Thread by @pavel23

Corona-Update 25.12.2020: Zahlen steigen gerade langsamer, 7-Tage-R ~1,02, ~25.000 Neuerkrankungen pro Tag im Wochenschnitt, Inzidenz 211/100.000. 4.244 Todesfälle in den letzten 7 Tagen. Die Zahlen unterschätzen aber das Geschehen derzeit zusätzlich wegen der Feiertage.

~130 Landkreise haben an Heiligabend keine neuen Fälle verarbeitet, ~50 Landkreise gar nicht gemeldet, und jetzt ist Wochenende. Es baut sich also gerade ein Überhang auf, der sich demnächst in höheren Zahlen niederschlagen wird.

Bei den Bundeslädern weiter Sachsen mit höhster Inzidenz (524/100.000), Sachsen-Anhalt mit höchstem Wachstum (+35%), 8 Länder mit Inzidenz über 200, 8 Länder darunter.

In den Top-30 auf pavelmayer.de/covid/risks/ 13 Landkreise mit Inzidenzen > 500., Spitzenreiter weiter Sächsische Schweiz-Ostergebirge, höchste Risikobewertungbaer für Coburg, weil dort neben hoher Inzidenz 75% Zuwachs gemeldet wurde.

Zahl der Test 1.58 Mio (+4,72%), positive Tests 184.156 (+7,61%), Positivenquote wuchs um 3,03% von 11,31% auf 11,67%, neuer Höchststand. Dunkelziffer auch weiter leicht gestiegen, weil die Infiziertenzahlen weiter stärker zunehmen als die Testzahlen.

In Berlin weiter wilde Schwankungen in den Neuinfiziertenzahlen durch inkonsistente Datenerhebung. Zahlen steigen stärker als im Bund, aber es deutet sich ein leichter Rückgang der Sterbezahlen an, der hoffentlich real ist und sich hoffentlich weiter fortsetzen werden.

Im internationalen Vergleich sticht Tschechien mit einer neuen, deutlich ausgeprägten 3. Welle hervor, nachdem dort seit 25. November Schulen und Geschäfte teilweise wieder geöffnet sind, Restaurant und Kneipen bis 20 Uhr, wobei es regionale Unterschiede gibt.

Für den Rest der Welt einfach mal hier browsen. In den meisten Ländern verharren die Neuinfektionen ungefähr auf dem gleichen Niveau, aber das wird vermutlich nicht lange anhalten, und auch deren Zahlen können durch die Feiertage zu optimistisch sein.
ourworldindata.org/coronavirus-da…

Ich möchte mich an dieser bei @FrauStahlhut hierfür bedanken:

https://twitter.com/FrauStahlhut/status/1342389276340846593

Dank dieses Tools kann man nun ein paar Abschätzungen vornehmen, wie wahrscheinlich denn eine neue, mutierte Virusvariante unter welchen Bedingungen entdeckt werden kann.

Ausgelöst wurde die Frage bei mir durch die Aussage von Experten, dass die neue Virusmutation in Deutschland bisher nicht festgestellt wurde(*). Aber heißt das jetzt, dass sie nicht hier ist, oder wir nur nicht genau genug hinsehen? Und was heisst, genau hinsehen?

* Ja, ich weiss, es gab einen Fall, aber das war ein Import aus England, und die Frau wurde am Flughafen abgefangen, und man hat gezielt nach der Variante gesucht, was nicht gemacht worden wäre, wenn die Variante nicht bereits steckbrieflich bekannt gewesen wäre.

Würden wir das die Virus-RNA aller positiven Tests sequenzieren, würde eine neue Variante zu praktisch 100% am nächsten Tag entdeckt, sobald jemand mit der Variante einen Corona-Test macht. Testen wir nur 1 Probe pro Tag, müssten für ~100% Erkennung alle die neue Variante haben.

