שרשור על חסינות האוכלוסיה בישראל והתפשטות התחלואה. איפה היינו ולאן אנחנו הולכים.
יהיה גרפים 📊. ויהיה מעניין!
🧵👇🧐
עם הדאטה בדאשבורד אפשר עכשיו לחשב בכל יום החל מינואר את יעילות הגולמית של מנה 2 לעומת לא מחוסנים. מה אנחנו רואים כאן בעצם? זה פשוט יחס המאומתים בין מחוסנים 2 ללא מחוסנים בכל יום לאחר נירומול לגודל האוכלוסיה. זאת יעילות גולמית כי היא לא מתקוננת למגזר או גיל (אבל לאחר החלקה).
שימו לב לעליה הקטנה ביעילות באזור תחילת מרץ. אני מניח שזה נגרם כתוצאה מהתחסנות האוכלוסיה היותר צעירה בסוף ינואר, ששם החיסון יעיל יותר מאשר באוכלוסיה המבוגרת.
סביב החצי הראשון של חודש אפריל הקסום, למתחסן הממוצע היה יעילות גבוהה מאד. ואז החלה השחיקה שהביאה לנפילה חופשית במאי-יוני.
שאלה: אם החיסון יעיל במניעת הדבקה וחלק מחוסנים, מה הפגיעות הממוצעת של האוכלוסיה?
כשאף אחד לא מחוסן זה 100% (כולם פגיעים).
כשכולם מחוסנים בחיסון מושלם זה 0% (אף אחד לא פגיע).
בפועל, הפגיעות היא מכפלת שיעור המתחסנים ביעילות החיסון.
אז חישבתי לכם את זה לאורך זמנים שונים:
שימו לב, שחשבתי את הפגיעות כולל האפקט של הבוסטר והיעילות היומית שלו.

עכשיו בוא נראה איך מקדם ההדבקה היומי (אדום) משתנה יחד עם הפגיעות הממוצעת של האוכלוסיה (שחור).
בום! ניתן לראות איך מקדם ההדבקה עוקב אחר הפגיעות של האוכלוסיה 🔥🔥🔥.
איזה יופי!
שימו לב איך המקדם עוקב טוב אחר הדעיכה הקלה באזור מאי.

יש לנו שתי אנומליות:
א. מקדם נמוך בפברואר לעומת פגיעות גבוהה. כאן ככה״נ רואים את השפעות סגר 3, שבו ההגבלות הורדו באזור ה 15 לפברואר (ובאמת יש עליה בהדבקות במחצית השניה של פברואר. שבסוף פוגשת אוכלוסיה עם פגיעות ממוצעת נמוכה).
ב. קפיצה ענקית במקדם באמצע יולי לעומת דעיכה יחסית איטית של פגיעות האוכלוסיה. אני חושב שניתן לייחס את זה לדלתא ואולי גם לתחלואה סמויה יחסית של מחוסנים שנטו לא להבדק.
הגרף הזה **מציע** דבר פשוט: ללא הגבלות מסיביות, צריך להוריד את הפגיעות הממוצעת לאזור ה 60% כדי להשיג R<1.

אם החיסון דועך ל 60% יעילות למניעת מחלה כל חמישה חודשים, צריך 70% חיסון מהאוכלוסיה כל הזמן.
שיטות ו caveats:
1. לא התייחסתי למחלימים כלל. לדעתי לא ישנה מאד את התמונה כי בין סוף ינואר לתחילת הקיץ לא נוספו המון מחלימים, אבל צריך להסתכל על זה.

2. החלקות באמצעות exponential window.

3. היעילות ו ה R חשופים למשתנים התנהגותיים ודמוגרפים שלא תוקננו.

4. כל הדאטה מהדשבורד.
צום קל.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Yaniv Erlich

Yaniv Erlich Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @erlichya

7 Sep
Important data from Israel: the relative protection against contracting Covid19 at the 4th wave as a function of vax/prior reinfection status. The data is calibrated to RR=1 for people who received 2nd dose in Jan and no booster.

