Thread by @gro_tsen

Bon, allez, un nouveau fil, sur le chiffre de 400 000 morts supplémentaires «si l'on ne fait rien» annoncés par Macron. Plutôt que de dire que c'est mensonger, je vais m'interroger sur les hypothèses qui sous-tendent ce chiffre. ⤵️ •1/37

La première question cruciale est «que signifie “si l'on ne fait rien”»? Faut-il comprendre:
ⓐ on abandonne toutes les mesures qu'on a déjà prises et on revient à la vie avant-covid?
ⓑ on ne fait rien DE PLUS que ce qu'on a déjà fait?
ⓒ juste pas de confinement général?
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J'ose espérer que tout le monde voit bien la différence entre ⓐ, ⓑ et ⓒ, et est d'accord que le nombre de morts covid dans le cas ⓐ sera plus important que dans le cas ⓑ, lui-même plus important que dans le cas ⓒ. Il faut donc savoir à quoi ce 400 000 se rapporte. •3/37

Pour moi, «ne rien faire» ça désigne ⓑ (ne rien faire de plus, — pas revenir en arrière sur ce qu'on a déjà fait). Dans le ctxte d'une intervention qui justifie de nouvelles mesures (et pas de ne pas supprimer les anciennes), je ne vois pas comment il en serait autrement. •4/37

Maintenant j'accuse Macron d'avoir joué sur cette ambiguïté. Ou plus exactement d'avoir pris un chiffre qui se rapporte à ⓐ (et déjà plutôt pessimiste pour ça, je vais y revenir) et de l'avoir utilisé en laissant comprendre ⓑ — pour, en fait, écarter ⓒ. •5/37

La ficelle devrait être trop grosse pour passer, mais je vois tellement de gens qui ont l'air de confondre ⓐ et ⓒ, de penser qu'il n'y a que deux extrêmes possibles: le confinement ou l'abandon de tout effort limitant la propagation de l'épidémie, — que j'ai des doutes. •6/37

Bon, alors pourquoi est-ce que j'affirme que les 400 000 morts se rapportent au cas ⓐ? Parce que son origine est certainement l'opinion suivante d'Arnaud Fontanet et Simon Cauchemez dans ‘Nature Reviews Immunology’ sur l'immunité de groupe: nature.com/articles/s4157… •7/37

(Notons au passage que ce n'est pas un «article dans ‘Nature’» comme je l'ai parfois vu qualifié: d'une part, ce n'est pas ‘Nature’, c'est un journal du même groupe, d'autre part ce n'est pas un article revu par les pairs, c'est un commentaire, c'est-à-dire une opinion.) •8/37

Ce texte considère le concept d'immunité de groupe (=immunité grégaire) et se demande où on en est, s'il est réaliste de l'atteindre, etc. Il n'y a rien d'original dedans, ils font des petits rappels, et surtout des multiplications (seuil d'immunité × taux de létalité). •9/37

Bon, mais alors c'est quoi le seuil d'immunité grégaire? C'est le nombre d'immuns qu'on doit avoir dans la population pour que l'épidémie soit stabilisée (=ne croisse plus exponentiellement), mais attention, ça présuppose un certain comportement de la population! •10/37

Le seuil d'immunité grégaire dont on parle normalement, appelons-le «inconditionnel», qui se calcule par la formule 1 − 1/R₀ où R₀ est le nombre «basique» de reproduction, celui-ci concerne une population épidémiologiquement et sociologiquement naïve, … •11/37

… c'est-à-dire une population qui n'a pas entendu parler de la maladie, qui ne prend aucune précaution particulière pour s'en protéger, qui se comporte exactement «comme avant». C'est à ça que R₀~2.5 se rapporte, et du coup le seuil 1 − 1/R₀ ~ 60% si souvent cité. •12/37

Autrement dit, le seuil de 60% d'immunisés à atteindre pour contenir le covid, c'est pour une population comme je viens de dire, qui n'a pas entendu parler de covid, qui ne porte pas de masques, qui, disons, s'en fout complètement. •13/37

Ce seuil est peut-être pertinent si on se fixe l'objectif ⓐ de revenir exactement à la vie d'avant. (Et même comme ça, je n'en suis pas persuadé: le simple fait de savoir que covid existe peut déjà changer des comportements sans qu'on s'en rende compte.) •14/37

Fontanet et Cauchemez nous disent donc: si vous voulez revenir exactement à la vie d'avant, oublier même que la covid existe, il faut immuniser au moins 50% ou 60% de la population, et ça entraînera entre 100 000 et 450 000 morts (et Macron retient 400 000). •15/37

C'est donc clairement de ⓐ qu'il s'agit pour les scientifiques qui avancent ce chiffre. C'est un peu un homme de paille, en fait: personne ne propose sérieusement d'ignorer purement et simplement le covid et de faire comme s'il n'existait pas! •16/37

(Oui, s'il n'y avait pas de possibilité de vaccin, il faudrait se poser cette question à long terme. Mais là, tout ce qu'on envisage c'est de reprendre une vie «un peu» normale, pas confinée, quelque chose comme ⓑ ou ⓒ, pas d'aller jusqu'à oublier totalement la covid.) •17/37

Et alors quel serait le nombre de morts pour ⓑ ou ⓒ? On peut au moins s'en faire une idée. Pour ⓑ on peut parler d'«immunité grégaire partielle» ou «conditionnelle» relative aux mesures prises, comme je l'explique dans ce fil:

https://twitter.com/gro_tsen/status/1324405641268645888

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Pour estimer ce seuil d'immunité grégaire conditionnel aux mesures déjà en vigueur (port du masque, etc.), on applique la même formule 1 − 1/R mais où R est, cette fois, le nombre de reproduction observé sous les mesures en question. •19/37

