Our new paper on using >2 million national symptom surveys to devise an algorithm for predicting the probability of an individual to test positive for COVID-19 based on answers to 9 simple questions (age, gender, and symptoms)

cell.com/med/fulltext/S… Image
We validated our model on held-out individuals from Israel (auROC of 0.737) and on independently-collected dataset from the U.S., U.K. and Sweden by @timspector Image
We find that loss of taste and small is the most distinctive symptom for predicting a positive COVID-19 test

We find interactions between several symptoms and age, suggesting variation in the clinical manifestation of the disease in different age groups Image
Our tool can be used online to directing the limited testing resources through prioritization of individuals for testing, thus increasing the rate at which positive individuals can be found

individuals at high risk for a positive test result can also be isolated prior to testing
Great work by

Saar Shoer Tal Karady @AyyaKeshet @smadarshilo @H_Rossman @GavrieliAmir @tomer1812 Amit Lavon Dmitry Kolobkov @KalkaIris @Nastya08434121

And collaboration with @timspector @RanBalicer
You can check out the tool here:
hasadna.github.io/avid-covider-p…

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Eran Segal

Eran Segal Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @segal_eran

14 Oct
Lesson from Israel: Do not open schools with a high number of daily cases and high infection rates (R around 1). This will fuel a further surge

Analysis of two populations (secular and orthodox) who opened schools at different times, reaching similar outcomes >>>

@EricTopol
In the secular (non-arab, non-orthodox) population:

1. Surge started a few days after school opening

2. Rise started in kids (including 0–10 years of age), and only then spread to the adults

3. The spread was faster in kids than adults and was highest in kids 0–10 years of age Image
Here is the growth rate R:

R>1: Pandemic spreads
R<1: Pandemic contracts

When we opened schools, R was around 1, and the pandemic was stable, albeit at a high number of cases

The highest rate of spread was two weeks after opening schools, in kids 0–10 years of age Image
Read 5 tweets
12 Oct
תעלומה: איך ייתכן שאחוז החולים קשה והנפטרים החרדים מבין המאומתים נמוך יותר מהאחוז הזה במגזר הכללי גם כשמשווים מאומתים באותם גילאים?

מחשבות שלנו על החידה >>>

@yaircherki @guyzo @kerenmarc @RonnyLinder @Nadav_Eyal
קודם כל למה זו תעלומה?

כי אחוז הבדיקות החיוביות במגזר החרדי גבוה בהרבה משאר המגזרים וזה לכאורה עדות לתחלואה חבויה גבוהה -- הרבה נדבקים שלא אותרו

ואם יש הרבה שלא אותרו, הרי שאחוז הקשים והנפטרים מבין אלו שכן אותרו צריך להיות גבוה יותר אצל החרדים

>>>
פתרון אחד הציע @yaircherki בכתבה שבה חשף הרבה חולים קשה חרדים שלא הולכים לבתי חולים. אבל כפי ששרקי ציין, קשה שלא לרשום את הנפטרים ולכן לפחות את התמותה זה לא מסביר

>>>
Read 11 tweets
11 Oct
בכיוון הנכון:

ברמה ארצית ירידה שבועית של 30% במאומתים, שקול למקדם הדבקה 0.8 שהוצב כיעד בתוכנית היציאה

הירידה גם לפי המגזרים, כולל לראשונה במאומתים חרדים

יש את הסתייגות החגים שעשויה להטות את הנתונים אז צריך עוד להמתין

@guyzo @kerenmarc @RonnyLinder
ברמה ארצית, ירידה גם במאומתים וגם בקשים חדשים מספר ימים לאחר מכן
החרדים עדיין קרוב לחצי מהמאומתים בשבוע האחרון
Read 6 tweets
10 Oct
נקודה מעניינת: יש הבדל במאפייני המאומתים שמגלים כשמגפה מתפשטת לעומת כשמגפה מתכווצת

כשמגפה מתפשטת, הזמן שעבר מארוע ההדבקה (האמיתי, הלא ידוע), קצר יותר, בממוצע, במאומת שמגלים

למה? זה ענין סטטיסטי >>>
כשמגפה מתפשטת, בכל דור יש יותר נדבקים מהדור הקודם. לכן, יש הסתברות גבוהה יותר שבדגימה אקראית מתוך המאומתים נדגום מישהו שנדבק ממש לאחרונה. פשוט כי יש יותר כאלו...

>>>
לדוגמה: נניח שדור הדבקה לוקח 4 ימים ונניח שמקדם ההדבקה הוא 2 למען הפשטות. נניח שבדור הקודם היו 1000 מאומתים. בדור הנוכחי יהיו לכן 2000. בגלל שגם הדור הקודם וגם הדור הנוכחי עדיין חיוביים לקורונה, אזי שבדגימה אקראית של 3000 המאומתים יש פי 2 יותר סיכוי שהמאומת הינו מהדור הנוכחי
Read 8 tweets
8 Oct
בשלישי שעבר כשהיו 812 חולים קשים חזינו שבשלישי זה נגיע לכ-1000 קשים בביה"ח. בפועל העליה הייתה מתונה יותר והיו 889. טעינו. וטוב שכך

אבל לאור דיוק המודל עד עתה, חשבנו שלא סביר שהפער מקרי ואכן בניתוח שעשינו זיהינו ירידה חדה בסיכוי של מאומתים, במיוחד בגיל צעיר יותר, להפוך לחולים קשה
כמו שכתבנו מהתחלה, חוץ מתמונת מצב עתידית שתחזית המודל מספקת, התועלת העיקרית שאנחנו רואים במודל היא ביכולתו להתריע כשמשהו משתנה וזה קורה כשיש פער בין המציאות לתחזית

בפרטים: עד לפני יומיים המציאות תאמה יפה את התחזית, ואז החלה מגמת ירידה בחולים קשה בניגוד להמשך העליה שחזינו
למודל שלנו יש שני חלקים עיקריים, אחד לעבור ממאומתים לחולים קשה, ואחר למדל שחרור ותמותה של חולים קשה.

פירוט נוסף כאן:


הפער הבולט הוא בחולים קשים חדשים. חזינו שיהיו יותר ממה שהיה בפועל
Read 6 tweets
7 Oct
הגל השני: איפה טעינו ומה התובנות העיקריות?

1. לא לפתוח את מערכות החינוך ברמת תחלואה גבוהה ומקדם הדבקה סביב 1. מעבר לזה שהמגפה תתפרץ, הלימודים לא יהיו יעילים בגלל ריבוי בידודים וסגירת כיתות ובתי ספר בעקבות זה

>>>
2. לא לנהג את המגפה לפי סף הקריסה של מערכת הבריאות. זה רק מבטיח את זה שנגיע לסף שנקבע... ובנקודה הזו, רמת התחלואה תהיה בשיא, יהיו הרבה נפטרים, ויקח הרבה מאד זמן להוריד את המספרים. צריך להגיב מהר
3. התפרצות תחלואה בצעירים תוביל בהכרח להתפרצות במבוגרים בתוך מספר שבועות
Read 6 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!