Deux versions (donc deux importations) de SARS-CoV-2 se baladent en Alsace fin février : celle du sud Espagne et celle d'Allemagne-Italie-Suisse-Pays-Bas.
0.05% de différence entre deux donc peu de chance de corréler à une différence de virulence ou contagiosité. @Brevesdepresse
0.05% de différence entre deux donc peu de chance de corréler à une différence de virulence ou contagiosité. @Brevesdepresse
Si on regarde les séquences des pays voisins de la France on couvre une bonne partie de l'arbre. Il y a eu une petite dizaine d'importations épidémiques en Europe et certainement plus que deux d'entre elles circulent en France. nextstrain.org/ncov?c=country… 
@InstitutPasteur a enfin publié ses séquences de début mars de Haut de France, Ile de France et Grand Est. Sans surprise elles tombent dans le gros sous-arbre européen. La France a commencé à y créer son sous-arbre et a exporté aux USA et Pays-Bas.
nextstrain.org/ncov?f_country…
nextstrain.org/ncov?f_country…
Il y a suffisamment de séquences des Haut de France pour que ça soit représentatif de l'Oise ce qui met un terme à la théorie de l'import direct de Wuhan par la base de Creil. @SimonGourru
Le sous-arbre européen montre qu'une même suite de contaminations a essaimé dans tous les pays européens en février, profitant du fait que seuls les gens liés à un cas confirmé ou à la Chine étaient testés.
La diversité des exportations rend certain que l'épidémie de l'Oise (HF) est celle qui se répand partout en France notamment Paris, sauf peut-être Alsace. Issue d'une seule importation qui commence à contaminer dans la première semaine de février.
virological.org/t/update-repor… nous apprend qu'il y a une deuxième souche en Lombardie, importée une ou deux semaines plus tard autour du 1er février, qui a exporté aux Pays-Bas et Royaume-Uni. nextstrain.org/ncov?c=divisio…
Cette souche minoritaire italienne a provoqué un cluster en Bretagne le 1er mars.
Hormis peut-être en Alsace, le virus qui circule en France c'est celui issu d'une seule importation dans l'Oise.
Hormis peut-être en Alsace, le virus qui circule en France c'est celui issu d'une seule importation dans l'Oise.
Après celles en orange de nouvelles séquences françaises en vert. Comme il y a des séquences de Compiègne des deux couleurs je ne pense pas que ça suggère une deuxième importation. C'est juste deux mutations qui se sont produites tôt dans la propagation de l'Oise au reste du pays
Une autre visualisation où au lieu de construire l'arbre directement il en essaye plein et donne des probabilités à chaque arbre/sous-arbre, seulement si la probabilité est assez haute il regroupe dans un sous-arbre. La France forme alors 3 sous-groupes
La phylogénie française se complique avec des séquences en Jaune centrées sur Lyon. Ce cluster contient quelques séquences de l'Oise mais les mutations laissent un doute sur une possible seconde importation. nextstrain.org/ncov?c=gt-nuc_…
La morale de l'histoire c'est aussi que début mars la France exporte partout
L'Islande a très bien surveillé ses voyageurs et grace à ça on apprend :
- Que la plus grosse branche de l'arbre européen est en fait majoritairement italienne.
- 15 skieurs revenant d'Autriche tombent dans le sous-arbre de l'Oise-Paris. politico.eu/article/the-au…
- Que la plus grosse branche de l'arbre européen est en fait majoritairement italienne.
- 15 skieurs revenant d'Autriche tombent dans le sous-arbre de l'Oise-Paris. politico.eu/article/the-au…