En France, avant le reconfinement, on tournait autour de R~1.2 (avec des oscillations entre en gros 0.9 et 1.5 dont il n'est pas clair à quoi elles correspondent). Si on met ça dans la formule on prédit environ 65 000 (nouvelles) morts:

https://twitter.com/gro_tsen/status/1319403907899150336

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Ce n'est pas du tout une science exacte, quand je dis «environ» 65k morts (supplémentaires) pour ⓑ, c'est vraiment un ordre de grandeur grossier (avec la plage d'IFR utilisée par Fontanet & Cauchemez, ça donne: entre 30k et 150k). Mais en tout cas on est loin des 400k. •21/37

(Notons qu'on risque de devoir se prendre ce nombre de morts de toute façon, à moins de trouver des façons vraiment nouvelles de faire baisser R jusqu'à l'arrivée du vaccin, et je ne vois pas trop. Si ce n'est à cette vague-ci, ça pourrait être à la suivante: … •22/37

… grosso modo, le confinement, il ne fait que repousser les choses, mais si les mesures avec lesquelles les Français arrivent à vivre durablement hors confinement mettent R autour de 1.2, l'épidémie se stabilisera quand il aura assez d'immuns pour combler la différence.) •23/37

Et pour ⓒ? Ben ça dépend évidemment de ce qu'on prendrait comme mesure à la place d'un confinement. Mais ça dépend aussi, et surtout, de comment les gens réagiraient. Parce que le calcul que je viens de dire pour ⓑ, il suppose que les gens gardent le même comportement. •24/37

Dans les faits, on sait que le comportement des gens dépend d'autre chose que ce qu'on leur impose par décret: ils entendent parler de l'épidémie, des hôpitaux qui débordent, ils changent leur comportement (ils se voient moins, ils font plus gaffe). •25/37

Un signe de ce fait, c'est que le taux de prévalence covid à Saint-Étienne ou Lille a commencé à redescendre dès le 27 octobre, AVANT le début du confinement. Il y a d'autres effets (couvre-feu + immunité qui s'accumule), mais ils expliquent mal. •26/37

https://twitter.com/gro_tsen/status/1326269856866574336

Bref, ce n'est pas vraisemblable de penser qu'en présence d'un pic épidémique, même si on ne décrète pas de confinement, les gens continuent à se comporter comme si de rien n'était, et que le R ne baisse pas suite à de tels effets. •27/37

Au final, on ne sait pas prédire grand-chose, mais on sait que les calculs donnés par la formule 1 − 1/R sont forcément pessimistes puisqu'ils ignorent l'effet que je viens de dire (les épidémiologistes ne sont pas sociologues, ils ne voient pas les réactions des gens). •28/37

Bon, et sinon, il y a d'autres raisons pour lesquelles la formule 1 − 1/R est possiblement pessimiste. L'une est le résultat des effets d'hétérogénéité: cette formule suppose que la population est homogène et se mélange parfaitement — en vrai ce n'est pas le cas. •29/37

Et tout effet d'hétérogénéité invalidant cette hypothèse va avoir tendance à baisser le seuil d'immunité grégaire. Le plus simple à comprendre est sans doute l'hétérogénéité ville-campagne: … •30/37

Les villes ont un R plus élevé que celui R′ des campagnes. Pour arriver à l'immunité de groupe (fût-elle partielle), il faut immuniser 1 − 1/R dans les villes et 1 − 1/R′ dans les campagnes. Mais le R observé pour tout le pays est essentiellement celui des villes: … •31/37

… parce que c'est là que la croissance de l'épidémie est la plus forte, donc c'est ce qu'on observe quand on compte les cas. Du coup, si on applique la formule 1 ‒ 1/R sur tout le pays on est trop pessimiste (dans les campagnes, l'immunité s'atteint plus facilement). •32/37

Il y a d'autres effets d'hétérogénéité qui peuvent aussi faire baisser le seuil d'immunité grégaire: p.ex., les gens qui ont plus de contacts ont tendance à être infectés donc immunisés avant, et leur immunité a plus de bénéfice. Cf. ce vieux fil: threadreaderapp.com/thread/1241745… •33/37

Fontanet et Cauchmez discutent un peu ces questions dans leur texte et disent en gros «bon, on n'a pas de preuve que ça se produit vraiment, donc on concède max −10%». Ils ont peut-être raison, mais c'est quand même une hypothèse pessimiste de plus. •34/37

(Surtout que c'est un peu contradictoire avec le fait qu'ils signalent eux-mêmes que dans les zones urbaines densément peuplées le taux d'attaque est beaucoup plus élevé, ce qui est justement le type d'effet d'hétérogénéité qui fait baisser le seuil d'immunité grégaire.) •35/37

Bon, j'ai un peu digressé, mais moralité, que doit-on retenir du chiffre de 400 000 de Macron? C'est la fourchette haute d'un article déjà pessimiste pour diverses raisons, mais surtout, qui parle d'un but, ⓐ, oublier complètement que le covid existe, que personne n'a! •36/37

Et s'il est peut-être raisonnable de prétendre qu'il y aurait 400 000 morts si on supprimait toutes les mesures déjà prises contre le covid, prétendre ce nombre si ⓑ on n'en prenait pas de nouvelles est assez mensonger. •37/37