Приболела я на этой неделе. НЕ коронавирус, простуда. Но все равно протемпературила и башка залита бетоном. Поэтому силенок мало, и напишу коротенький тред на тему
ТЕСТЫ НА КОРОНАВИРУС
Садитесь поудобнее.
1/х
А) О научных достижениях недели с акцентом на генетику коронавируса.
До сих пор не видно подтверждений о том, что высокая смертность в Европе связана с агрессивной мутацией или возникновением нового штамма (S и L).
Мутации, различающие штаммы S и L не находятся в части белка S, на основе которого идет разработка вакцины. Это очень хорошо.
Б) МАСКИ ЭФФЕКТИВНЫ И ИХ ВСЕ-ТАКИ НАДО НОСИТЬ.
nature.com/articles/s4159….
Даже простые маски могут значительно уменьшить число вдыхаемых вирусных частиц. В этом дебате можно спокойно ставить точку.
Работаю в основном дома, но не по теме вируса. Лекции, консультации, административка, итд.
Все, переходим к главной теме, ТЕСТЫ!
Для начала отмечу, что тест на вирус это не тест на беременность. Он занимает время и требует специального оборудования. Все по порядку.
Мазок берут для диагностики, это самый распространенный вид сбора образцов, его на коронавирус берут всегда.
Мокроту или образцы из нижних дыхательных путей - иногда, для подтверждения диагноза у пациента в интенсивке.
Из всех этих образцов выделяют вирусную РНК.
Итак, есть у нас ватный тампон. Его кладут либо в пластиковый кармашек, либо в пробирку, все маркируется и отвозится в лабораторию. Лаборант отрезает тампон от палочки и кладет его в буферный раствор. Что есть на тампоне?
Тут начинаются различия между методами.
На полученный суп из разных ДНК можно сделать простой тест ПЦР ( ).
Да, вирус постоянно мутирует, но некоторые участки его генома очень консервативны. Вот их и используют для затравок (праймеров).
Простой тест ПЦР быстр (15-30 мин на подготовку и раскапывание, 45-60 мин сам тест + 30-45 мин на форез) и дешев, а ПЦР аппараты широко распространены.
Имеем: 15-30 мин на выделение РНК, 30-45 мин на перевод РНК в ДНК, 30-45 минут смешать реагенты и раскапать их по пробиркам, 1 час сделать ПЦР. Это МИНИМУМ 3 часа.
Есть и более быстрые тесты на основе ПЦР, где вирус определяется уже на стадии перевода его с РНК в ДНК. Но там выше погрешность.
Ученые из Китая и наши, стокгольмские, разработали тест LAMP. Это подвид ПЦР, но намного проще.
![](https://pbs.twimg.com/media/EUvLTJzXkAESaWE.jpg)
Чувствительность ИМБ максимум 60%.
Сам ИМБ я никогда не делала, но делала его двоюродного брата, т.н. блот Саузерна. Возни минимум на три дня. Не знаю, может его улучшили и ускорили, врать не буду.
С видами тестов разобрались. Золотой стандарт в мире - qPCR.
Сейчас весь мир кинулся закупать ватки, растворы и прочие реагенты. В первые недели пандемии, простейшие наборы реагентов стали жутким дефицитом...
К тому плюсуем наличие обученного персонала и ПЦР аппаратов большой мощности.
Т.е. образцов-то оно много, но их еще надо успеть обработать, и не неделю, а БЫСТРО, желательно в течение дня.
А) Ложные отрицательные, даже у чувствительных ПЦР. Тут проблема в том, что иногда не получается полностью растворить бактериальные клетки после переноса их из мазка.
Б) Ложные положительные. Это когда фрагменты откопипащенной ДНК начинают витать в воздухе в виде аэрозоля. Они для нас безвредны, но могут осесть на пробирках, буферных растворах, пипетках, итд.
Какие тесты делают в России у меня спрашивать бесполезно, я просто не знаю.
Зная общее положение дел, могу предположить что qPCR аппараты есть далеко не везде.
Все, у нас 8 утра, семья просыпается. Отвечать буду по мере возможности.
Всем огромный привет и БУДЬТЕ ЗДОРОВЫ!