Omikron ist in Deutschland bereits überall verbreitet.
67 Sequenzen mit Datum 23.11. bis 3.12. sind von deutschen Laboren auf GISAID hochgeladen worden.
Es ist nicht nur ein Cluster, es sind mindestens ein Dutzend unabhängige Eintragungen. 1/
auspice.us/?c=division&f_…
7 mal wurde Omikron in der KW 47 (bis 28.11.) im Rahmen der repräsentativen Stichprobe sequenziert.
Da dort nur 1,3% der Positiven sequenziert wurden heißt das, es könnten damals ca. 500 der insgesamt 400k Fälle Omicron gewesen sein -> ca. 1 in 1000
2/
Bei einer Verdopplungszeit von 3 Tagen, bedeutet das, momentan könnten in Deutschland bereits 2^4 = 16 * 1 in 1000 also etwa 2% Omikron sein.
Ein Vergleich mit Dänemark, England und Schottland zeigt: das ist plausibel. 3/
Pro 10% Anteil von Omikron steigt der R-Wert um ca. 0,2
Bis Weihnachten wird, falls nicht reagiert wird, der R-Wert von jetzt 0,95 auf ca. 1,5 steigen - wobei Testkapazitäten bereits fast vollständig ausgelastet sind & der gemessene R-Wert dadurch Richtung 1 abweicht. 4/
Selbst wenn wir Glück haben und Omikron eine etwas weniger schwere Krankheit verursacht, wird die schiere Zahl der Fälle das Gesundheitssystem komplett umhauen.
Inzidenzen von 10.000 sind mit Omikron theoretisch möglich, wenn nicht reagiert wird. 5/
Booster werden sicherlich gegen die Krankheitsschwere helfen, aber nicht ausreichen diese Welle zu stoppen
Die jetzigen Maßnahmen reichen gerade so für Delta.
Omikron aber ist 3 mal übertragbarer in einer teilimmunen Bevölkerung
Wir müssen mehr tun. Nicht erst wenn es zu spät ist
Ich denke es ist Mal wieder Zeit, diesen Klassiker hervorzuholen
Gerade eben ist ein neuer UK Bericht zu Omicron erschienen.
Wie immer erstklassige Analyse, die dem RKI weit vorraus ist.
Must read für Entscheider und Journalisten
Übertragungsvorteil ggü Delta 30-40% pro Tag
Booster hebt Infektionsschutz von ~40 auf ~70%
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…

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9 Dec
Ganz schlechter Artikel @WDRaktuell
Nein, das ist keine "Sicherheitslücke", hier wurde nichts "aufgedeckt", das ist alles by Design.
Weil sich Zertifikate einfach kopieren lassen ist es so wichtig, dass IMMER die Identität per Ausweis überprüft wird.
www1.wdr.de/nachrichten/rh… Image
Fragt doch erstmal bei echten Experten nach wie @LilithWittmann @chaosupdates und schreibt keine reißerischen Artikel über Themen, die ihr nicht versteht.
Am Ende nutzen manche wegen eurer Falschinformationen nicht die CWA und es kostet Menschenleben. Verantwortungslos.
Schreibt ihr als nächstes darüber was für eine Sicherheitslücke es sei, dass man beim Alkohol kaufen seinen Ausweis zeigen muss?
Weil das Personal dann Geburtsdatum, Namen, Ausweisnummer etc. kennt?
Read 4 tweets
1 Dec
Ghana has uploaded 33 Omicron sequences with collection dates ranging from 21st to 26th of November.
All samples state "Non-sentinel-surveillance (quarantined traveler)" but do not list the country of origin.
Samples can be seen on a phylogenetic tree here nextstrain.org/groups/neherla…
New additions to GISAID are:
43x 🇿🇦 South Africa
33x 🇬🇭 Ghana
9x 🇬🇧 UK
2x 🇯🇵 Japan
1x 🇧🇪 Belgium
1x 🇮🇪 Ireland
nextstrain.org/groups/neherla…
An explanation of how this tree is generated and what it means can be found here:
Read 6 tweets
1 Dec
If you catch a sample with SGTF (in Europe), what's the probability it's Omicron?
