Sobre mutações em vírus. No vídeo e fio abaixo ilustro como mutações no genoma do #SARSCoV2 podem levar a mudanças nas proteínas do vírus.

Nesse exemplo mostro como uma mutação afetou a estrutura da espícula que forma a 'coroa' do coronavírus.

Abaixo explico quadro a quadro. ⬇️
Essa é uma representação do coronavírus: está em praticamente todos os telejornais e revistas.

A parte cinza é uma camada de gordura que reveste vírus (frágil, e sensível a álcool e detergentes), e as estruturas avermelhadas são as espículas virais (mostrada no vídeo acima). Image
Três cópias da proteína 'Spike' formam a espícula viral, aqui representada em rosa, verde e amarelo: são cópias idênticas da Spike, que se juntam, e formam um complexo de proteínas: a espícula, usada pelo vírus para se aderir e entrar nas células que produzem o receptor ACE2. Image
Uma mutação no genoma viral, quando leva a mudanças na proteína, tem o potencial de alterar a forma como o vírus funciona.

Nesse segundo vídeo, ilustro o primeiro genoma do SARS-CoV-2. Ele possui 10 genes, e numa região específica temos o gene da proteína Spike (S).
Na imagem abaixo, temos uma esfera vermelha bem no centro da proteína Spike: ela representa a região que sofreu uma mudança de aminoácido (D614G).

O genoma do vírus sofreu mutações que mudaram um GAT para GGA, que trocou um aminoácido D para um G, na posição 614 da proteína. Image
A mudança de aminoácido D614G torna o vírus mais infeccioso: o vírus é mais capaz de entrar nas células, e de produzir mais vírus durante a infecção.

Porém, ainda não está claro se variantes D614G são mais 'transmissíveis', nem se são mais 'virulentos'.

sciencedirect.com/science/articl…
Uma proteína é um estrutura química. Mesmo que uma mutação leve a mudança de aminoácido, não raramente o novo aminoácido tem propriedades químicas muito semelhantes ao aminoácido anterior, ou leva a alterações funcionais quase imperceptíveis, pouco relevantes. Image
As regiões em azul (epítopos) são reconhecidas por anticorpos: nature.com/articles/s4146…

Uma mutação no genoma viral exigiria mais atenção especialmente se ela alterar os aminoácidos dessas regiões de alta importância funcional, e se a mudança for quimicamente relevante. Image
Uma proteína viral pode ter vários epítopos (regiões em azul), e variantes virais podem ter epítopos diferentes, que por sua vez estimulam respostas imunológicas específicas.

Uma única mudança genética dificilmente tornaria uma vacina inútil. Não é assim para a maioria dos vírus Image
A questão das mutações virais sempre deixa muita gente ansiosa, mas não há motivos para tanta preocupação.

No vídeo abaixo, do @cienciausp, aos 20:38 converso com @dogarrett e @luizacaires3 sobre os pontos que discuti nesse fio.

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3 Mar
Quando juntam negacionismo e desapreço pela Ciência temos essa realidade: um laboratório natural de evolução viral.

Brasil tem mais de 10,5 milhões de casos, e só ~3500 genomas do vírus sequenciados. Mal sabemos que inimigos enfrentamos, nem onde estão.
nytimes.com/2021/03/03/wor…
É sempre importante lembrar:

1️⃣ Seja lá qual variante do coronavírus esteja circulando, a transmissão viral depende de contato próximo entre pessoas.

2️⃣ Usar variantes para justificar aumento de casos significa ignorar que no Brasil faltam políticas efetivas de combate à COVID.
Diante de variantes mais transmissíveis (seja por maior carga viral, por terem período infeccioso mais longo, etc), medidas de prevenção precisam ser ainda mais duras

Mas não é o que vemos no Brasil, com estabelecimentos e ônibus lotados, festas clandestinas, fiscalização frouxa
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12 Jan
The amino acid deletion ∆69/70 has been used as a proxy for detecting viruses from B.1.1.7 ('UK variant'). The same marker has been used in the US, but we caution against its use. We identified a new SARS-CoV-2 lineage (B.1.375) with that same feature.

