Out now: our de novo genome assembly of the Roborovski Dwarf Hamster (Phodopus roborovskii)!

What is this animal and why do we need its genome? (Thread)

biorxiv.org/content/10.110…

[1/6]
This hamster species, one of three in the dwarf hamster family, lives in the region of the Gobi desert. They live in burrows, feeding on grains, plants, insects etc.

[2/6]
Within the SARS-CoV-2 pandemic, hamsters have caught substantial interest as disease models. In contrast to mice and like the Syrian (golden) hamster, Roborovski dwarf hamsters can be infected with no genetic alterations in host or virus.

[3/6]
However, whereas as Syrian hamsters (and the frequently used K18-hACE2 mice), Roborovski dwarf hamsters develop a severe/critical disease phenotype, leading to lung injury as in human patients:
sciencedirect.com/science/articl…
tandfonline.com/doi/full/10.10…

[4/6]
To allow for detailed studies (yes, single-cell RNA-sequencing of SARS-CoV-2 infected Roborvski dwarf hamsters is incoming) of this animal model, we generated an annotated genome draft with long and short read DNA sequencing, and RNA-seq.

[5/6]
The assembly consists of 2000 contigs, with half of them longer than 25 million bp. There are about 13000 BUSCOs, and about 85% of lung/blood RNA-seq data can be mapped. Fasta, gff and gtf are ready to use here: figshare.com/articles/datas…

[6/6]

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