Thread by @lacabritafifi

Aquí les va un resumen de las pruebas para diagnóstico de COVID19 en México.

Hay varias opciones y no todas son perfectas, no todas son ideales para pacientes asintomáticos y, a veces, tampoco los resultados son reproducibles entre diferentes laboratorios...👇🏼

El estándar de oro para diagnosticar COVID19 es, obviamente, el cultivo viral. Ese no se hace más que en investigación.

Para la clínica tenemos un estándar de oro “variable”: la prueba RT-PCR. En condiciones perfectas es excelente pero si no se hace BIEN, es un estándar MEDIOCRE

¿Por qué digo que es mal estándar de oro? Porque en MX su sensibilidad varía mucho dependiendo de cómo se haga

La prueba PCR en MX puede tener hasta un ~30% de falsos negativos por varias razones:
1) Errores en la extracción del RNA viral
2) Inadecuada hibridación de las sondas

3) Por el momento en el que se hace la prueba (si apenas tuviste contacto con un paciente infectado, es prácticamente imposible que PCR pueda detectar al virus y por eso da falsos -). Se recomienda hacer después de 4-5 días de la exposición, independientemente de si hay síntomas.

4) Falta de homologación del punto de corte de CT del PCR

Este último puede ser el tendón de Aquiles de los PCRs en México. Les explico:

Para detectar el RNA del virus SARS-CoV-2 lo primero que hay que hacer es convertirlo a cDNA (DNA copia por transcripción inversa)...

...porque sólo el DNA puede ser copiado (amplificado) con la técnica de reacción en cadena de la polimerasa(PCR). Se agregan fragmentos de DNA que son complementarios a algunos pedazos del cDNA viral transcripto (sondas). Si el paciente tiene virus, las sondas se pegan (hibridan)

...y comienza el proceso de amplificación o “copiado” en un aparato llamado termociclador. Este proceso es esencial para poder detectar el material genético de un virus. Al “copiar” un pedazo de un gen viral miles de veces podemos comprobar la presencia del virus en esa persona.

Con cada ciclo en el termociclador se van haciendo más copias del material genético del virus, según las sondas/primers que hayamos usado para detectar el virus (se puede usar gen N1, gen E, etc).

Después de este rollo científico, ahí va lo importante: el número de ciclos que se necesitan para amplificar el RNA viral (convertido a cDNA) para alcanzar
un nivel detectable se llama CT (cycle threshold).

El valor del CT es algo importante en RT-PCR para COVID19

Muchos laboratorios en México NO reportan el número de ciclos a los que se logró detectar el material genético del virus y tampoco informan cuál es el punto de corte CT que usaron para considerar positiva o negativa la prueba de RT-PCR. Y esto es importante para los médicos.

¿Por qué digo esto? Porque un RT-PCR que detecta material genético viral en una persona a 15 ciclos podría tener mayor carga viral que un PCR que tarda 35 ciclos en detectar material genético.
Es decir, no es lo mismo un PCR que amplificó el gen viral a 12 ciclos que a 32 ciclos

Las pruebas de RT-PCR que se hacen para COVID19 NO son cuantitativas. Si las hiciéramos cuantitativas deberíamos de reportarlas como “copias de RNA viral por ml”. Así se hace en VIH, por ejemplo. Pero en COVID19 solo se reporta cualitativamente como positivo y negativo...

Ya que no se hacen PCR cuantitativos, los médicos desearíamos saber los ciclos a los que salió positiva la prueba y el valor de CT que usaron para considerarla positiva. El valor CT puede tener importancia clínica ya que podría ser una medida indirecta (NO IDEAL) de carga viral.

Pero la falta de estandarización/homologación entre pruebas hace difícil usar valor CT como un indicador indirecto de carga viral. Los puntos de corte CT que usan los labs para considerar prueba - o + NO son los mismos. En MX no homologaron el valor CT de las pruebas de COVID19.

Tú puedes tener el virus a una cantidad que amplifica a 37 ciclos y hacerte una prueba en un lab que usa punto de corte de 37.5 en ese laboratorio serás diagnosticado como positivo, pero si te lo haces en otro lab que usa punto de corte de 36, por ejemplo, ahí serás ¡negativo!

Seguro les ha pasado que hay pacientes que tiene una prueba positiva y una prueba negativa. Es importante por eso saber 1) qué gen evaluaron (qué sonda usaron), 2) a los cuantos ciclos se vio la amplificación del gen, 3) qué punto de corte CT usó el lab para considerarla positiva

Todo esto será válido, siempre y cuando la extracción del RNA fue correcta, que no haya habido contaminación con RNAsas y que las sondas/primers eran adecuadas e hibridaron bien. Es decir, que toda la prueba haya corrido adecuadamente y los controles de la prueba estén bien.

Es importante para los médicos saber el corte CT de las pruebas. Entre más alto sea el punto de corte, menos probabilidad de falsos negativos tendremos...y entre más bajo, más probabilidad de falsos negativos. Los falsos positivos son raros en RT-PCR para COVID19

En Ontario, Canada, usan punto de corte CT de 40 ciclos. En algunos hospitales en MX usan punto de corte de 37.5...NO en todos lados es igual y las autoridades deberían de homologar esto. Estamos teniendo MUCHOS FALSOS NEGATIVOS por esta razón, y circulan en la calle contagiando.

Como ven, hay muchas razones por las cuales la sensibilidad de la RT-PCR puede bajar hasta 70% y tener falsos negativos en México. Si no mejoramos la calidad de nuestras pruebas diagnósticas, de nuestro estándar de oro, ¡seguiremos teniendo gente infectada sin diagnóstico!

No digo que todas las pruebas PCR sean malas. Hay lugares muy confiables, pero sería ideal homologar las pruebas PCR en este aspecto y que los médicos tengamos más información para poder comparar resultados.
Lo perfecto sería una prueba PCR cuantitativa, pero es + cara y tardada

Ahora les platicaré de las demás pruebas:

Tenemos la PRUEBA DE ANTÍGENO. Si bien es una prueba barata, más rápida y buena para pacientes con síntomas, NO ha mostrado ser ideal para pacientes asintomáticos. ¿Por qué? Porque la capacidad de detección es menor que la del PCR.

Podemos tener falsos negativos en las pruebas de antígeno (la de Abbott, por ejemplo) en pacientes sin síntomas. Por eso, idealmente, si eres asintomático, mejor hazte la prueba RT-PCR.

Tenemos también las PRUEBAS RÁPIDAS de cassette (de gotita). No ahondaré. Están bien para tamizaje de población pero ¿para diagnóstico de una enfermedad altamente transmisible y potencialmente mortal? Yo no soy fan de esas pruebas de cassette. No hay nada como un PCR bien hecho.

Y también tenemos las PRUEBAS DE ANTICUERPOS IgM e IgG vs SARS-CoV-2. Estas pruebas para detección de anticuerpos NO se deben de usar como prueba diagnóstica de COVID19 sino para monitoreo de inmunidad de pacientes post-COVID19.

Espero haber aclarado un poco con este largo hilo. El adecuado diagnóstico de COVID19 ha sido un camino tortuoso.
La carga viral se ha asociado a pronóstico y por eso idealmente buscaríamos tener una prueba cuantitativa...pero no la tenemos disponible en el mercado.
¡Abrazos!