Thread by @OscarGenomics

Alina Chan (coautora del libro Viral: origins of the COVID19) ha publicado su preprint sobre el origen del #SARSCoV2.
Como los preprints están para una revisión pública vamos a ellos.
#abrohilo 🧵(un poco largo esta vez)
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El preprint se puede leer desde este link zenodo.org/record/7262462… en zenodo. Alina lleva quejándose meses de que su artículo no ha sido aceptado en revistas científicas, y que los revisores tenían conflicto de intereses.
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Ahora todos podemos leerlo y ver realmente la calidad del trabajo.
Primero, el trabajo carece de una estructura adecuada y un objetivo claro (que es lo mínimo que se pide a un paper científico). Parecería más bien un comentario que una revisión.
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Se puede intuir a lo largo del paper q el objetivo es probar q las evidencias sobre el origen zoonótico del virus #SARSCoV2 no son válidas.
El artículo empieza criticando que no se haya encontrado el hospedador intermedio. Dice q a pesar de haber muestreado extensamente...
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"To date, tens of thousands of animals have been sampled and tested by independent groups for SARS-CoV-2 or closely related viruses, and none have been found in the Wuhan markets or its wildlife trade supply."
y da 3 citas:
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Wang et al., 2022
He et al., 2022
World Health Organization, 2021
que me he preocupado de buscar y leer.
En Wang et al. 2022, solo se muestrearon 28 mamíferos de 4 especies, y 334 murciélagos en Xiaogan y Jingmen (regiones limítrofes o cercanas con Wuhan).
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En el estudio de He et al. 2022 se muestrearon animales destinados a cacería. En la mayoría de las especies de esos animales no se ha encontrado susceptibilidad a #SARSCoV2, o sea que podrían no infectarse con el virus, y por tanto en ningún caso dar + a una RT-PCR.
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Además, la mayoría de animales procedían de sitios de cria, y no eran animales salvajes ni de trafico/comercio ilegal.
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En el informe de la WHO, las muestras mencionadas en son anteriores a 2020, y la mayoría de muestras eran de especies tampoco susceptibles al virus, o bien provenían de centros de cria (no salvajes).
La propia Alina lo reconoce unas lineas más abajo
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Pero es que además, los virus con mayor similitud al SC2 se han encontrado en Yunnan, China (e.g. RaTG13, RmYN02, and RpYN06) y Laos (e.g., BANAL-20-52), que no son justo los sitios donde se realizaron los muestreos anteriormente citados.
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Ciertamente aún no se han encontrado animales positivos a SC2 ligados al mercado o al inicio de la pandemia. Esto SOLO quiere decir que LOS animales que se han testado no eran positivos a SC2 EN EL MOMENTO del muestreo.
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Pero en ningún caso que no haya otros animales que pudiesen haber sido positivos a SC2, o incluso que esos mismos animales que se testaron pudieran haberlo estado en momentos anteriores.
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Se supone que la autora se ha leído estos artículos, y por tanto incluirlos como prueba de que se haya hecho una búsqueda exhaustiva sólo puede ser entendido como una falta de rigor absoluto en el planteamiento, y por tanto ...
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... debe ser rechazado en cualquier proceso de revisión por pares mínimamente bien hecho.

Pero sigamos con la evaluación del artículo:
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El artículo continua basando su crítica en 3 aspectos que apoyan el origen zoonotic del virus:

1⃣El cluster de casos al inicio de la pandemia en el mercado de Huanan.
2⃣La venta de animales salvajes en el mercado.
3⃣Las muestras positivas a SC2 encontradas en el mercado.
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1⃣
Alina dice que no se sabe aún si el virus fue metido en el mercado a través de un animal o una persona. Para ello se apoya en unas variantes del virus distintas que Bloom dijo que existían en una secuencias borradas y no ligadas al laboratorio.
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Pero esas secuencias fueron realizadas con la tecnología ONT y son de dudosa fiabilidad, con muchos errores, posiblemente el motivo de su eliminación de las bases de datos. Si uno sube unas secuencias de dudosa calidad a un repositorio, y después ...
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... resulta q surge una pandemia mundial de un virus secuenciado millones de veces, ese uno puede no querer quedar como un chapuzas ante los colegas con unas secuencias de dudosa calidad. A pesar de ello, Bloom (y Alina) les han dado una importancia q no tienen.
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Además, en el trabajo de Pekka publicado en Science se establecen 2 linajes iniciales posibles al inicio de la pandemia. Esos linajes de Bloom no aparecen por ningún sitio en toda la pandemia.
science.org/doi/10.1126/sc…

