La propagation de l'épidémie en France.
🔹On constate deux importations d'Italie.
🔹La seconde plus tardive en Alsace a bénéficié d'un événement de super-spreading lors de la réunion évangélique.
#phylogenetic #SARSCoV2 #covid19 @nextstrain nextstrain.org/ncov?c=gt-nuc_…
🔹On constate deux importations d'Italie.
🔹La seconde plus tardive en Alsace a bénéficié d'un événement de super-spreading lors de la réunion évangélique.
#phylogenetic #SARSCoV2 #covid19 @nextstrain nextstrain.org/ncov?c=gt-nuc_…
Pourquoi j'affirme que le sous-arbre vert est celui de Mulhouse : les dates, les lieux, l'homme de 86 ans à Thise nextstrain.org/ncov?s=France/… macommune.info/coronavirus-10…
Le fait qu'il y a deux gros foyers épidémiques bien identifiés en France : IDF et Alsace.
Le fait qu'il y a deux gros foyers épidémiques bien identifiés en France : IDF et Alsace.
Par ailleurs 912/1373 (66%) des séquences européennes tombent dans l'arbre Italien, je pensais que c'était plus. Il y a des pays qui séquencent beaucoup plus que d'autres mais ce sont souvent ceux qui surveillent leurs voyageurs donc plutôt bien répartis.
21/35 des séquences africaines tombent dans les deux sous-arbres français. 😢
Le Congo est devenu expert en séquençage (Ebola).
Le Congo est devenu expert en séquençage (Ebola).
L'affaire des 30 skieurs Islandais revenus d'Autriche qui ont exactement les mêmes séquences que l'Oise est problématique. Je me demandais si c'était une erreur de saisie mais non ils ont même publié un article dessus. medrxiv.org/content/10.110…
J'ai modifié mes clades : celle de l'Oise a une mutation de plus qu'une autre et j'ai regroupé un sous-arbre italien sur 3 pays.
babarlelephant.free-hoster.net/dist/ncov.html…
babarlelephant.free-hoster.net/dist/ncov.html…
🔹Si on enlève le Royaume-Uni qui a des importations spécifiques alors 77% des séquences de l'UE sont dans l'arbre italien.
🔹85% des séquences françaises sont dans les sous-arbres Fra, Oise et Mulhouse.
🔹 Si > 1000 décès je surveille dans quelle clade on trouve les séquences.
🔹85% des séquences françaises sont dans les sous-arbres Fra, Oise et Mulhouse.
🔹 Si > 1000 décès je surveille dans quelle clade on trouve les séquences.
Comment des pays font pour envoyer 300 séquences ? C'est la méthode illumina multiplex :
rétrotranscrire et couper et amplifier les 300 génomes séparément, ajouter un barcode (courte séquence) différent à chacun, puis séquençage Illumina tous en même temps
rétrotranscrire et couper et amplifier les 300 génomes séparément, ajouter un barcode (courte séquence) différent à chacun, puis séquençage Illumina tous en même temps
Deux hypothèses pour l'introduction en Italie, la plus probable dépend de la date à laquelle on suppose que s'est faite l'introduction, avant ou après la confinement en Chine et les tests des gens qui en reviennent en Europe.
Sur la saisonnalité de l'épidémie la situation est assez claire : il y a certainement un impact sur la vitesse de propagation, comme beaucoup d'autres facteurs, et il ne faut pas rêver, au Brésil ils ont 1700 morts.
Si les gens pouvaient arrêter de parler de symptômes neurologiques concernant la perte d'odorat ce serait bien. C'est juste une infection superficielle qui génère une grosse inflammation localisée près des récepteurs olfactifs.
lalsace.fr/fil-info/2020/… La phylogénie dit le contraire. Aussi bien Paris, Lyon que la France entière penchent vers 32% Mulhouse, 55% Oise pour l'origine des cas. babarlelephant.free-hoster.net/dist/index_get…
Il y a pas mal d'articles tous +/- navrants sur la phylogénie. google.fr/search?q=phylo…
Quelqu'un a pu lire les deux du monde, sont-ils mieux ?
Le seul 👍 pourlascience.fr/sd/genetique/l…
Quelqu'un a pu lire les deux du monde, sont-ils mieux ?
