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Sep 14 • 9 tweets • 3 min read
#拡散希望 🔔速報🔔 新型コロナ研究コンソーシアムG2P-Japan🇯🇵の論文第10弾を、Cell @CellCellPress に発表しました。本研究では、現在本邦の第7波の主たる原因となっているオミクロンBA.5株のウイルス学的性状を解明しました。
cell.com/cell/fulltext/…

以下、本研究の概要です。1/8
1⃣ 最近、スパイクタンパク質に新たな変異を獲得した #オミクロン BA.2系統の亜株が、世界各地で出現し、流行拡大しています。具体的には、アメリカ🇺🇸のBA.2.12.1系統（+S:L452Q/S704L）、そして南アフリカ🇿🇦のBA.4, BA.5系統（+S:HV69-70del/L452R/F486V/R493Q）などです。2/8
2⃣ウイルス配列の数理統計解析によって、これらのBA.2亜株の伝播力（実効再生産数、図中「Re」）は、BA.2よりも約1.2倍高いことを明らかにしました。実際、日本においても、すでにBA.5株への置き換わりがほぼ完了しています。3/8
3⃣ ワクチン接種者の血清を使った中和試験の結果、BA.4/5は、BA.1あるいはBA.2に感染したワクチン接種者（つまり、BA.1/2のブレイクスルー感染者）の血清に、約2倍の抵抗性を示しました。なお、ワクチン未接種でBA.1あるいはBA.2に感染したひとの血清は、ほぼまったく中和活性を示しませんでした。4/8
4⃣ 研究開始当初、これらのBA.2亜株の臨床分離株がまだ未取得であったため、BA.2.12.1あるいはBA.4/5のスパイクタンパク質を持った新型コロナウイルス（ベースはBA.2）を人工合成し、ハムスターを用いた感染実験を実施しました。その結果、BA.4/5の病原性がBA.2よりも高いことを明らかにしました。5/8
注：スパイクタンパク質以外の領域には、BA.4とBA.2の間に6個、BA.5とBA.2の間には2個の変異しかありません。そのため、今回動物実験に用いたウイルスは、臨床分離株の性質を強く反映したものではないかと考えています。6/8
実際、僕たちのその後の研究：
G2P-Japan🇯🇵プレプリント第12弾↓

G2P-Japan🇯🇵プレプリント第13弾↓

では、BA.5とBA.2の臨床分離株を用い、BA.5の病原性がBA.2よりも高いことを確認しています。7/8
まとめ▶️ BA.2から派生したオミクロンBA.2亜株のうち、BA.5株は、伝播力、病原性、免疫抵抗性のいずれの点においても、BA.2よりリスクの高い変異株です。8/8
ご参考まで、プレプリント発表時（5月27日）のツイートはこちら↓ 8/8+1

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Sep 14
BREAKING🔔 The 10th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Cell @CellCellPress . #Omicron BA.5 variant is more contagious and pathogenic than BA.2 variant. Please RT. 1/8
cell.com/cell/fulltext/…
Recently, Omicron BA.2 subvariants that bear additional substitutions in the spike proteins emerged and started outcompeting original BA.2 - e.g., BA.2.12.1 (+L452Q/S704L) in US🇺🇸 and BA.4 & BA.5 (+L452R/HV69-70del/F486V/R493Q) in South Africa🇿🇦. 2/8
1⃣ Statistical analysis shows that the effective reproduction numbers of BA.2.12.1, BA.4 & BA.5 are ~1.2-fold higher than that of BA.2. 3/8
Read 9 tweets
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Aug 8
BREAKING🔔 The 13th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out @biorxivpreprint. #Omicron BA.2.75 (aka #Centaurus) seems to be more contagious than BA.5 and more pathogenic than the original BA.2. Please RT. 1/7