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Si fuesen linajes reales, aunque no hubieran proliferado, se tendrían que ver en alguna de las muestras y en los análisis filogenéticos. ➡️ Casi con toda seguridad son errores de secuenciación.
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2⃣
En el mercado se vendían animales susceptibles a SC2 entre 2017 y 2019. Alina dice que no está claro que a finales de 2019 se siguiesen vendiendo animales salvajes en el mercado.
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Sin embargo Xiao et al. 2021 muestran que se venden una media mensual de 68 animales salvajes susceptible al SC2 en Wuhan. Bastaría con que uno de ellos hubiese estado infectado durante el transporte o en el mercado para iniciar la transmisión.
nature.com/articles/s4159…
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El artículo dice que no hay registros de murciélagos o pangolines vendidos en Wuhan. No se necesita vender estos animales para iniciar la transmisión. Con que se vendan o trafique con cualquier otro animal susceptible (y ya hemos visto que los había) seria suficiente.
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Esto sin tener en cuenta el comercio ilegal no registrado. Este no aparece en los datos, pero sigue siendo una posibilidad que Alina no demuestra que no exista.
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3⃣
Las muestras +vas a SC2 encontradas en suelo y estanterías de los puestos, baños y desagües del mercado de Huanan. El artículo argumenta q en sitios donde hay transmisión (como en el crucero Diamond Princess, o en hospitales) también se encontraron muestras ambientales.
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Y q las muestras se cogieron entre enero y marzo cuando ya había transmisión comunitaria. No entiendo muy bien cual es el razonamiento aquí. Si el mercado fue el 1er sitio (cronológicamente) donde se ven esas muestras ambientales➡️probablemente fuese el inicio de la pandemia
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También argumenta que alguna de las muestras se recogiesen en marzo, y pudo haber contaminación. Pero no tiene en cuenta que el mercado había sido clausurado el 1 de enero de 2020. Y limpiado y desinfectado por razones sanitarias.
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Por eso las muestras positivas son pocas y sin un vinculo claro con los primeros casos. Pero a pesar de ello señalan al mercado y sus estantes.
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Después de estos 3 puntos el artículo menciona que hubo sesgo de muestreo porque solo se muestreaban los casos ligados al mercado.
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Sin embargo este criterio se eliminó dias más tardes.

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Alina dice q esto PUEDE tener un efecto en los análisis. Cuando alguien intenta publicar un paper q critica otro, debe hacer algún tipo de demostración matemática o estadística que verifique su hipótesis. Si no lo hace ( y el artículo no lo hace), sigue siendo una conjetura.
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La ultima parte del paper compara el caso del SARS-CoV con el SARS-Cov-2. Tanto en los brotes de 2002 como de 2003 se investigaron los casos en humanos y los posible animales hospedadores intermedios. Se encontraron animales y humanos positivos a SC1 en restaurantes.
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Pero no se ha determinado si fueron los animales los que contagiaron a los humanos o viceversa. Y nunca se ha planteado duda al respecto. Pero curiosamente este es uno de los argumentos usados por los proponentes de la fuga de laboratorio del #SARSCoV2.
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Alina dice en su paper que en el brote del SARSCoV1 todo fue mucho más rápido que con SC2. Lo cual no es cierto. Se tardó 5 meses en ver seroprevalencia en los tratantes de animales, 3 años en trazar el origen a murciélagos, y ...
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...una década en encontrar el ancestro más cercano con un 96% de parecido genómico. Este virus fue encontrado en Yunnan (lejos de Guangdong donde se originó el brote). Cerca además de donde se ha encontrado el ancestro más cercano conocido a SC2 hasta la fecha.
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Este virus con más parecido al SC2 es el BANAL-52 con un 96.8% de homología (muy similar al caso del SC1).
Es sorprendente que todos los argumentos que usa para poner a SC1 como ejemplo de salto zoonótico probado, no le valgan como argumentos para el SC2.
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Tras esto, el paper finaliza con las conclusiones de que es pronto para decir que el origen de la pandemia sea debido a un salto zoonótico, y que hay que fijarse en los informes de SAGO y de TheLancet que son mucho más acertados en el enfoque.
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En ningún momento del artículo se menciona cual es el enfoque de esos informes y por tanto no es una conclusión que se pueda extraer del artículo. Cualquiera que haya escrito un paper científico sabe que un requisito básico para ...
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...la publicación es que las conclusiones estén apoyadas por los resultados y métodos usados.
Y ya está, ni un dato, ni un análisis propio, ni una demostración...NADA. Y a pesar de todo Alina se sorprende de que los revisores hayan rechazado su paper.
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No voy a expresar mi conclusión tras leer el paper porque me parece una tomadura de pelo siquiera plantear que esto deba tomarse en serio. Pero allá cada cual...
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