#拡散希望 G2P-Japan🇯🇵の論文第15弾「#S375F:オミクロンBA.1を特徴づける変異」を、iScience @iScience_CP に発表しました。初代オミクロン である #BA1 の特徴が、#S375F というスパイクのたったひとつの変異で規定されることを解明しました。
以下、本研究の概要です。1/6
cell.com/iscience/fullt…
#オミクロン BA.1株は、①スパイクタンパク質の開裂効率の低下と、②低い膜融合活性、というふたつの特徴を持つことが明らかになっています。

参考:G2P-Japan🇯🇵論文第5弾↓
nature.com/articles/s4158…

しかし、スパイクタンパク質のどの変異がこれらの特徴を決めているのかは不明でした。2/6
1️⃣本研究ではまず、大規模なスクリーニング実験の結果、BA.1株の上記のふたつの特徴は、スパイクタンパク質のreceptor binding domainに規定され、その中でも特に、#S375F というたったひとつの変異によって特徴づけられることを明らかにしました。3/6
2️⃣次に、分子系統学解析の結果、南アフリカ🇿🇦での流行最初期(2021年9月頃)において、BA.1株は、S375F変異を獲得した直後に劇的に流行拡大したことを明らかにしました。この結果は、S375F変異の獲得によって、BA.1株に流行拡大に寄与する機能が付与されたことを示唆します。4/6 Image
3️⃣そして、詳細な構造生物学解析により、スパイクタンパク質のF375残基がH505残基とπ-π相互作用を形成すること、そしてそれが、BA.1株の ①スパイクタンパク質の開裂効率の低下、および、②低い膜融合活性、につながることを解明しました。5/6 Image
▶️ 最後に、本研究のまとめのポンチ絵です。本研究も、G2P-Japan🇯🇵の特色であるマルチスケールな学際融合(ウイルス学、細胞生物学、分子系統学、構造生物学)による研究成果になります。6/6 Image
(余談ですが、これはこれまでのG2P-Japan論文の中でいちばん難産な論文でした...。なぜかエディターやレビュアーに嫌われ続け、いろいろな雑誌を放浪し、初投稿からアクセプトまで、結局7か月以上もかかってしまいました...。)
参考まで、この仕事のオリジナルのプレプリントに関するツイートはこちら↓ 今年の4月4日のツイートでした。ちょうど8か月前…😷

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Dec 5
BREAKING🔔 The 14th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out @biorxivpreprint. We illuminated the evolutionary rule underlying the convergent evolution of #Omicron and the virological characteristics of one of the latest lineages of concern, BQ.1.1. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. However, some lineages have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346, K444, L452, N460 and F486. 2/
Omicron BQ.1.1 (aka #Cerberus), a descendant of BA.5, bears all five substitutions at the convergent sites: #R346T #K444T #L452R #N460K #F486V. 3/ Image
Read 9 tweets
Dec 5
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵のプレプリント第14弾「オミクロン亜株の収斂進化とBQ.1.1の性状解析」をbioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、オミクロン亜株の進化を描出し、 #オミクロン BQ.1.1(通称 #ケルベロス)の特徴を解明しました。以下まとめ⬇️ 1/
biorxiv.org/content/10.110…
2022年半ばのBA.5株の出現以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、これまでのような「全とっかえ」の置き換わりが進んでいません。また逆に、世界中で多様化した #オミクロン亜株#収斂進化 していることが指摘されています。2/
2022年末現在、その最先端に位置するのが、5つのスパイクの収斂進化サイトの変異(#R346T #K444T #L452R #N460K #F486V)をコンプリートした、BQ.1.1株です。添付の系統樹が示すように、BQ.1.1はBA.5の子供にあたる株です。3/ Image
Read 10 tweets
Dec 5
BREAKING🔔 The 15th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at iScience @iScience_CP. We revealed that the virological features of #Omicron BA.1 variant are determined by the spike #S375F mutation. Please RT. 1/6
cell.com/iscience/fullt…
We have demonstrated that the Omicron BA.1 spike exhibits 1) decreased efficiency of spike cleavage and 2) attenuated fusogenicity:
Cf. The 5th paper from G2P-Japan🇯🇵↓
nature.com/articles/s4158…
However, it remained unclear which mutation(s) determine these BA.1’s features. 2/6
1️⃣Our comprehensive screening experiments revealed that these BA.1's features are determined by its receptor binding domain and particularly, only #S375F mutation is responsible. 3/6
Read 7 tweets
Oct 10
BREAKING🔔 The 14th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Cell Host & Microbe @cellhostmicrobe. #Omicron BA.2.75 (aka #Centaurus) seems to be more contagious than BA.5 and more pathogenic than the original BA.2. Please RT. 1/16
cell.com/cell-host-micr…
BA.2.75, emerged in India🇮🇳, is classified as VOC-LUM (variant of concern linage under monitoring) by WHO on July 7. Here we elucidated the transmissibility, sensitivity to antiviral immunity & drugs, and intrinsic pathogenicity of BA.2.75. 2/16
who.int/activities/tra…
BA.2.75 is a descendant of BA.2. However, BA.2.75 is phylogenetically different from BA.5, the currently predominant BA.2 descendant. BA.2.75 spike bears nine substitutions, but only a substitution is shared with BA.5 spike. 3/16 Image
Read 16 tweets
Oct 10
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第14弾(カウントどこかでずれてました)を、Cell Host & Microbe @cellhostmicrobe に発表しました。本研究では、#オミクロン BA.2.75株(通称 #ケンタウロス)のウイルス学的性状を解明しました。
以下、本研究の概要です。1/18
cell.com/cell-host-micr…
2022年5月、インド🇮🇳で、スパイクタンパク質に新たな変異を獲得した #オミクロン 系統の亜株「BA.2.75」が確認されました。BA.5による第7波真っ只中の日本においても、BA.2.75の市中感染は各所で確認されています。2/18
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who.int/activities/tra…
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Sep 14
BREAKING🔔 The 10th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Cell @CellCellPress . #Omicron BA.5 variant is more contagious and pathogenic than BA.2 variant. Please RT. 1/8
cell.com/cell/fulltext/…
Recently, Omicron BA.2 subvariants that bear additional substitutions in the spike proteins emerged and started outcompeting original BA.2 - e.g., BA.2.12.1 (+L452Q/S704L) in US🇺🇸 and BA.4 & BA.5 (+L452R/HV69-70del/F486V/R493Q) in South Africa🇿🇦. 2/8
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