biorxiv.org/content/10.110…
BA.2.75, emerged in India🇮🇳, is classified as VOC-LUM (variant of concern linage under monitoring) by WHO on July 7. Here we elucidated the effective reproduction number, sensitivity to antiviral immunity & drugs and intrinsic pathogenicity of BA.2.75. 2/7
who.int/activities/tra…
Both BA.2.75 and BA.5 are descendants of BA.2. However, BA.2.75 is phylogenetically different from BA.5, the currently predominant BA.2 descendant. BA.2.75 spike bears nine substitutions, but only one substitution (R493Q) is shared with BA.5 spike. 3/7
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Aug 8
#拡散希望 🔔速報🔔 新型コロナ研究コンソーシアムG2P-Japan🇯🇵のプレプリント第13弾を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、#オミクロン BA.2.75株（通称 #ケンタウロス）のウイルス学的解明を解明しました。
以下、本研究の概要です。1/11
biorxiv.org/content/10.110…
2022年5月、インド🇮🇳で、スパイクタンパク質に新たな変異を獲得した #オミクロン 系統の亜株「BA.2.75」が確認されました。BA.5による第7波真っ只中の日本においても、BA.2.75の市中感染は各所で確認されています。2/11
これまでに見られなかった変異の存在や世界各国での検出を受けて、WHOは7月7日に、BA.2.75株を「懸念される変異株（VOC）における監視下の系統（VOC-LUM; variant of concern linages under monitoring）」に分類し、注視しています。3/11
who.int/activities/tra…
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May 26
#拡散希望 🔔速報🔔 新型コロナ研究コンソーシアムG2P-Japan🇯🇵のプレプリント第10弾を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、#新しいオミクロン亜株（BA.4, BA.5, BA.2.12.1など）のウイルス学的性質（伝播力、免疫抵抗性、病原性）を解明しました。1/7

biorxiv.org/content/10.110…
1️⃣最近、スパイクタンパク質に新たな変異を獲得した #オミクロン 系統の亜株が、世界各地で出現し、流行拡大しています。具体的には、アメリカ🇺🇸のBA.2.12.1系統（+S:L452Q/S704L）、南アフリカ🇿🇦のBA.4, BA.5系統（+S:HV69-70del/L452R/F486V/R493Q）などです。2/7
2️⃣ウイルス配列の数理統計解析によって、これらの #新しいオミクロン亜株 の #伝播力 は、BA.2よりも約1.2倍高いことを明らかにしました。実際、南アフリカやアメリカなどの国では、すでに新しいオミクロン亜株への置き換わりが進んでいます。3/7
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May 26
BREAKING🔔 The 10th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out at @biorxivpreprint. #Omicron BA.4 & BA.5 variants seem to be more contagious and pathogenic than BA.2 variant. Please RT. 1/7

biorxiv.org/content/10.110…
Recently, Omicron BA.2 subvariants that bear additional mutations in the spike proteins emerged and begun outcompeting original BA.2 - e.g., BA.2.12.1 (+L452Q/S704L) in US🇺🇸 and BA.4 & BA.5 (+L452R/HV69-70del/F486V/R493Q) in South Africa🇿🇦. 2/7
1⃣ Statistical analysis shows that the effective reproduction numbers of BA.2.12.1, BA.4 & BA.5 are ~1.2-fold higher than that of BA.2. 3/7
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May 4
BREAKING🔔 The 9th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out at @biorxivpreprint. We evaluated the effects of 8 therapeutic monoclonal antibodies against new #Omicron subvariants such as BA.2.11, BA.2.12.1, BA.4 and BA.5. Please RT. 1/5

biorxiv.org/content/10.110…
Recently, the Omicron subvariants bearing additional mutations in the BA.2 spike emerged in multiple countries - e.g., BA.2.11 (+L452R) in France🇫🇷, BA.2.12.1 (+L452Q/S704L) in US🇺🇸, and BA.4 and BA.5 (+L452R/HV69-70del/F486V/R493Q) in South Africa🇿🇦. 2/5
In this study, we evaluated the sensitivity of these Omicron subvariants to 8 therapeutic monoclonal antibodies, bamlanivimab, bebtelovimab, casirivimab, cilgavimab, etesevimab, imdevimab, tixagevimab and sotrovimab. 3/5
Read 5 tweets

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