A 🧵excursion into Bayesian statistics.
p(Omicron | SGTF) = p(SGTF | Omicron) * p(Omicron) / p(SGTF)
The first is easy:
p(SGTF | Omicron) ~ 1 (all Omicron shows SGTF)
p(Omicron) is really tricky to estimate and depends on the situation. If you test travellers from South Africa, it could be 10% or even higher (on the Dutch planes it was ~25%). In a random non-traveller, it's much lower - hard to guess how high exactly.
My wild guess for p(Omicron) in representative surveillance in Germany would be 1 in 10,000 to 1 in 1,000 (corresponding to 5-50 daily cases in Germany).
We need one more piece of information: p(SGTF | non-Omicron).
Let's ask @covSpectrum: cov-spectrum.ethz.ch/explore/Europe…
Read 8 tweets
29 Nov
Genetic diversity within #Omicron can give us clues about its age and growth rate.
Omicron's abundant spike mutations and deletions interfere with sequencing, sometimes leading to incomplete genomes.
As a result phylogenetic inference struggles, causing spurious diversity. 1/5
To explore diversity within Omicron while addressing these issues @richardneher and I built a tree ignoring
1. sites mutated with respect to reference in more than 90% of available Omicron sequences
2. homoplasic sites that often fall in dropout regions
nextstrain.org/groups/neherla… 2/
The resulting tree has one big polytomy and a small number of notable clades.
Most sequences are within one or two mutations of the main group.
Though masking might lead to underestimates of the diversity, the resulting tree suggests a recent common ancestor 1-2 months ago. 3/5
Read 7 tweets
25 Nov
B.1.1.529 (bald vermutlich Ny):
Scheint schnell in Südafrika zu wachsen, hat besorgniserregende Spike-Mutationen.
Möglich, dass Variante von alleine verschwindet, bis wir es sicher wissen, ist es zu spät.
Deswegen: jetzt handeln. Wenn wir Glück haben, in 1-2 Wochen Entwarnung.
Lieber einmal zu viel als zu wenig tun.
Was können wir tun?
1. Südafrika, Botswana und sicherheitshalber Nachbarländer auf Variantenliste -> verpflichtende Quarantäne und Tests selbst für Geimpfte
2. Einreiseformulare: alle Reisende letzter Woche aus Süden Afrikas heraussuchen...
... Gesundheitsamt hinschicken und PCR machen, und zwar im gesamten Haushalt, nicht nur Einreisende, auch Ehepartner/Kinder etc
3. Varianten-PCR sofort wieder einführen und auf B.1.1.529 screenen, so gewinnen Gesundheitsämter ca. 1 Woche ggü Sequenzierung
Read 9 tweets
21 Nov
Die STIKO begründete Moderna U30 Nichtempfehlung explizit damit, dass es genug Biontech gebe.
Da diese Annahme nun nicht mehr zutrifft, muss die Empfehlung schnellstens überarbeitet werden.
Risiko von Myokarditis ist verschwindend verglichen mit Covid. 1/
rki.de/DE/Content/Inf…
Die gesamte Begründung ist sehr lesenswert.
Es folgt:
1. Myokarditis ist sehr selten, selbst bei 12-29J Männern. Jede Woche landen so viele in dieser Gruppe wegen Covid im Krankenhaus wie nach der einmaligen Zweitimpfung. Fast niemand stirbt, Entzündung heilt fast immer selbst ab
Niemand sollte sich also nicht impfen lassen, weil er Sorge hat vor Myokarditis. Covid ist zigmal schlimmer. Dazu kommt das Covid übertragbar ist, die Myokarditis nicht.
2. Myokarditis ist für 12-29 Männer etwa doppelt so häufig (immer noch selten) bei Moderna vs Biontech. 3/
Read 6 tweets

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