Dvir Aran Profile picture
16 Sep, 12 tweets, 4 min read
מה גרם לגל הרביעי להתפרץ בישראל? דלתא או דעיכת החיסונים? יחד עם @HillLeon כתבנו מאמר קצר, לפני ביקורת עמיתים, בנסיון למדל את ההתפרצות הנוכחית בתרחישים אלטרנטיביים – אם אלפא היה איתנו ואם החיסונים לא היו דועכים.

>>
medrxiv.org/content/10.110…
במאי היינו פה בסוג של חסינות עדר, כמעט ולא היו הדבקות בקהילה. בתגובה בוטלו רוב ההגבלות, כולל הדרכון הירוק ומסיכות. ביוני הכל השתנה והתחיל גם חדש.

מה השתבש?
בעזרת מודל מונטה-קרלו מרחבי-זמני שפיתחה @HillaLeon ושימש בהצלחה במידול הגלים הקודמים והנוכחי, בחנו תרחישים בהם אנחנו משנים את הפרמטרים של ה-R0 לזה של אלפא, ותרחישים בהם אין דעיכה.
מה גילינו? במצב של אלפא+אין דעיכה היינו מתחת לסף חסינות העדר במאי, ואפילו עם שחרור של ההגבלות במאי ויוני כנראה היינו נשארים שם.

במצב של דלתא+וללא דעיכה המודל חוזה עליה דרמטית בכמות המקרים. במודל הזה באמצע אוגוסט היינו בערך בחצי ממספר המקרים שקרו באמת.
אבל דבר דומה אפשר לראות גם במודל של אלפא+דעיכה. גם פה היינו עוברים את סף חסינות ההעדר, וכמות המקרים היתה כשליש ממה שקרה באמת.
מעניין, שבמציאות האלטרנטיבית הזו, המודל חוזה הרכב גילאים שונה מהמודל הקודם. בגלל שמבוגרים התחסנו ראשונים, במצב הזה רואים עליה משמעותית במקרים בגילאי 60+ שכמובן היו גורמים ליותר מקרים קשים ומוות.
לבסוף, שאלה שנשאלת רבות– דלתא מדבק יותר והשתלט על אלפא כמעט בכל העולם. אז למה ברוב המדינות הצליחו להשתלט על ״מגיפת הדלתא״ ובישראל לא?
כידוע היינו ברי מזל ויכולנו לחסן את האוכלוסיה במהירות, הרבה לפני כולם. ב1 באפריל 55% מהאוכלוסיה כבר היה מחוסן, לא היתה אף מדינה עם יותר מ-20%.
אנחנו חושבים שזה ההסבר. במדינות שאצלן החיסון עדיין טרי הגל הזה חלש משמעותית. אפשר לראות בגרף קשר שלילי חזק בין % המחוסנים מאפריל לבין מספר מקרי המוות מקורונה באוגוסט.
וזה כמובן נורת אזהרה למדינות רבות – כאשר יעילות החיסונים תדעך אצלם, גם הם צפויים להתפרצויות קשות. כדי להתמודד עם זה אפשר כמובן להתחיל לתת את מנת הבוסטר לפני ההתפרצות. אבל לא בטוח שזה יספיק, לפי המודל שלנו כנראה שגם הגבלות אפקטיביות הכרחיות כדי להתמודד עם דלתא וחיסוניות חלקית.
דרך טובה לנטר התפרצות בגלל דעיכה היא להסתכל על יחס המבוגרים מתוך המקרים. בתחילת הגל בישראל חלקם מתוך כלל המקרים היה גבוה משמעותית מהגל הקודם.
כמובן שזהו פרה-פרינט, והמודלים והטיעונים הם במחינתנו רק דרך לפתוח את הדיון. כולנו כבר מכירים ש״כל המודלים שגויים, אבל חלקם שימושיים״. נשמח לשמוע את המחשבות שלכם בעניין.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Dvir Aran

Dvir Aran Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @dvir_a

16 Sep
What pushed Israel out of herd immunity, is it Delta or the waning immunity? In a new preprint with @HillaLeon we tried to model the current COVID-19 outbreak in Israel in different alternative scenarios:

