Thread by @T_Fiolet

Thread sur le phénomène de surdispersion : "une minorité d'individus infectés serait responsable d'un pourcentage de transmission (étonnamment) élevé"

🇰🇷 En Février en Corée du Sud, 1 personne a réussi à en infecter indirectement >700, c'est le "patient 31" (#SuperSpreader)

Le patient n°31 de Daegu est allé deux fois à l’église Shincheonji et à l'hôpital Cheongdo pour un petit accident de voiture et a été testée positive le 18 février. Cela a donné lieux à un cluster de 741 cas : une super-contamination (événement rare)
ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…

Autres exemples de super-contaminations donnant lieu à des clusters

https://twitter.com/T_Fiolet/status/1313201639659053058?s=20

Or le taux de reproduction de base R0 est entre 2-4 ce qui ne colle pas avec ces événements, c'est normal puisque R0 n'est qu'une moyenne. Cela cache le phénomène de superdispersion

Ce commentaire suggère que 10% des cas cause 80% des infections. La surdispersion est caractérisée par un grand nombre de personnes qui n'infectent personne, et la plupart des personnes qui transmettent infectent un nbre d'individus faible à modéré
science.sciencemag.org/content/370/65…

🇳🇿 En Nouvelle Zélande, la plupart des cas ne se sont transmises qu'à une personne ou personne. De cette manière, la surdispersion peut ralentir la propagation du virus vers de nouveaux endroits, car la plupart des introductions ne parviennent pas à déclencher une épidémie

Lorsque la transmission décolle, elle peut le faire de manière explosive comme en Corée. La réponse du Japon à la pandémie a été une technique basé sur les enquêtes par clusters : une personne infectés d'un cluster est + facilement détectable que lors d'une transmission 1 par 1

Les lieu où l'éloignement physique n'est pas possible sont des endroits potentiels de super-contamination (rare) : espaces fermés mal ventilés, camps de réfugiés, zones urbaines densément peuplées, milieux fermés - établissements de soins de longue durée, prisons, gymnases

La plupart du temps, ce sont plutôt de petits clusters de 10-15 cas provoqués par transmission domestique ou petits rassemblements qui surviennent. Ces petits clusters sont moins bien détectés et ciblables pour des interventions

La difficulté avec le SRAS-CoV-2 est qu'on suspecte que l'infectiosité soit surtout élevée lors de l'apparition des symptômes et un peu avant. Ces graphiques représentent la distribution du nombre de jours entre l'infection et survenue des symptômes ➡️ rôle des pré-symptômatiques

Le SRAS-CoV-2 est probablement principalement transmis au sein des ménages et dans des environnements de type familial. La proportion des événements de transmission décroît quand les échelles spatiales augmentent
science.sciencemag.org/content/370/65…

🇰🇷 Une grande enquête coréenne a tracé 59 7073 cas et a comparé les taux d'infection à la maison de 11,8% vs 1,9% hors ménage
wwwnc.cdc.gov/eid/article/26…

🇨🇳 En Chine : taux d’attaque secondaire à des repas familiaux : 35%
thelancet.com/journals/lance…

Revue de la littérature : Taux d’attaques secondaires à la maison qui varie de 4,6% à 49,56% selon les régions du monde academic.oup.com/qjmed/advance-…

Cela s'explique par les contacts plus étroits, de longue durée

La transmission communautaire se met en place avec les travailleurs, les invités/les voyageurs. Cette transmission communautaire est nécessaire pour nourrir l'épidémie même si elle cause moins de cas directs

La probabilité qu'une de ces interactions aboutisse à une transmission découle d'une interaction complexe des attributs du pathogène, des caractéristiques de l'hôte, du moment et du milieu. Tout cela est difficilement mesurable, d'où les débats sur la transmission

La propagation internationale soutient la pandémie, même si ces événements de longue distance sont plus rares encore. On a la formation d'un réseau dit "small world" dans lequel seuls quelques événements d’infection peuvent transmettre le virus entre 2 individus dans le monde

C'est l'une des raisons pour lesquelles les interdictions de voyager prématurément n'ont pas pu arrêter la propagation mondiale du SRAS-CoV-2, bien qu'elles aient pu ralentir la pandémie. Cependant, les restrictions de voyage peuvent fonctionner:

Les mesures extrêmes en Chine ont joué un rôle important dans la suppression du virus. Le contrôle des frontières fonctionne mieux pour les états insulaires ex: NZ
La surdispersion ne concerne pas que le Sars-CoV-2 mais elle façonne la pandémie actuelle de manière importante.

Les enquêtes sur les grappes, les test/traçage et les restrictions sur les lieux et les activités les plus propices à la surdispersion peuvent être particulièrement efficaces pour contrôler la transmission avec des niveaux élevés de surdispersion.