virological.org/t/detection-of…
A new lineage circulating in the US (B.1.375, arrow) shows the same deletion ∆69/70 in the spike protein, and a set of unique amino acid substitutions were found in this lineage: ORF1a T1828A, ORF1b E1264D, ORF3a T151I, and M I48V. Image
Viruses in the lineage B.1.375 have been identified in all regions of the US, specially in states where genomic surveillance of SARS-CoV-2 has been done frequently, such as: Connecticut, Florida, California and Wisconsin. Image
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23 Dec 20
A evolução, seja de vírus ou de qualquer organismo, não segue uma caminho linear, mas sim caminhos que se dividem, onde diferentes linhagens seguem rotas evolutivas independentes. Ao longo dessas rotas, cada (população de) coronavírus acumula cerca ~2 mutações por mês

Explico 🧶
Estas são árvores filogenéticas do SARS-CoV-2, do @nextstrain
1️⃣ com escala de tempo
2️⃣ com escala de mutações

Na árvore 2: cada círculo nas pontas representa um vírus, e se partirmos da raiz da árvore (no zero), várias rotas nos levam até 3.000+ vírus: nextstrain.org/ncov/global
As rotas evolutivas que cada (população de) vírus segue é praticamente única. Assim, ao longo de cada rota, cerca de 22 mutações ocorrem por ano, mas se somarmos as mutações acumuladas por CADA rota, chegamos a centenas de milhares de mutações.⚡️🧬
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19 Dec 20
Sobre novos variantes virais, 3 pontos:

1️⃣ Mutações virais ocorrem com frequência (para SARS-CoV-2, vemos ~2 mutações por mês)
2️⃣ A grande maioria das mutações NÃO são vantajosas ao vírus.
3️⃣ Esqueçam a ideia de "mutantes superpoderosos". Não é assim. Não são X-Men 🚫

Explico👇🏽
Vírus com genoma de RNA utilizam uma enzima chamada RNA polimerase dependente de RNA: é uma pequena 'máquina' de copiar RNA com base em outras moléculas de RNA.

Essa 'máquina', no entanto, é falha, e durante o processo de cópia, geram erros (etapa 5 acima): estas são as mutações
Mutações em genomas virais acontecem o tempo todo. Porém, grande parte delas não chegamos nem a ver: são danosas ao vírus, e os mutantes não prosperam.

As poucas mutações que vemos são mantidas por mera chance (pois são neutras), e uma rara minoria oferece alguma vantagem.
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18 Dec 20
Vacina obrigatória NÃO significa imunizar pessoas a força. Estamos no século 21.

Existem meios de estimular a vacinação num cenário de obrigatoriedade, onde a vacinação passa a ser condicionante.

Abaixo, alguns exemplos. ⬇️ #EuVouTomarVacina
Antes da pandemia já se discutia a obrigatoriedade de outras vacinas. A da COVID deve ser mais uma na lista.

www12.senado.leg.br/noticias/mater…
A cobertura vacinal no Brasil vem caindo desde 2015, e em 2019 a queda foi ainda mais brusca. Isso é lamentável, pois surtos de Sarampo têm voltado com força. Já fomos melhores no quesito imunização.

Para não cairmos em crises de saúde pública maiores, vacinação é essencial.
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11 Oct 20
Medidas como os lockdowns têm por objetivo primário reduzir o número de casos a níveis baixos o suficiente para tornar possível o *rastreamento de contatos*, baseado num sistema eficaz de *testagem por RT-PCR*

Lockdowns, sozinhos, não resolvem o problema.
ft.com/content/0143a8…
É essencial que se aumente a capacidade de testagem por RT-PCR, com acesso gratuito a quem precisa de teste. Resultados devem ser liberados em até 48h, para que o infectado seja notificado sobre como se isolar e evitar novas transmissões, e p/ permitir o rastreamento de contatos
Sem saber quantos casos ativos tinham, por falta de testes RT-PCR, muitos municípios se fecharam sem olhar para os dados da epidemia.

Fechamentos prolongados são impraticáveis. Logo, identificar o melhor momento de iniciá-los é ponto chave.
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