Pronto saldrán noticias sobre el estudio de ganancia de función (GoF) en #SARSCoV2 de la Boston University.
No voy a entrar en la parte ética y de permisos del estudio, pero voy a comentar la parte técnica y por qué quizás no habría que considerarlo GoF.
#abroHilo 🧵
1/14
Lo que hacen los autores es introducir el gen de la proteína Spike de omicron BA.1 en el genoma de la variante original (denominada WT, de Wild Type) de Wuhan .
El resultados es producto de la ingeniería genética y sí es un virus creado en laboratorio. Lo han llamado OMI-S.
2/
También usan la variante Omicron BA.1 (con su genoma completo) en la comparación. Así que una representación esquemática del genoma de los tres tipos de #SARSCoV2 probados sería esta:
3/
Para llamarlo GoF, yo esperaría que el virus ganase alguna propiedad o función que no tenía antes. En este caso lo que evalúan es evasión inmunitaria y progresión de la enfermedad.
4/
En los resultados, no se ve está ganancia de función. Mas bien es una pérdida de función de OMI-S con respecto a WT.
Infecta similar que WT los receptores ACE2, ...
5/
e igual o peor que las células Vero E6.
6/
Los "titers" virales también fueron menores.
7/
Omi-S tiene mayor capacidad infectiva que omicron.
Sí. Pero porque WT también la tiene.
Recordemos que la edición genética se hace sobre WT, y se le pone S de omicron. O sea que Omi-S "pierde" con respecto a su "backbone" que es WT.
8/
Otro aspecto importante es q se usó una linea genética de ratón muy susceptible a #SARCoV2 (K18-126 hACE2).
Todos los 🐁🐁 infectados con WT murieron.
Mientras, todos los ratones infectados con Omicron sobrevivieron.
¿Qué pasó con los ratones infectados con el virus editado?
9/
que murieron el 80% de ellos. Es decir, sobrevivieron más que los infectados con la WT. Así que el virus editado tampoco ganó en mortalidad de estos ratones muy susceptibles a la enfermedad.
10/
Por todo esto, mi *opinion* es que es un estudio con un virus editado y creado en laboratorio, pero no un estudio de ganancia de función.
Gente como @Virusemergentes, con quien he comentado el estudio, puede tener opiniones mucho más competentes que la mía.
11/
Las 2 conclusión más importante que yo sacaría del estudio:
⏹️La variante WT es más peligrosa para los ratones del estudio que Omicron.
⏹️La patogenicidad del #SARSCoV2, va mucho más allá de la proteína SPIKE. (no todo es Spike)
12/
Como digo es mi opinión propia, y son los organismos competentes los que determinan si lo son o no.
De hecho el estudio ha sido aprobado por los comités de bioseguridad compentes.
13/
Espero que os ayude a evaluar mejor las noticias que salgan en los próximos días.
Si te ha resultado interesante agradezco RT.
fin.
14/14

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Oct 19
En 🇦🇺 han publicado como sería su sistema de vigilancia genómica ideal para la #COVID19.
Un sistema global basado en #OneHealth, integrando la situación epidemiológica, las características de los brotes y las dificultades q conlleva la secuenciación.
Te cuento
#abroHilo 🧵
1/n Image
Australia ha sido uno de los países que mantuvo la estrategia zeroCovid (hasta omicron), secuenciando un alto porcentaje de las muestras +.
Y les ha permitido inferir transmisión local en circunstancias particulares. Por ejemplo en los hoteles cuarentena.
theage.com.au/national/victo…
Pero a partir de omicron, mantener esos niveles de secuenciación ha sido tarea imposible. Image
Read 17 tweets
Sep 5
Spoiler Alert about my talk today at #EAAP2022
World methane emissions have increased in the last 1.5 century. Mainly since 1950. Are we eating more meat and drinking more milk?
...
Well, maybe. Food security and availability have increased in the last century. But the main point is that the human population has increased exponentially, also since 1950.
We need more animal protein to feed a growing population.
...
But the main increased occurred in developing regions.
Think twice if you think we need to eat less animal products.
...
Read 4 tweets
Sep 5
Spoiler Alert sobre mi charla en #EAAP2022
Las emisiones mundiales de metano procedente de los rumiantes han aumentado en el último siglo y medio. Sobre todo desde 1950.
¿Es que comemos más carne y bebemos más leche?
¿Hay demasiados rumiantes en el planeta?
#minihilo 🧵va
1/n
Comemos más 🥩y bebemos más🥛xq la población mundial ha aumentado exponencialmente desde ~1950, que si os fijáis coincide con el aumento de emisiones de metano.
Más personas q alimentar ⬆️ necesidades de proteína animal.
¿En los países de nuestro entorno se come demasiada carne?
Habría que evaluar donde está el óptimo, pero lo que dicen los datos es que hemos reducido en Europa del Este se ha reducido mucho, y en Europa occidental y EEUU se han mantenido + o - constantes las emisiones desde 1970.
¿Dónde han aumentado entonces?
Read 8 tweets
Aug 14
En este hilo explico los 2 artículos publicados recientemente en Science que evidencian al mercado de Huanan como el origen de la pandemia, y dan al traste con la teoría de la fuga de laboratorio.
Abro super Hilo🧵👇
(1/17)
1⃣ Hubo 2 introducciones con 2 linajes diferentes al inicio de la pandemia (linajes A y B). Linaje B en Oct-Nov2019, y el linaje A apareció un par de semanas después. science.org/doi/10.1126/sc…
Estos dos linajes varían en 2 mutaciones. Sabemos que no son errores y realmente son linajes diferentes porque aparecen secuencias intermedias entre ambos linajes al inicio de la pandemia, localizadas en el tiempo y el espacio al inicio de la pandemia.
Read 18 tweets
Feb 19
Se ha quedado buena tarde para hablar del sitio de corte de furina del SARSCoV2.
Abro hilo 🧵
1/14
#SARSCoV2 tiene 4 aminoácidos al inicio de los dominios unión al receptor (S1) y el de fusión (S2), que no están presentes en otros coronavirus. Ese curioso motif es PRRA.
La secuencia completa del sitio es SPRRAR|S.
+
Aunque el papel de este sitio de corte es importante, en realidad la activación de la proteína de la espícula es compleja, con más de un sitio de unión y mediada por la respuesta de nuestras células.
+
Read 14 tweets
Jan 24
Que tienen de particular las mutaciones de omicron BA.2❓
Sus mutaciones difieren con BA.1 sobre todo en los genes que codifican para las proteínas ORF1a y ORF1b.
Entre los dos codifican para 16 proteínas no estructurales.
+
Entre ellas, algunas importantes para la replicación del virus, como la NSP9 o la NSP10.
Otras ayudan al #SARSCoV2 a esconderse del sistema inmune como la NSP15.
+
Todavía no sabemos el efecto de estas mutaciones, pro viendo su evolución, me inclino a pensar q estas mutaciones aleatorias podrían haber "hackeando" nuestro sistema inmune. Producen una replicación más rápida del virus, no dando tiempo al sistema inmune a desatar la respuesta
+
Read 5 tweets

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