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Jan 23 11 tweets 6 min read
Kürzere Ansteckungsintervalle und hohe Infektiösität bei #Omicron.
Was bedeuten die Omicron Mutationen für die Fusion mit der Zelle und unsere erste Immunantwort? Das Daten-Puzzle fügt sich zusammen.
Hier zunächst die Funktion des Spike-Proteins:
(1/11)
Nach Bindung an ACE2 muss SARS-CoV2 mit der Zelle verschmelzen wie im Video oben gezeigt. Es gibt zwei Wege in die Zelle: Direkt an der Oberfläche oder sich erst von der Zelle aufnehmen lassen in sogenannte Endosomen.
(2/11)

biorxiv.org/content/10.110…
Noch lange vor der B- und T-Zell Immunantwort geben unsere Zellen bei Infektion ein SOS-Signal ab: Interferon. So sind auch die Nachbarzellen vor Infektion gewarnt und schützen sich. Wie der Name schon sagt „interferiert“ Interferon also mit Virus-Infektion und Vermehrung.
(3/11)
Weil SARS-CoV2 die berühmte zweite (Furin) Schnittstelle im Spike-Protein hat, mit der der Enterhaken „entsichert“ wird, kann dieses Virus direkt auf der Oberfläche in die Zellen eindringen und die TLR3 Interferonantwort austricksen.
(4/11)
journals.asm.org/doi/10.1128/JV…
Bei #Omicron ist diese „Entsicherung“ ineffizienter und das Virus dringt wieder über die Endosomen ein. Man dachte daher, die Interferon-Antwort unserer Zellen sei bei #Omicron besser geworden. Denn in den Endosomen verschliesst IFITM2 bei Interferon-Alarm den Eingang.
(5/11)
Nun stellt sich in wichtigen aktuellen Laboranalysen von @Friedemann1 heraus, dass #Omicron BA.1 die Interferonantwort blockieren kann und selbst von Interferon weniger blockiert wird.
(6/11)
biorxiv.org/content/10.110…
Ein detaillierter Tweet zum Preprint von @CiesekSandra
und @Friedemann1 findet sich hier:
(7/11)

SARS-CoV-2 hat viele Methoden entwickelt, die Interferon-Antwort zu unterdrücken. Über 1/3 der Gene von SARS-CoV2 helfen hierbei zusammen. Bei >50 Mutationen von #Omicron ist noch gänzlich unbekannt, wie die Interferonantwort hier blockiert wird.
(8/11)
nature.com/articles/s1227…
Die Interferonantwort ist aber eine unserer ersten Schutzmauern gegen Virusinfektionen. Eine reduzierte Interferonantwort wäre also spekulativ eine plausible Erklärung, weshalb die #Omicron Ansteckungsketten schneller verlaufen.
(9/11)
Ausserdem ist die Interferonantwort gegen SARS-CoV-2 in den oberen Atemwegen stärker. Damit liefert die Interferon-Umgehung von #Omicron auch eine potentielle Erklärung für die vermehrte Infektion der oberen Atemwege und höhere Infektiösität.
(10/11)
cell.com/cell/fulltext/…
Nachdem #Omicron BA.2 wohl Omicron BA.1 verdrängen wird, gilt es nun ebenfalls zu verstehen, ob und in welchem Masse dies alles auch für BA.2 gilt.

Erstaunlich, was dieses Virus an Haken schlägt.

Beeindruckend, wie schnell die Wissenschaft Antworten liefert. 👏🏼👏🏼👏🏼
(11/11)