Le seul 👍 pourlascience.fr/sd/genetique/l…
Toujours l'idée des clades pour essayer de comprendre comment s'est propagée l'épidémie de France et des USA. babarlelephant.free-hoster.net/dist/index_get…
Entre le 12 et le 13/03 les norvégiens (je sais pas ce qu'ils fument) pensent avoir trouvé 377 cas confirmés de norvégiens revenant d'Autriche (ski) ce qui représente presque autant que tous les cas confirmés en Autriche à cette date. La veille ils revenaient de Suède et Danemark
Pasteur a publié un preprint sur la phylogénie française biorxiv.org/content/10.110…
@SimonLoriereLab
Il y a aussi lesechos.fr/economie-franc…
Ils ont le même genre d'interrogation que moi, sauf qu'ils n'ont pas vu que l'origine Italienne est +/- ÉVIDENTE
NH004 necn.com/news/national-…
@SimonLoriereLab
Il y a aussi lesechos.fr/economie-franc…
Ils ont le même genre d'interrogation que moi, sauf qu'ils n'ont pas vu que l'origine Italienne est +/- ÉVIDENTE
NH004 necn.com/news/national-…
Pas mal de séquences d'Occitanie (Toulouse) ont été publiées, elles montrent qu'il y a eu deux variantes, celle de Mulhouse plus une spécifique à l'Occitanie avec une mutation de plus que la clade ItaUkNeBeDeSwiBra (l'ordre des pays reflète à peu près la probabilité)
Concernant l'histoire des shuttle vector , dans
biorxiv.org/content/10.110…
un labo Suisse&Allemand a réussi à synthétiser le génome de SARS-CoV-2 puis via électroporation dans des cellules à faire 'revivre' un virus parfaitement identique
ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/MT1…
biorxiv.org/content/10.110…
un labo Suisse&Allemand a réussi à synthétiser le génome de SARS-CoV-2 puis via électroporation dans des cellules à faire 'revivre' un virus parfaitement identique
ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/MT1…
Le mystère des voyageurs d'Egypte qui ont les mutations de l'Oise..
Ceux des USA ont deux mutations de différence avec le gros de l'épidémie de New York, ils sont à la racine d'une clade mineure répartie sur plein d'états.
Egypte -> Turquie à la même date est plausible.
Ceux des USA ont deux mutations de différence avec le gros de l'épidémie de New York, ils sont à la racine d'une clade mineure répartie sur plein d'états.
Egypte -> Turquie à la même date est plausible.
Ajouter l'origine des voyageurs change toute la compréhension qu'on a de la phylogénie, malheureusement les pays/labos ne communiquent presque pas ces informations et peu de gens font ce travail d'aller chercher dans la presse l'histoire de telle séquence.
Une information un peu passée sous silence : il y a plusieurs Pangolin-CoV, celui qui a 92% de similarité et dont le RBD est plus proche que RaTG13 est issu du #PangolinOutbreak de mars 2019,
16 sur 21 Pangolins saisis à un trafiquant à Guangdong qui meurent.
16 sur 21 Pangolins saisis à un trafiquant à Guangdong qui meurent.
3 ou 4 élevages de visons aux Pays-Bas où les animaux ont été contaminés, le séquençage indique qu'un employé a été contaminé par l'un des animaux.
Dans biorxiv.org/content/10.110… ils ont fait des simulations d'épidémie-mutation pour tester si c'était probable que BavPat1 et WA1 soient les patients 0 respectivement de l'arbre Européen et Ouest-Américain.
La mine où ils ont trouvé RaTG13, ils y ont été parce que 3 mineurs sont morts de pneumonie en 2012. Un nouveau Henipavirus avait été trouvé dans la mine. Mais rétrospectivement.. Le Wuhan Institute of Virology a #caché ces informations.
Ils ont séquencé plein de marins du Charles-de-Gaulle mais ils ont "oublié" de les publier. Les deux séquences rouges un peu isolées ne sont pas si isolées que ça en nombre de mutations.
defense.gouv.fr/content/downlo…
defense.gouv.fr/content/downlo…
Plein de nouvelles séquences de chauve-souris (400 nucléotides dans la RdRp) ont été publiées, une phylogénie avec celles de Sarbecovirus
babarlelephant.free-hoster.net/tree/rdrp_sars…
biorxiv.org/content/10.110…
babarlelephant.free-hoster.net/tree/rdrp_sars…
biorxiv.org/content/10.110…
Sur Francesoir et hydroxychloroquine, la probabilité de tirer ces données pour ceux traités dans les deux premiers jours, si ce sont bien celles que j'ai utilisé, est assez faible et suggère peut-être un effet (très) léger de l'HCQ, cacher ces probas derrière des tests c'est mal.
La fonction principale des anticorps c'est marquer les virus et cellules infectées pour activer plein de mécanismes de destruction. Mais est-ce que les lymphocytes B se reproduisent plus vite si leurs anticorps marchent mieux en condition réelle ?
Cette figure que vous voyez passer : rien à voir avec la réalité, c'est le produit d'un algorithme (qu'ils ont fait tourner sur leur arbre avec 15000 séquences anglaises), ils n'ont utilisé aucune donnée réelle de travel history.
Comparez avec les vraies importations en Ecosse
Comparez avec les vraies importations en Ecosse
Incredible, a public data file contains the detailed outcome of 250000 Brazilian patients with acute respiratory symptoms in 2020, among them 32427 deaths by Covid.
#surgisphere
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