתים היומי כולל את מי שקיבל תשובה באותו יום. בדרך כלל הבדיקה היא יום קודם. לכן למשל, המספר של אתמול הוא בכלל של אנשים שנבדקו בחג. >>
2. אפשר לדגום הרבה אנשים ביום, אבל לבדוק את הדגימות לוקח יותר זמן. המעבדות בישראל הגיעו לשיא של 180 אלף ביום בתחילת השבוע. קשה להאמין שאפשר לעבור את זה בינתיים. 3. הרבה מאוד מהנבדקים הם תלמידים עם ילד מאומת בכיתה (ואז גם ההורים הרבה פעמים נבדקים). סיכויי האימות יחסית נמוכים.>>
בגלל זה אחוז החיוביים לא עולה בתקופה האחרונה. בימים האחרונים סביב 6.5%. אחרי כמה ימים של מעט דגימות, אתמול היו 232 אלף דגימות!
בחישוב מהיר זה נותן לנו כ-15 אלף מאומתים, אבל בגלל שלא ניתן לבדוק את כולם היום נסיים את היום עם כ-12 אלף. ה-3 אלף הנוספים יחכו לקבל את האימות שלהם בשבת.
תכננתי לכתוב שרשור על המחקר של פרופ׳ אלי שוורץ על איברמקטין בערב ראש השנה, אך לא הספקתי. בינתיים @GidMK פרסם שרשור על המאמר וניתח יפה את הבעיות שבו (עשה לי סקופינג 😉). כל מה שנותר לי זה לחזור בעברית על הבעיה המרכזית שגם הטרידה אותי >>
בניסוי הם לקחו 116 איש שאומתו לקורונה (ושהו במלון קורונה) וחילקו אותם רנדומלית לשתי קבוצות, שלאחת מהן נתנו איברמקטין (בסמיות כפולה). בכל יומיים עשו להם PCR והסתכלו על ערכי ה-Ct. הממצא הוא שהערכים עלו, כלומר העומס הויראלי ירד, מהר יותר בקבוצה שקיבלה איברמקטין.
הדבר הראשון שצריך לדעת שהאפקט שדווח עליו די קטן. לקרוא לזה תרופת פלא על סמך המחקר הזה יהיה קצת מוגזם. 72% הגיעו ל-Ct גדול מ-30 ביום 6 בקבוצת האיברמקטין לעומת 50% בפלסיבו. מה זה בכלל אומר?
בכל מקרה, גם אם לא היו בעיות במחקר, זה לכל היותר תרופה שיכולה להוריד קצת את העומס הויראלי.
There is a lot of chatter about low reinfections in recovered individuals. There is now some limited data from Israel, so we can finally open this for discussion. Until recently, the rate of reinfections was very low. Until August 21 we had only ~2K reinfections, now over 5K. =>
A recent study from Maccabi HMO compared reinfections to breakthrough infections and found that the disease confers a much stronger immunity. But let's look at this study carefully. medrxiv.org/content/10.110…
Looking at infections in the 4th wave in Israel (Jun-Aug 15), they made three comparisons: 1. Infected vs. vaccinated in Jan-Feb 21 (3rd wave in Israel). 2. Infected vs. vaccinated, any time up to Feb 21 (3rd wave in Israel). 3. Infected+vaccinated vs. vaccinated.
אתמול פורסם מאמר של מכבי על חסינות מחלימים והיום @nadav_eyal מפרסם נתונים ממשרד הבריאות על חסינות מחלימים. מה אפשר ללמוד מהנתונים הללו? medrxiv.org/content/10.110…
מהמאמר של מכבי, שמשתמש ב-matching אפשר ללמוד שמחלימים מגל 3 (אלפא) מאוד מוגנים, יותר מאשר מחוסנים שאצלם החסינות דעכה מאז. אבל מצד שני נראה שמחלימים מ-2020 לא מוגנים כל כך. הניתוח שם קצת מבלבל כי הוא לא מפריד בין מחלימי 2021 ו-2020, אבל זה מה שאני מבין מהנתונים.
האם זה בגלל שהם נדבקו ב-WT או בגלל שעבר זמן? אי אפשר לדעת.
אני חושב שזה גם מה שמסביר את העליה בזמן האחרון של הדבקות אצל מחלימים לפי הנתונים ששיתף נדב אייל. אמנם אין פה חלוקה למתי חלו המחלימים, אבל הניחוש שלי הוא שהעשרה של אוגוסט היא של מחלימי 2020.