Was aber sind realistische und erstrebenswerte Wahrscheinlichkeiten? Wirklich genau ist das schwierig zu ermitteln, weil die Ausbreitung des Virus nicht völlig zufällig und unabhängig erfolgt und es ein Dunkelfeld gibt, aber für eine Abschätzung halte ich das für ignorierbar.

In der Praxis ist so, dass bei einem Teil der "normalen" Corona-Tests zusätzlich das Erbgut sequenziert und in eine Datenbank aufgenommen wird, wo es dann mit dem in anderen Fällen ermittelten Erbgut verglichen werden kann, um eben Mutationen zu erkennen und zu verfolgen.

Das Problem ist, dass Deutschland aus unklaren Gründen kaum Corona-Viren sequenziert. In Schnitt sind es wohl um die 5 Proben, die pro Tag sequenziert werden. Viele andere Länder sequenzieren pro Fall 100 mal so viel wie Deutschland, manche sogar 500 mal. covidcg.org/?tab=global_se…

Das bedeutet im Ergebnis, dass in Deutschland bei den 5 Sequenzierungen pro Tag im Mittel 116 Fälle einer neuen Variante pro Tag auftreten müssten in den derzeit 25.000 positiven Tests, damit eine Probe mit dieser Variante in einem Monat mit 50% Wahrscheinlichkeit erkannt wird.

Oder anders gesagt: Wir könnten im letzten Monat bereits über 3.000 Fälle der UK-Corona-Variante in Deutschland gehabt haben, und die Wahrscheinlichkeit, dass es uns ein mal aufgefallen wäre, betrüge gerade mal 50%. Damit kann man eine neue Variante unmöglich rechtzeitig bremsen.

Ziel müsste IMO sein, bei 4 Fällen pro Tag mit 90% Wahrscheinlichkeit in einem Monat einen Fall zu finden. Dafür bräuchte es aktuell rund 500 Sequenzierungen pro Tag - genau das, was viele andere Länder machen - und über hundert mal so viel, wie wir derzeit wohl machen.

Ich sehe das Problem aber weniger mit der UK-Variante, der Drops ist gelutscht, und wir können die in einem geeigneten Standard-PCR-Corona-Test auseinanderhalten, wenn der nach drei Abschnitten sucht und dann z.B. der Spike-Gen-Probe bei der UK-Variante nicht anschlägt.

Das Problem ist, dass wir grundsätzlich neue Varianten des Virus in Deutschland nur sehr spät entdecken können, und wahrscheinlich nur, wenn Ärzte gehäuft neue Krankheitsbilder sehen oder der Virus sich unerwartet ausbreitet und es zum gezielten Eindämmen zu spät ist.

Bei unserer aktuellen Test- und Sequenzierungsrate würde ein neues deutsches mutiertes Corona-Supervirus eher von Nachbarn nach dem Export erkannt werden, bevor es uns selbst im eigenen Land auffällt.

Unklar, woran das liegt und wer Sequenzieren für so unwichtig gehalten hat oder hält, dass wir es kaum tun, aber ich habe das Gefühl, dass da eine Geschichte dahintersteckt, Genre Forschungs- und Verwaltungsdrama. Whistleblower, anyone?

Wichtiger aber ist, nach vorne zu schauen und hundert mal mehr zu sequenzieren. Die Engländer haben das bei großen Laboren mit angesiedelt. Scheitert das alles jetzt am Geld oder am Willen? Oder was steckt dahinter? @peteraltmaier

Mich inspiriert das Alles ja eher, eine Vision für die Zeit nach der Pandemie (ist vor der Pandemie) zu entwickeln. Test- und Sequenzierungskapazitäten, um die gesamte Bevölkerung zu testen, Echtzeitreporting -und response, Abwasserscreening, you name it.

Die Zahlen stagnieren, aber es ist Weihnachten, aber die Folgen der 2. Dezemberhälfte werden wir wohl erst Mitte Januar halbwegs erkennen. Es könnte schlimmer sein, aber auch viel, viel besser. Eine dritte Welle im Januar ist wahrscheinlich. Siehe Tschechien. Bleibt gesund!