A few thoughts below on waning protection👇
One important take away is that a prior infection protects you but can wane without a vax. People who contracted covid during the 2nd wave (Sep-Oct 20; dark red) have 1.9x risk to get delta compared to people who contracted Covid during the 3d wave (Jan-Feb 21; light red).
Recall that Alpha (3rd wave) is not closer to Delta (4th wave) than the ancestral strain (2nd wave). So it is reasonable to assume that diff are due to waning immunity.

This means that a recovered person looses ~15% of the protection per month. After 2yrs =~ no protection.
Read 7 tweets
19 Aug
The Israeli MoH released some results about the effectiveness of the booster to tame infection rate.
Behavior or immunity or both?

A short technical thread with interesting results.
🧵🧵🧵
Israel does not conduct an RCT for the third dose. Thus, the main analysis for booster-VE is comparing the cases in boosted vs 2nd dosed as a proxy for increased protection. But boosted individuals might be ⬆️covid19-worried, leading to lower ⬇️exposure.
To mitigate that, the MoH adjusted for basic demography and calendar day of infection and reported the graph below. Y-axis: Booster vs 2nd dose fold protection as a function of days from booster.
But there is something weird...🧐
Read 8 tweets
19 Aug
Interesting data about the performance of boosted as a function of time. Y: protection compared to 2 doses. X: days from booster.

There is an increase in protection with time after day 7. This reduces the chance of a behavioral effect (but not completely mitigate it) Image
These results are more puzzling. From right to left: days, # cases, # severe. Top line 💉💉. Bottom: 💉💉💉 >10days Image
Why puzzling? Because rate of (boosted severe/)(boosted cases) is ~5%. We saw a similar rate earlier in with only 2nd dose. Don't know how to explain that. Image
Read 4 tweets
8 Aug
שרשור קצר עם תמונות על מלריה בארץ ישראל.
היסטוריה זה דבר מדהים.
מתוך:
haaretz.com/israel-news/.p…
הנה מפת ״רמזור המלריה״ בארץ ישראל. לא בכדי האוכלוסיה היהודית היום מרוכזת בין חדרה לגדרה במישור החוף הלח. המקום היה מוכה מלריה ובין הבודדים שניתן היה לרכוש אדמות. Image
מזכיר לכם משהו? כי אותי זה הפיל מהכיסא.
אותה שפה. מאה שנה הבדל. Image
Read 9 tweets
25 Jul
Waning immunity is really hard to analyze.
Let's go through the rabbit hole.
🧵🧵🧵
👇
Let's start with H3N2 Flu vaccine effectiveness (VE) from the Kaiser Permanente study in 2019.
sources:
academic.oup.com/cid/article/68…
science.sciencemag.org/content/364/64…
Notice the massive reported decline in VE even WITHIN the same flu season! The implications for public health cannot be more important. We usually offer flu shorts in the early fall (Sep), while the peak season is in the Winter (Jan-Feb). Should we reconsider our approach?
Read 16 tweets
22 Jul
מחשבות על הבוסטר.
שרשור.
🧵🧵🧵
👇
למה יש לנו גל של הדבקות?
בגדול עד אתמול שמעתי שתי תיאוריות מובילות לגבי הגל הזה:
א. Waning immunity. מערכת החיסון ״שכחה״ את הוירוס (או לא זוכרת מספיק טוב) ולכן אנחנו רואים את כאן את הגל.
ב. Viral escape. זן הדלתא מציג אפיטופים שונים שהחיסון פחות רלבנטי אליהם.
ההבדל בין שתי התיאוריות האלה הוא קריטי. הראשונה אומרת תנו בוסטר מהר והשניה אומרת מה פתאום בוסטר? חכו לעדכון לזן החדש.

אחרי ששוחחתי עם כמה מחברי אתמול בלילה, יש תיאוריה שלישית שהיא מאד מעניינת. בוא נצא למסע קצר.
Read 16 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(