>>
medrxiv.org/content/10.110…
What would have happened if we still had Alpha? What would have happened if the vaccines were still effective as they were when they were fresh? In reality, we have Delta and waning immunity, but we think there are things to learn by breaking it down.
In May Israel was in some-kind of herd immunity. Almost no community infections. In response Israel removed almost all non-pharmaceutical interventions (NPIs) including the green passport and indoor masking. But this all changed in mid-June with a new outbreak.
Read 15 tweets
10 Sep
אחרי כמה ימי חג עם מספר נמוך של מאומתים היום צפוי מספר שיתקרב לשיא של 12 אלף מאומתים, אולי יותר. בפועל יש הרבה יותר. כמה נקודות:
1. מספר המאומתים היומי כולל את מי שקיבל תשובה באותו יום. בדרך כלל הבדיקה היא יום קודם. לכן למשל, המספר של אתמול הוא בכלל של אנשים שנבדקו בחג. >>
2. אפשר לדגום הרבה אנשים ביום, אבל לבדוק את הדגימות לוקח יותר זמן. המעבדות בישראל הגיעו לשיא של 180 אלף ביום בתחילת השבוע. קשה להאמין שאפשר לעבור את זה בינתיים.
3. הרבה מאוד מהנבדקים הם תלמידים עם ילד מאומת בכיתה (ואז גם ההורים הרבה פעמים נבדקים). סיכויי האימות יחסית נמוכים.>>
בגלל זה אחוז החיוביים לא עולה בתקופה האחרונה. בימים האחרונים סביב 6.5%. אחרי כמה ימים של מעט דגימות, אתמול היו 232 אלף דגימות!
בחישוב מהיר זה נותן לנו כ-15 אלף מאומתים, אבל בגלל שלא ניתן לבדוק את כולם היום נסיים את היום עם כ-12 אלף. ה-3 אלף הנוספים יחכו לקבל את האימות שלהם בשבת.
Read 5 tweets
8 Sep
תכננתי לכתוב שרשור על המחקר של פרופ׳ אלי שוורץ על איברמקטין בערב ראש השנה, אך לא הספקתי. בינתיים @GidMK פרסם שרשור על המאמר וניתח יפה את הבעיות שבו (עשה לי סקופינג 😉). כל מה שנותר לי זה לחזור בעברית על הבעיה המרכזית שגם הטרידה אותי >>
בניסוי הם לקחו 116 איש שאומתו לקורונה (ושהו במלון קורונה) וחילקו אותם רנדומלית לשתי קבוצות, שלאחת מהן נתנו איברמקטין (בסמיות כפולה). בכל יומיים עשו להם PCR והסתכלו על ערכי ה-Ct. הממצא הוא שהערכים עלו, כלומר העומס הויראלי ירד, מהר יותר בקבוצה שקיבלה איברמקטין.
הדבר הראשון שצריך לדעת שהאפקט שדווח עליו די קטן. לקרוא לזה תרופת פלא על סמך המחקר הזה יהיה קצת מוגזם. 72% הגיעו ל-Ct גדול מ-30 ביום 6 בקבוצת האיברמקטין לעומת 50% בפלסיבו. מה זה בכלל אומר?
בכל מקרה, גם אם לא היו בעיות במחקר, זה לכל היותר תרופה שיכולה להוריד קצת את העומס הויראלי.
Read 8 tweets
29 Aug
There is a lot of chatter about low reinfections in recovered individuals. There is now some limited data from Israel, so we can finally open this for discussion. Until recently, the rate of reinfections was very low. Until August 21 we had only ~2K reinfections, now over 5K. =>
A recent study from Maccabi HMO compared reinfections to breakthrough infections and found that the disease confers a much stronger immunity. But let's look at this study carefully.
medrxiv.org/content/10.110…
Looking at infections in the 4th wave in Israel (Jun-Aug 15), they made three comparisons:
1. Infected vs. vaccinated in Jan-Feb 21 (3rd wave in Israel).
2. Infected vs. vaccinated, any time up to Feb 21 (3rd wave in Israel).
3. Infected+vaccinated vs. vaccinated.
Read 12 tweets
29 Aug
בהמשך לשרשור על חסינות מחלימים - במאמר של מכבי הם ביצעו שני מודלים: מחלימים מינואר-פברואר 21 לעומת מחוסנים (פי 13), מחלימים ממרץ 20 עד פברואר 21 לעומת מחוסנים (פי 6). משום מה חסר מודל שכולל רק את 20. @naufragium3 שם לב לגרף בתוספות של המאמר עם מספרי המחלימים שחלו מחדש בכל חודש.=>
הגרף הזה לא מנורמל למספר החולים החודשי, אז נרמלתי אותו למספר החולים החודשי (הורדת את חודשים מרץ-מאי שבהם יש רק מחלים שחלה אחד בכל חודש, אבל גם מעט חולים בכלל). קל לראות שרוב המחלימים שחלו מחדש בגל הנוכחי חלו בגל 2 שבו היו כ-300 אלף חולים, פי ~3 באופן יחסי מאלו שחלו בגל 3.
הנתונים הללו מראים שגם אצל מחלימים יש דעיכה משמעותית של ההגנה, לפחות בכל הקשור להדבקה. הקצב הוא כנראה רק קצת יותר איטי מאשר החיסונים (כ-10 חודשים לעומת חצי שנה).
Read 4 tweets
26 Aug
אתמול פורסם מאמר של מכבי על חסינות מחלימים והיום @nadav_eyal מפרסם נתונים ממשרד הבריאות על חסינות מחלימים. מה אפשר ללמוד מהנתונים הללו? medrxiv.org/content/10.110…
מהמאמר של מכבי, שמשתמש ב-matching אפשר ללמוד שמחלימים מגל 3 (אלפא) מאוד מוגנים, יותר מאשר מחוסנים שאצלם החסינות דעכה מאז. אבל מצד שני נראה שמחלימים מ-2020 לא מוגנים כל כך. הניתוח שם קצת מבלבל כי הוא לא מפריד בין מחלימי 2021 ו-2020, אבל זה מה שאני מבין מהנתונים.
האם זה בגלל שהם נדבקו ב-WT או בגלל שעבר זמן? אי אפשר לדעת.
אני חושב שזה גם מה שמסביר את העליה בזמן האחרון של הדבקות אצל מחלימים לפי הנתונים ששיתף נדב אייל. אמנם אין פה חלוקה למתי חלו המחלימים, אבל הניחוש שלי הוא שהעשרה של אוגוסט היא של מחלימי 2020.
Read 6 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(