Les partisans de l'immunité collective aiment affirmer que ce seuil d'immunité collective est facile à atteindre et qu'il faut laisser circuler le SRAS-CoV-2

MAIS ➕il y a d'infections
➡️ propagation ➕rapide
➡️ R0 plus élevé
➡️ seuil d'immunité collective PLUS ÉLEVÉ
La Suède, un des rares pays partant sur cette stratégie d'immunité collective, est loin d'atteindre ce seuil d'immunité.

En Juin, 12% de habitants de Stockholm avait des anticorps et seulement 6-8% pour la population suédoise

sciencemag.org/news/2020/10/i…
Pour rappel, le R0 est le nombre de cas secondaires générés par un individu infectieux typique lorsque le reste de la population est sensible
Dans un modèle SIR beaucoup plus simple que "la vraie vie", le seuil d'immunité collective est calculé avec 1-(1/R0)

Si R0=3 donc le seuil est à 1-(1/3)=66%
Si R0=4 donc le seuil est à 1-(1/4)=75%

avec hypothèses que la population est homogène et mélangée au hasard
L'introduction d'un vaccin et son efficacité (E) joue sur ce seuil, la formule de calcul du seuil devient : (1− 1 / R 0 ) / E

La diminution de l'immunité induite par le vaccin exige des niveaux de couverture plus élevés ou une vaccination de rappel régulière
En vérité, les groupes populationnels ne sont pas homogènes. Par ex, l'âge est un facteur de sévérité pour la COVID-19. On peut passer à des modèles structurés par l'age. On peut utiliser des modèles spatiaux structurés par les réseaux de transport
Dans un modèle SIR simple, le R0 est approximé par une simple fonction du nombre moyen de contacts d'individus. Dans les modèles plus complexes, le R0 peut être calculé à partir d'une matrice décrivant comment l'infection se propage au sein et entre les groupes
On observe souvent que les interactions sont + fréquentes au sein des groupes qu’entre les groupes

Les groupes les plus connectés domineront la transmission, ce qui se traduira par une valeur de R0 plus élevée et un seuil de vaccination plus élevé

Source
academic.oup.com/cid/article/52…
"The nuances of immunity and the complexity of population heterogeneity make prediction difficult, but our understanding of these effects has grown in recent years, associated with 3 particular developments: (1) the accumulation of experience with a variety of vaccines
in different populations, (2) the development of ever more sophisticated models capable of exploring heterogeneous mixing within populations, and (3) the development of analytic methods to measure indirect protection in the context of vaccine trials and observational studies
, by comparing the risks of infection among individuals as a function of the vaccination status of their household or village contacts"
⚠️ J'ai fait une coquille : le R0 dépend en partie du taux de contacts entre les personnes et pas du nombre d'infectés

Si le nombre de contacts augmente, on aura plus de chance de transmission du virus et plus de chance d'avoir des nouveaux cas infectés

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12 Oct
4è rapport de cas de ré-infection au SRAS-COV-2 : 48j plus tard : un homme de 25 ans du Nevada 🇺🇸

➕ à la PCR le 18 Avril 2020
➖ deux tests négatifs en Mai
➕ à la PCR le 5 Juin

Attention à ne pas généraliser à partir d’un rapport de cas cas
thelancet.com/journals/lanin… Image
Sur les quatre cas de réinfection signalés à ce jour, aucun des individus n'avait de déficience immunitaire connue. Seuls deux individus avaient des données sérologiques sur la première infection et un avait des anticorps préexistants (IgM) contre le SRAS-CoV-2. Image
La réponse immunitaire face au COVID-19 peut varier selon les individus. Ce patient américain a eu des symptômes plus grave lors de la 2è infection. 3 hypothèses (purement spéculatives) sont émises :

1- une dose très élevée de virus aurait pu conduire au deuxième cas d'infection
Read 11 tweets
5 Oct
[Thread] Modes de transmission du SRAS-CoV-2 ? Case Report & super-contaminations

