Thread by @SystemsVirology

#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵のプレプリント第14弾「オミクロン亜株の収斂進化とBQ.1.1の性状解析」をbioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、オミクロン亜株の進化を描出し、 #オミクロン BQ.1.1（通称 #ケルベロス）の特徴を解明しました。以下まとめ⬇️ 1/
biorxiv.org/content/10.110…

2022年半ばのBA.5株の出現以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、これまでのような「全とっかえ」の置き換わりが進んでいません。また逆に、世界中で多様化した #オミクロン亜株 が #収斂進化 していることが指摘されています。2/

https://twitter.com/dfocosi/status/1575836076089823232?s=20&t=P4COtUsJ2_LztpucW6DS5w

2022年末現在、その最先端に位置するのが、5つのスパイクの収斂進化サイトの変異（#R346T #K444T #L452R #N460K #F486V）をコンプリートした、BQ.1.1株です。添付の系統樹が示すように、BQ.1.1はBA.5の子供にあたる株です。3/

本研究ではまず、@jampei2 と@SpyrosLytrasによる分子系統学と流行ダイナミクスの学際融合解析によって、①上記5つのサイトの収斂進化が複数のオミクロン系統で同時多発的に起きていること、②その頻度が特にBA.4/5系統で高いことを明らかにしました。4/

さらに、③上記5つの収斂進化サイトの変異がすべて実行再生算数の上昇に寄与すること（図左）、④この5つの変異をコンプリートしたBQ.1.1がもっとも高い相対実行再生産数（Re）を示すこと（図右）を明らかにしました。5/

次に、細胞実験によって、①BQ.1.1はBA.5に比べて、BA.2やBA.5のブレイクスルー血清に対して顕著な抵抗性を示すこと、②BQ.1.1の融合力はBA.5の2.4倍（BA.2の4.6倍！）高いことをそれぞれ明らかにしました。6/

G2P-Japanによるデルタ株（第5弾@Nature）、オミクロンBA.1株（第7弾@Nature）、BA.2株（第10弾@CellCellPress）、BA.5株（第12弾@CellCellPress⬇️）、BA.2.75株（第14弾@cellhostmicrobe）の研究から、スパイクの融合力とハムスターでの病原性には強い正の相関があることが示唆されています。7/

https://twitter.com/systemsvirology/status/1569948627413667841

「オミクロンBA.2一家」の子どもたちであるBA.5とBA.2.75は、先祖であるBA.2よりも融合力が高く、ハムスターでの病原性が高いことも示しています。つまり、BA.5の2.4倍（BA.2の4.6倍！）も融合力が高いBQ.1.1は、BA.5よりも病原性が増強されていると予想されたのですが... 8/

予想に反し、BQ.1.1の病原性はBA.5と同程度か、それよりも低いことがわかりました。この結果は、①オミクロンの病原性はもう最大まで高まっていて、BA.5あたりの病原性がマックス、②融合力upによって高まった病原性ポテンシャルをスパイク以外の変異で弱めている、などの可能性が考えられます。9/

多様化からの収斂進化、というまたも予想外な進化を見せる新型コロナですが、BQ.1.1はおそらく本邦の年末年始以降の第8波の主流になる変異株のひとつです。オミクロンの今後の進化の方向性を予想するのは難しいですが、第8波の波の動向については、やはりみなさんの感染対策次第かと思います🙏 10/10