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Jan 9
Dauerhaft werden wir uns nicht vor SARS-CoV-2 verstecken können. Irgendwann muss sich der Umgang damit normalisieren. Der Übergang in die Endemie. Ist jetzt mit #Omicron der richtige Zeitpunkt? Sind wir vorbereitet? Was sind die bekannten Wissenslücken? (🧵 1/9)
Das Risiko für Hospitalisierung mit #Omicron ist nach aktuellen Daten deutlich höher als bei Alpha, erreicht aber nicht das Niveau von Delta. Wird die nächste Variante „milder“ oder virulenter? Niemand weiß es! (🧵 2/9)
Die umfangreichsten Daten zur Hospitalisierung stammen derzeit aus Südafrika und Großbritannien, beides Länder, die am Weg in die Endemie einen großen Vorsprung haben. Hier gibt es zwar viele Hospitalisierte aber relativ wenig Bedarf an Intensivpflege. (🧵 3/9)
Read 11 tweets
Jan 2
Warum poche ich bei #Omicron so auf Transparenz in der Information? Weil der Staat alleine es nicht richten kann! Die allermeisten Infektionen geschehen dort, wo der Staat kaum Einfluss hat. Mitdenken/helfen muss jedeR selbst! Bei Omicron gibt es dazu wichtige Änderungen. (🧵1/5)
Wieso ist #Omicron so schnell?
- Die angezogene Handbremse der Impfung ist gelöst
- Omicron fährt nicht (!) im höchsten Gang, neuerliche Ansteckungen pro Patient (Reff) nicht (!) so hoch wie vermutet.
- Omicron fährt mit hoher Drehzahl. Ansteckung alle 2, nicht 4 Tage.
(2/5)
Das verändert vieles, das Positive:
+ 2 Tage Vorsicht, dann Test und man kann sicher andere treffen.
+ Der tote Winkel ist also geschrumpft.
+ Freitesten ist schneller möglich
+ Maske demnach noch effektiver
+ Bei LD sinken die Zahlen schneller
(3/5)
Read 5 tweets
Dec 27, 2021
#Omicron wird gerade dominant und in den nächsten Tagen steigen die Inzidenzen auch hier rapide. In Dänemark und auch London nehmen die Hospitalisierungen gerade deutlich zu. Was erwartet unser Gesundheitssystem? Kurzer 🧵(1/8)

experience.arcgis.com/experience/aa4…
coronavirus.data.gov.uk/details/health…
Südafrika berichtet ja, dass die #Omicron-Welle viel weniger schlimm verläuft. Südafrika ist aber wahrscheinlich am Anfang der Endemie und die meisten waren schon mindestens einmal infiziert. Außerdem ist die Bevölkerung deutlich jünger (5,5% über 65 Jahre). Es ist Sommer. (2/8)
In Dänemark überlagert die Deltawelle die #Omicron Hospitalisierungen, in London war die Situation vor Omiron relativ konstant. Was bedeuten die steigenden Hospitalisierungen? Noch ist es sehr schwierig das Risiko zu berechnen, weil die Welle gerade beginnt und steil ist. (3/8)
Read 8 tweets
Dec 13, 2021
Was ist mit Omicron zu erwarten? Ein🧵 zu den wichtigsten Erkenntnissen:

1/7) Die Omicron Welle kommt. UK erwartet sie schon im Dezember. Hier ist der Beginn durch Mangel an Daten etwas unsicher, aber ebenfalls sehr bald zu erwarten. Spätestens Januar.
2/7) Leider ist davon auszugehen, diese diese Omicron-Welle
-Sich am schnellsten auftürmt
-Die höchste wird
-Auch Geimpfte trifft
Aber: es gibt auch gute Neuigkeiten. Man kann sich schützen. Mit Impfung, aber z.B. auch mit ordentlich angepasster Maske.
3/7) Laborexperimente von @JanineKimpel und anderen zeigen es klar: Wer nur 2x geimpft oder genesen ist, ist kaum geschützt vor Ansteckung. Das zeigt sich auch in mehreren Ländern. Die Geschwindigkeit und Qualität, in der die Wissenschaft Daten liefert, ist beeindruckend!
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Nov 25, 2021
B.1.1.529 Update 25. November:
- Neue Sequenzen, die Gesamtzahl von Proben mit B.1.1.529 steigt auf ~40.
- in mehreren Provinzen mit PCR weitere Fälle
- Korrelation mit explosionsartigem Anstieg der Fälle in Gauteng
- Die unvorstellbar vielen Mutationen verändern Spike komplett. Image
Schauen wir die Mutationen im Spike Protein von B.1.1.529 genauer an. Punktmutationen blau, Deletionen oder die Insertion von 3 Aminosäuren in Rot. Die Furin-Schnittstelle hat 2 Mutationen, NTD und RBD viele. Image
In der NTD finden sich wie bei anderen Varianten viele Deletionen. Hier ist auch die Insertion von Aminosäuren EPE in Position 214 anzutreffen. Diese Region ist eine wichtige Antikörper-Bindestelle. Image
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Nov 24, 2021
Johannesburg (Gauteng, Südafrika) erlebt derzeit einen sprunghaften Anstieg an Covid-19.

Von November sind aus dieser Region erst sieben Mutationsanalysen öffentlich. Alle scheinen eine völlig neue Variante von SARS-CoV2 zu sein mit über 30 (!!!) Mutationen in Spike!
Ausserhalb Johannesburgs finden sich derzeit nur 3 Fälle dieser Variante in Botswana. Hoffen wir, dass es sich um einen Laborfehler oder Zufall handelt.
Spike Mutationen: A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, G496S, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
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