💧Les virus dans les gouttelettes (>100 μm) tombent généralement au sol en quelques secondes à moins de 2 m de la source ➡️la distance physique réduit l'exposition à ces gouttelettes
#COVID19 Image
Les virus dans les aérosols (<100 μm) peuvent rester en suspension dans l'air pendant de nombreuses secondes à plusieurs heures, comme la fumée, et être inhalés. Ils sont très concentrés à proximité d'une personne infectée
de sorte qu'ils peuvent infecter plus facilement les personnes à proximité mais les aérosols contenant des virus infectieux peuvent également parcourir plus de 2 m et s'accumuler dans l'air intérieur mal ventilé, conduisant à des événements de grande diffusion (super-spreading)
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5 Oct
🆕Article sur le gluten🍞, l'intolérance et la maladie cœliaque

quoidansmonassiette.fr/maladie-coelia…

[Thread]
Le gluten est le terme général désignant les protéines solubles dans l’alcool présentes dans diverses céréales 🌾
C'est un réseau élastique formé par le mélange de 2 protéines du blé qui interagissent avec l’eau : la gluténine et la gliadine

Ces gliadines ne sont pas complètement digestibles par les enzymes intestinales. Le gluten est utilisé pour ses propriétés viscoélastiques en IAA
La sensibilité au gluten non cœliaque désigne des signes ou symptômes intestinaux, des signes extra-intestinaux ou des symptômes, ou les deux, liés à l’ingestion de gluten de céréales avec une amélioration de ceux-ci lorsque celles-ci sont retirées de l’alimentation d’un patient
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4 Oct
Pour répondre à @NicolasMeilhan
Oui je reste perplexe

1- face à cette modélisation où vous changez régulièrement le coef directeur de la linéarisation

2- Sur le fait d'utiliser un modèle de déplétion pétrolière pour une épidémie 🤔

Ce modèle n'est d'ailleurs pas beaucoup utilisé, j'ai trouvé peu de publications sur le sujet, dont celle-ci : royalsocietypublishing.org/doi/full/10.10… (cette approche est critiquée d'ailleurs)

3- Ce fonction est trop simple pour essayer de modéliser la vraie dynamique de l'épidémie
En épidémiologie, on préfère les modèles à compartiments SEIR. Pourquoi ?

Avec ces modèles on peut voir l'effet des décisions sur l'évolution d'une épidémie en modifiant des paramètres du modèle :
a- modification du taux de transmission (par la distanciation sociale, confinement
Read 9 tweets
1 Oct
Je vais compléter les commentaires de ce thread/article sr le bio


1- Pour Nutrinet, "les données utilisées sont des données purement déclaratives, sans aucun contrôle possible", ce n'est pas exact
Dans les enquêtes alimentaires auto-déclarées, on peut toujours comparer avec différentes méthodes et des biomarqueurs

Ici la coefficient de corrélation entre déclaratif et biomarqueurs est entre 0.37 et 0.64 pour les protéines, Na et K
info.etude-nutrinet-sante.fr/node/218
et d'autres nutriments
info.etude-nutrinet-sante.fr/node/85

Ici pour la généralisation de la population de nutrinet avec une comparaison avec la cohorte ENNS (représentative au niveau national) academic.oup.com/aje/article/18…
Read 14 tweets
30 Sep
Pour compléter, le titre de FA est à côté de la plaque (aucune histoire d'adhérence/addiction à l'UPF dans l'article), c'est une étude transversale sur la part d'aliments ultra-transformés UPF sains/pas sains dans différents régimes (consom. viande, pesco-veg, végétarien, vegan)
Ce n'est pas une étude prospective par rapport à la survenue d'une maladie

On constate une association entre manger moins/plus de viande et manger plus de produits UPF
Tableau intéressant sur les consommations des groupes alimentaires selon le régime. J'ai mis en jaune les UPF végétaux

Contribution énergétique des UPF selon les 4 régimes
🍗 33.0%
🐟32.5% (pesco-végétariens)
🥦37.0% (végétariens)
🥦🥦39.5% (vegans) Image
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